东晋元帝司马睿（公元276年～322年），字景文。为司马懿曾孙，琅邪王司马觐之子。15岁时继承父爵为琅邪（治开阳，今山东临沂县北）王。时值西晋惠帝之时，朝政腐败，王室混乱。司马睿恭俭退让，与世无争，不露锋芒，以求免祸，故而当时之人对他并未特别看重。只有侍中稽绍对人说：“琅邪王相貌不同寻常，前途无量，不会久在人臣之位。”
惠帝元康二年（公元292年），司马睿为员外散骑常侍、累迁左将军。他与东海王司马越的参军、世家大族王导成为至交。王导是很有见识的人。看到西晋诸王同室操戈，人民不断起义，朝廷处在风雨飘摇之中，又见司马睿颇有政治才干，就每每劝他早日离开京城，回到自己的封国琅邪去，观天下之变，以图大业。
司马睿的封地琅邪国与司马越的封地东海国相邻。司马越一度掌握西晋政权。司马睿是他的党羽。司马越率军北上参加宗室混战时，就把自己的后方军事根据地下邳（今江苏睢宁县西北古邳），交给司马睿镇守，加司马睿平东将军、监徐州诸军事的头衔。其后，北方少数民族贵族的军事势力日益发展。北方局势日益恶化。而下邳又是“四战之地”，不易防守。司马睿遂采用王导的计谋，请求司马越允许他移镇建业（今江苏南京市）。当时在洛阳掌握西晋政府大权的东海王司马越和世家大族的代表人物王衍，也打算在江南培植自己的势力，作为以后的退步之地，遂欣然同意，于永嘉元年（公元307年）七月，迁司马睿为安东将军，都督扬州江南诸军事、镇建业。司马睿移镇江东的同时，因北方战乱不已，大批北方流民向江南迁徙，形成南迁狂潮。司马睿任安东将军后，立即请他的密友、智囊人物王导作为安东司马，为他出谋划策。到永嘉五年（公元311年）五月，司马睿进位镇东大将军。成为江南地区的最高军政长官。
永嘉六年（公元312年）八月，阎鼎等拥立秦王司马邺为皇太子。建兴元年（公元313年）四月，闻知怀帝已死，即拥立司马邺为帝，是为愍帝。为避愍帝讳，建业城改名建康。建兴四年（公元316年）十一月，刘曜攻破长安。掳走愍帝，西晋灭亡。
司马睿移镇建邺后，由于缺乏威望，吴人对他不予理睬，过了1个多月，还没有人来拜见他。司马睿甚为尴尬和失望，王导亦很着急。恰巧王导堂兄王敦来，王导对他说：“琅邪王仁德虽厚，但名望犹轻。兄威名远震，请你帮助宏扬威德。”于是商定在民间节日三月三日，为琅邪王大事宣扬一番。按民间习俗，这一天，男女老幼均到水边嬉游，以消除不祥。此时，人山人海，热闹非凡。声名卓著的王导、王敦及许多名流贤达，骑着骏马毕恭毕敬地簇拥着乘坐肩舆的司马睿。在威严的仪仗陪伴下，到水边观看。江东世家大族的头面人物纪瞻、顾荣，在人群中见了这大队人马，十分惊奇。才带头拜于道左。归来后，王导又向司马睿献计说：“现在天下丧乱，九州分裂。大王在江南草创基业，当务之急是网罗人才。顾荣、贺循是江东土著大族，应罗致来以结人心，只要这两人倾心拥戴大王，其他人自然望风而归服。”司马睿十分赞赏这些意见，派王导敦请顾荣、贺循，二人十分高兴地应命而至。于是江南土著地主阶级皆表示拥护司马睿。北方迁来的世家大族更是司马睿政权的主要支柱。当黄河流域大批士人渡江南下避乱时，王导力劝司马睿选取其中有才干的士人，为自己正在草创的政权服务。并妥善安置南下的世家大族及其宗族、部曲、佃客，以确保南迁世家大族的利益。于是北方的世家大族和南方的土著世家地主就联合起来，支持司马睿。加之南方经济发展的物质条件和长江天堑优越的地理条件和防卫条件，使他得以在江南以西晋移民为基础成功地建立了东晋政权。当然，这与司马睿个人的政治才干也分不开。琅邪王司马睿是与西阳王、汝南王、南顿王、彭城王同时渡江南下的。他们同是宗室藩王，而只有司马睿创建了政权。故当时有童谣说：“五马齐渡江，一马化为龙。”五马即司马氏五王，一马化为龙，比喻只有其中的琅邪王成为了皇帝。
建武元年（公元317年）三月，司马睿即晋王位。次年三月，愍帝被害的凶讯传到建康。百官请上尊号，司马睿略作姿态，于三月十日即皇帝位，为晋元帝，改元太兴，成为东晋的开国皇帝。
在司马睿创业江南的过程中，南来的世家大族王导兄弟起了重要作用。司马睿始镇江东，王导与从兄王敦同心翼戴，司马睿亦推心任之。王敦总管征讨，于永嘉五年（公元311年）为扬州刺史，加都督征讨诸军事，曾多立大功。王导录尚书事，专掌机要大政，群从子弟，布列显要。故当时人说：“王与马，共天下。”司马睿在即位大典上，心中着实感激帮助他开创基业的王导兄弟，命王导到御座上和他共坐。对这一超乎寻常的宠遇，王导一再推辞，说道：“太阳高悬，才能光照天下。如果下同万物，苍生如何仰望！”说得司马睿十分受用，这才不再勉强他来同坐。
司马睿登基得意之时，没有忘记向他劝进的人。赏赐劝进的官吏，每人加位一等。百姓在劝进书上签名的，共20余万人，皆安排吏职，散骑常侍熊远进谏说：“还是按汉朝的老规矩为好。皇帝即位，民赐爵一级。不要单单赏赐劝进之人。”司马睿不允。
东晋是偏安于江南一隅的政权。当时，黄河流域被许多少数民族贵族割据和统治。政权的更迭如同走马灯一样来去匆匆。人民陷入水深火热之中，忍受着战乱、掳掠和杀戮，民族矛盾十分尖锐。他们盼望东晋北伐，恢复统一。因此，北伐和统一，是历史赋于东晋政权的光荣任务。但是司马睿的东晋政权却志如燕雀，目光短浅。统治者醉心于内部争权夺利，沉湎于新政权带来的安逸和享乐；苟安于江南的形胜之地，对北方人民的哀号和呼唤充耳不闻。尤其是司马睿，惟恐北伐不利，动摇他苦心经营的基业，故对北伐态度消极冷漠，敷衍塞责，只发发檄文而已。
建兴四年（公元316年）十一月，汉国大司马刘曜攻破长安，愍帝被俘。身为西晋丞相的司马睿得知后，躬擐甲胄，全身戎装，帅师露宿，移檄四方，宣称指日北伐，为愍帝报仇雪耻。然后，却以漕运失期，军无粮草为借口而不了了之。并将督运令史淳于伯作为替罪羊斩首，以塞天下耳目。
建武元年（公元317年）六月，司马睿又一次传檄天下，宣称“石虎敢帅犬羊之兵，渡黄河荼毒百姓。今派遣琅邪王率军卒3万前往讨贼。”俨然一副北伐架势。但事过不久，即召琅邪王司马裒还建康。
在苟且偷安之风弥漫于上层的东晋，北伐志士真是凤毛麟角。对他们的斗争，司马睿也是极力限制。爱国将领祖逖痛心于山河破碎，社稷倾覆，常怀光复之志。他劝司马睿说：“晋室之乱，实由藩王争权，自相诛灭。遂使戎狄乘隙，流毒中原，遗黎涂炭，人人有奋击之志。大王如能命将出征，豪杰之士必踊跃响应。则失地可复，国耻可雪。”并一再请缨北伐。司马睿不得不以祖逖为奋威将军、豫州刺史。但只给千人口粮，3000匹布。不给铠仗，不给军队，让他们自行招募。祖逖并不气馁，毅然带领部曲、亲族百余家，渡江北上，冶铸兵器，募得2000余人，多次大败石勒的军队，不久，即全部收复黄河以南的国土，使石勒不敢窥兵河南。太兴三年（公元320年）七月，东晋朝廷不得不下诏加祖逖为镇西将军，但仍不给予实际的援助。与司马睿的东晋朝廷相反，广大人民积极响应和支持祖逖，后赵统治下的许多地区，多叛后赵而归祖逖。正当祖逖准备越过黄河，扫清冀朔之时，元帝却于太兴四年（公元321年）七月，派尚书仆射戴渊为征西将军，名为讨胡，实际是牵制祖逖，并防备王敦。戴渊徒有虚名而无远见卓识，不识军机而骄傲自大。祖逖要受他的统领，被他掣肘，自然怏怏不快。又得知王敦与戴渊矛盾十分尖锐，内难将起，陷此困境，他的北伐势必夭折。他痛感壮志难酬，抱恨发病，于同年九月死于雍丘。
王敦出身世家大族，娶司马炎之女襄城公主为妻。曾任青州刺史，后转为扬州刺史，为东晋立国的功臣。任统帅全力经营长江上游，任都督江、扬、荆、襄、交、广六州军事、镇守武昌，即掌握了上游军队。长江上游为甲兵所聚，其经济和军事力量一旦强大，有控制下游的可能。上游的镇将往往因军事、经济优势，孕育野心，威逼国都所在的下游。王敦控制上游大权后，政治野心与日俱增，逐渐威胁东晋朝廷。司马睿自感危机，慌忙调兵遣将，暗作军事部署，充实中央的军事力量。他任命戴渊、刘隗为军事统帅，各率万人，分驻合肥、泗口（泗水入淮之口，今江苏清江市西南），以北讨石勒为名，一面防御王敦，一面牵制祖逖。祖逖死后，王敦认为无人是敌手，遂于永昌元年（公元322年）正月，举兵于武昌，以讨刘隗为名发动叛乱。声称：“奸臣刘隗必须斩首。其头朝悬，诸军夕退。”王敦党羽沈充，同时在吴兴起兵以为配合。王敦兵临芜湖。元帝大怒，下诏说：“王敦竟敢如此狂逆，把我比作太甲，欲加幽囚。是可忍，孰不可忍！我要亲帅六军，以诛大逆。有杀王敦者，封五千户侯。”
二月，元帝征调戴渊、刘隗入卫建康。王敦的堂弟王导率子侄20余人请罪，对元帝说：“乱臣贼子，历代都有。想不到今天出在臣族之中。”元帝非但不怪罪，反而加以劝慰、笼络。
三月，司马睿以王导为前锋大都督，加戴渊骠骑将军。以刘隗率军守金城，以右将军周扎率军守石头城。元帝披甲戎装，亲率军队驻于郊外。王敦则率叛军，一路势如破竹，所向扑靡很快打到石头城下。王敦军首先猛攻周扎军，周扎开门投降，王敦占据石头城。元帝忙命刁协、刘隗、戴渊等率军去攻夺石头城，但均大败，刘隗逃往后赵。元帝无奈，只得让百官到石头城去看望王敦。王敦得意而又心虚地问：“天下之人，如何看待我的举兵？”戴渊献媚说：“只看表面，认为是叛逆。如能体察诚意，当认为是忠于国家之举。”王敦高兴地笑道：“你可真会说话。”司马睿不得不忍着怒气，给叛军首领加官进爵，以王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公。王敦却辞而不就。
王敦因太子司马绍有勇有谋，为朝野所信重，想诬以不孝而废之，因百官皆不从，只得作罢。王敦将周扎、戴渊杀死，也不朝见司马睿，于四月回到武昌，遥控朝政，为所欲为，四方贡品多入其家，将相皆出其门。王敦自领宁、益二州都督，并以王邃为都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴，以王含都督沔南诸军事，领荆州刺史。军政大权皆集于其兄弟之手。
司马睿眼睁睁地看着王敦飞扬跋扈，逼辱朝廷，却无可奈何。史称元帝“恭俭有余而明断不足，故大业未复而祸乱内兴”。他没有平定王敦之乱的才干，遂忧愤成疾，于永昌元年（公元322年）闰十一月抱恨死去，时年47岁。葬于建平陵，庙号“中宗”。