永嘉五年（公元311年）六月，匈奴族建立的汉国皇帝刘聪派兵攻破洛阳，将晋怀帝俘往平阳。晋朝的一些文武大臣或是出于忠心，或是出于野心，纷纷推出一位皇室成员作为招牌，发展势力。其中，只有荀藩在密县（今河南密县）得到了成功。
荀藩最初推琅邪王司马睿为盟主，可是，司马睿正忙于经营江南，对收拾北方残局不感兴趣，荀藩只得物色别的皇室成员。正在此时，秦王司马邺从洛阳出逃，到了密县，荀藩见到这位12岁的小外甥，喜出望外，立刻将他供奉起来，随后便转移到了许昌。
这时，中国西部也正在经历一场大灾难。刘曜攻破洛阳之后，随即又挥师西进，于永嘉五年（公元311年）九月攻陷长安，杀了镇守长安的晋南阳王司马模。战争加上天灾，使关中出现了前所未有的大饥荒，遍地都是白骨，100个人中只有一两个人能够活下来。百姓遭了殃，刘曜却得了福，他被汉主刘聪封为车骑大将军、雍州牧，镇守长安。
不过，刘曜的日子并不好过，因为晋朝的臣民并没有停止抵抗。南阳王司马模被杀以后，他的部下冯羽太守索琳等率众5万进军长安，雍州刺史曲特、新平太守竺恢和扶风太守梁综立刻率众10万与之会合，经过大小数百次战争，大败刘曜，声势大振，关中各地汉族和少数民族人民纷纷响应。
这时荀藩依靠的大将阎鼎听说关中形势大好，决定带着司马邺入关，占据长安，以号令四方。荀藩等人都是山东人，不愿西去，可是胳膊拧不过大腿，挡不住阎鼎，便在路上开了小差。阎鼎等在长安立司马邺为皇太子，总管一切政务，实际行使宰相职权。永嘉七年（公元313年）四月，晋怀帝司马炽在平阳被刘聪毒死的消息传到长安，司马邺遂正式即位，称愍帝，改元建兴。
愍帝司马邺，字彦旗，生于永康元年（公元300年），是晋武帝的孙子，其父为吴王司马晏，邺因出继于秦王司马柬，故袭爵为秦王。9岁时被封为散骑常侍、抚军将军，13岁立为皇太子，当皇帝时只有14岁，当时的长安城，刚刚经过浩劫，满目荒凉，户不过百，蒿草和荆棘多得像森林，政府和私人的车乘加到一起只有4辆，朝廷百官既无官印，也无朝服，连执板也是临时锯些桑木板写上个官号凑合着用。小皇帝不管事，军国大事全由卫将军、领太尉索琳负责。为了扭转长安被少数民族势力威胁的状态，小皇帝几次下诏令，以南阳王司马保为右丞相，都督陕西诸军事，琅邪王司马睿为左丞相，都督陕东诸军事，让幽并二州的地方官和左右丞相各帅精兵劲卒，分别进攻平阳、洛阳和入卫长安。然而诏书等于一张废纸。司马睿以刚刚平定江南，无暇北伐为理由，拒绝出兵。至于其他各地，也都拥兵自重，谁也不愿为这个末代皇帝卖命。
建兴四年（公元316年）八月，刘曜再次围攻长安。附近各郡只有少数领兵来救，屯于灞上，见刘曜兵多势盛，都不敢继续靠近。总管长安及以西军事的右丞相司马保也派部将胡崧率西部诸郡兵入援，在长安城西四十里的灵台击败刘曜之兵，但因与阎鼎、索琳早有矛盾，便屯兵渭北，不愿再进。刘曜见各路晋军均观望不前，便全力攻城，旋即攻陷外城，愍帝君臣退守小城。此时，城中既无粮，又缺兵，一斗米卖到黄金二两，大部分人不是饿死，就是逃走。只有几千名凉州兵仍在克尽职守，毫不动摇。后来，愍帝也断了粮，阎鼎遍找皇家仓库，总算找到几十块酒曲，让人把它碾成碎末，做成粥汤给皇帝充饥。不久，连这点东西也吃光了。这时已是十一月，隆冬时节，天寒地冻，又挨饥受饿，自然不是滋味。愍帝实在受不了，哭着说：“如今已是穷途末路，又没有救兵，还是投降了吧。”派人与刘曜联系好之后，愍帝便于十一月十一日在群臣的哭泣声中，出长安东门向刘曜投降。西晋遂告灭亡。
愍帝司马邺被送往汉国都城平阳，汉主刘聪封他为光禄大夫、怀安侯。从此，这位亡国之君开始了他的屈辱生活。刘聪出去打猎，他得穿上戎装，拿着戟在前面开道。沿途百姓有认识的，往往指着他说：“这就是从前在长安的天子！”于是人们便围观起这个末代皇帝来。刘聪在光极殿大宴群臣，他得去斟酒、刷酒具。刘聪上厕所，他得拿着便桶的盖。每逢见到这种情景，晋朝旧臣便只能在旁边落泪，还不敢哭出声来。有一次，尚书郎辛宾实在悲愤之极，站起来抱住司马邺放声大哭，立即被刘聪杀掉。司马邺虽然忍气吞声，苟且偷生，刘聪却还是不能留他活命。东晋建武元年（公元317年）十二月，这个末代皇帝和他的前任一样，在平阳被毒死，时年18岁。