成化二十三年（公元1487年）八月六日，宪宗朱见深死去。九月六日，18岁的皇太子朱祐樘接替父亲登上了皇帝的宝座，以第二年为弘治元年（公元1488年），此即孝宗。
孝宗的母亲纪氏只是一个小小的女史（宫廷女官名称），她本是广西贺县的瑶族民女，在成化元年瑶民造反失败后，夹带在被俘的几千名男女青年中送来京城。由于纪氏姿色超群，聪明伶俐，入宫后不几年即通习汉语，因而被命令管理宫中藏书。成化六年秋天，宪宗偶然来到书房，见纪氏长得如花似玉，而且应对称旨，于是喜而幸之，因此有孕。纪氏怀上龙子，犯了宪宗专宠的万贵妃的大忌，这个女人自己不能生育，也不准别人为皇帝传宗接代，专门残害被宪宗临幸过的妃子和宫女。纪氏怀孕时，万贵妃曾经留意过她，其他宫女谎说她是病痞，于是被贬居安乐堂。不久朱祐樘降生，纪氏忍痛下了狠心，将他交给门监张敏，让把他溺死。
张敏为人善良，他想到皇上无子，就背着万贵妃对朱祐樘秘密加以哺养，废后吴氏这时正好贬居在西宫，与安乐堂相邻，闻之也往来就哺，从而保全了他的生命。渐渐地朱祐樘长到6岁，成化十一年（公元1475年）春天的一天，宪宗召张敏梳理头发，对镜叹道：“老之将至了，尚无子嗣！”张敏就把朱祐樘的事情告诉了他。宪宗喜出望外，立即派人把他接来。朱祐樘去见父亲的时候，胎发还未剪除，直垂到后颈，看到宪宗，他依据母亲的交待，扑到宪宗的怀里，大声呼喊“爸爸”。宪宗揽视良久，悲喜交加，连连说：“这个孩子像我，真是我的儿子啊！”随即饬礼部定名，并册封纪氏为淑妃。纪妃终究还是没能逃过厄运，不久就在新居永寿宫暴死。纪妃之死，有人说是被万贵妃毒死的，也有人说是被她遣人勒死，由于宪宗没加深究，事情也就不了了之。母亲的去世，使朱祐樘极为悲伤，神情犹如成人一般，持续了很长一段时间。这年的十一月，朱祐樘被册立为太子。随后即位，是为孝宗。
后宫中的这段经历，对孝宗的影响很大，由此形成了他嫉恶如仇的性格。在即位之后极短的时间里，孝宗对太监梁芳、礼部右侍郎李孜省等人，给予了严厉的惩罚。太监梁芳是万贵妃的红人，曾向其大量进献美珠珍宝，得到宠信，一些奸佞之徒通过走他的门路，得到包括太常寺卿在内的官职。孝宗在执政的第6天，就把他送入诏狱。李孜省因为依仗万贵妃作恶多端，公然操纵内阁大臣随意罢免、提拔官吏，被谪罚戍边。两个月后，孝宗又下令罢免传奉官，将那些冒领官俸的艺人、僧徒一概除名，先后总计有3000人之多。接下来，孝宗又拿混在内阁中的奸佞开刀，首先罢了万安的官。万安的靠山同样是万贵妃，为了巴结这个女人，竟不知羞耻地称自己为她的侄子，在万贵妃的包庇下，劣迹斑斑，声名狼籍。孝宗还是太子时，就对此人非常反感，即位后，在宫中发现一匣奏疏，内容都是讲房中术的，末尾的署名又都是“臣安进”，于是派人拿着这些奏疏到内阁找到万安，严厉指责他：“这是大臣写的东西吗？！”万安羞愧得汗流满面，一句话也说不出来。孝宗遂下令罢免其官职。除此之外，孝宗还以各种方式处罚了另外一些奸佞之徒。在清理过程中，孝宗注意方式方法，没有大开杀戒。被砍掉脑袋的，只是罪大恶极对宪宗诲淫诲盗的僧人继晓。一系列堪称圣明的行动，好像一阵冲刷污垢的暴风雨，使宫廷之内的坏人骤然减少。这为全面刷新政治，起了清除障碍的作用。
与罢斥奸佞相并的是任用贤能。为了熟悉官吏的情况，弘治元年三月，孝宗下令吏、兵两部，把两京文武大臣、在外知府守备以上的官吏姓名，全部抄录下来，贴在文华殿的墙壁上，遇有迁罢的人，随时更改。他还多次指示吏部、都察院：“提拔、罢免官吏的主要标准，是看此人有无实绩。”由于孝宗注意任用贤能，形成了“朝多君子”的盛况，出了许多名臣。
孝宗即位后，还很注意广开言路，于是在他上台不久，形成了臣子纷纷上书的生动局面。如这年三月，都御史马文升上疏言时政十五事，其中的一条是“节约费用，以解救百姓生活的艰难困顿”，他说：“宫中所供应的物品，如果陛下能节俭一分，则百姓受益一分。”言语极为尖锐、深刻。孝宗对这个建议非常赏识，嘉奖了马文升，并下令削减宫中开支。正统以来，皇帝每天只有一次早朝可面向群臣，大臣们为时间所限，进见言事，不过片时。这样一来，皇帝与大臣们见面的时间很少，只好在一些重大问题上听信太监的意见，对大臣们的了解也很少。鉴于这种情况，吏部尚书王恕建议，孝宗除早朝之外，最好每天再在便殿召见大臣，谋议政事，当面阅其奏章，下发指令。王恕认为，这不仅可以使皇上加深对大臣们的了解，而且可以提高其处理政事的才能，使正确的意见得以贯彻执行。孝宗听到后，觉得很有道理，遂开始增加“午朝”，每天在左顺门接见大臣，倾听他们对政事的见解，做出了许多重大决策。
新君即位之初勤于朝政，而后荒疏，继尔江河日下的事例，史书每每可见。明王朝的君主尤为明显。但孝宗是个例外，弘治初年的诸多优点，在以后几乎一直保持下来。
孝宗之所以能做到这一点，是因为孝宗的周围，有一批对朝廷忠心耿耿的大臣，如王恕、马文升、刘大夏、刘健、谢迁、李东阳等人，为他励精图治立下了汗马功劳。在群臣之中，孝宗最信任的是王恕，也因有了王恕，孝宗才如虎添翼，雄风大振。王恕是在成化末年被宪宗强迫致仕的老臣，以“好直言”著称。孝宗即位后两个月，由于许多大臣的推荐，将他任命为吏部尚书，一直干了将近6年之久。新君的善任使王恕感激不尽，在职期间，除了仍能上疏抨击时弊之外，忠于职守，先后向孝宗引荐了包括刘大夏在内的许多人才。孝宗极为赏识的还有马文升。这是一位文才武略兼备的大臣，弘治二年（公元1489年）由左都御史升任兵部尚书，并提督12营团。马文升到职以后，因兵备久驰，他大力整军，罢免了30余名不称职的将校。结果惹起遭贬将校的怨恨，有人夜间持弓等在他的门口，企图行刺，还有人写了诽谤信，射入皇宫之内。孝宗立即下令锦衣卫缉捕，并特拨骑士12人，时时跟随保卫马文升。数年之后，孝宗仍把重用忠良之士做为治理朝政的保证，又陆续把刘健、谢迁、李东阳等人提升到内阁当中，参预机务。对于内阁大臣们的奏请和意见，孝宗初时尽管大多能听从，有时也并非全都认可，但后来他看到这些人确实在同心辅佐，信任程度便大为加强。凡阁臣们的奏请，无所不纳，与他们的关系极为融洽，因刘健曾在他做太子时，担任过讲官，就一直称其为先生，尊重异常。孝宗接见刘健等人的时候，往往要左右之人退下，据这些人出去讲，孝宗对阁臣们讲的话，言听计从，每每称善，这种情形在君臣之间，确实少见。
孝宗在减轻百姓负担上也做了许多好事。这表现在减免灾区的赋税征收上。从弘治三年河南因灾免秋粮始，他对每年奏报来的因灾免赋要求，几乎无一例外地加以同意。弘治六年，山东因灾情严重发生饥荒，孝宗闻奏之后，向灾区发送去帑金50余万两，米200余万担，并派了官员监督发放，不仅免除灾区税赋，还通过赈济拯救了260余万灾民的生命。为了整治黄河以及江南的水患，孝宗令刘大夏于弘治五年七月，来到了山东，坐镇阳谷。刘大夏不负使命，完成了多项水利工程，历时两年，终于治服了水害。奉旨到江南治理水害的工部侍郎徐贯，也出色地完成了钦命。他在江浙地区大搞调查研究，从而确定了比较完善的治水方案，一举修建、沟通河、港、泾、湖、堤岸等135道，从而使洪水通过吴淞、白茆地方的渠道，毫无阻拦地泄入海中，除掉了威胁朝廷主要经济区的一大祸害。
在施恩于百姓的同时，孝宗继续虚心纳谏，鼓励广开言路的风气，亲近大臣，远离小人，勤于政事，表现得相当明智。弘治九年闰三月，少詹事王华在文华殿向他进讲《大学衍义》，趁机揭发太监李辅国与张皇后关系甚密，招权纳贿。此事被李辅国知道后，马上报复，说王华有种种劣迹，应予驱逐。孝宗没有听信这番鬼话，反而哈哈大笑，传令中官赐食给王华，以示亲近。弘治十年二月，孝宗在后苑游玩的时间过长，侍讲学士王鏊反复规劝，孝宗当时没有接受，事后却没有怪罪，而是对诱导他玩乐的太监说：“讲官指出这一缺点完全正确，是一片诚挚之情，完全是为我着想啊！”自此之后，不再到后苑游猎寻欢。为了引导大臣们踊跃进言，孝宗还经常提出这件事情，请人们知无不言。他为取消讲官的顾虑，避免讲官为此观望，不肯大胆进言，特召来刘健等人，说：“讲书必须要讲那些圣贤之言，如此直言不妨。”进而又明确要求阁臣们：“传我的话给诸位讲官，不必顾虑。”孝宗如此虚心，在明王朝历代君主中是不多见的。
为了加强军事力量，弘治十五年（公元1502年），孝宗将曾修治黄河有功的刘大夏，由总督两广军务的左副都御史，提升为兵部尚书。刘大夏在兵部尚书任内，颇想痛行一番改革，因此常把民间的真实情况告诉孝宗。有一次，孝宗在便殿召见刘大夏，问他：“你几次对我说天下已经民穷财尽，祖宗以来征敛有常，我也尽力采取措施减轻百姓的赋税、徭役，为什么还是这样呢？”刘大夏回答说：“陛下以为征敛有常规，其实不然。我在两广任职，每年见广西取铎木，广东取香药，费以万计。这种情况，陛下可知道？”孝宗又问军队的情况，刘大夏回答说：“与百姓一样穷苦不堪。”孝宗很不理解，说：“士兵平时月有口粮，出征时也有行粮，怎么会穷？”刘大夏向他报告说：“将领统帅克扣的数量，在半数以上，怎能不穷？”孝宗遂感叹道：“我做君主已经很久了，竟不知天下军民如此困苦，这也是我失职啊！”于是，下诏严令将帅不得侵吞士兵的军费。孝宗对刘大夏这样的大臣，非常喜爱，经常召他在一起商讨大事。有时与刘大夏在一起交谈的时间过长，感到十分疲劳，就传司礼太监李荣搀扶走路。有一次早朝，刘大夏立于一侧，孝宗没有看到，第二天就告诉他：“你昨天失朝了吗？我担心御史找你的麻烦，所以当时也没让人召你。”这个小小的误会，足以说明孝宗对爱臣的感情。在孝宗的支持下，刘大夏大力整顿军事。先是从核查军队虚额入手，补进了大量壮丁，同时也请孝宗停办了不少“织造”和斋醮。孝宗看了刘大夏写的“兵政十害”的疏奏，接受了他的许多建议，不过，也有一些保留，有的因为牵扯到权贵和近倖，孝宗认为与军备关系不大，就搁置起来，没加批示。如刘大夏力主把分布在各地的“镇守中官”一律撤召回京，这是一个正确的意见，但孝宗就没有同意。
在阁臣以及六部尚书的支持下，孝宗在弘治初年对朝政加以治理的基础上，沿着改良的道路，继续向前迈进，取得了明显成效。但勋戚宦官等为非作歹，仍是一个严重的社会问题，对此孝宗特别予以了注意。弘治三年九月，孝宗下令禁止宗室、勋戚奏请田土，不准接受外人的投献钱财、物品。这是一场几经反复的斗争。勋戚近臣对这项命令，几乎都持反对意见，并在行动上不加收敛，公然蔑视各种规定，他们中的一些人有的在京师之中大开店铺，邀截货商，收受献品，有的还在府中养了大批仆从，任意肆虐百姓。面对这种情况，孝宗再一次下达了关于“禁势家侵夺民利”的命令。弘治九年，孝宗排除阻力，首先对民愤极大的张皇后的两个兄弟开刀。皇后有两个弟弟张鹤龄和张延龄，张氏兄弟仗势骄肆，纵使家奴夺取民田、民宅，指使官吏释放行赂的囚犯，十分霸道。朝中大臣十分愤慨，纷纷上奏，孝宗收到举报后，就派人去调查，结果属实。孝宗毫不客气地严令制裁。
由于宫中一些太监对孝宗有很大的影响，孝宗身上的有些毛病改起来比较困难，尽管与他多年来的勤于政事的长处相比，这都瑕不掩瑜，但毕竟有失明君的形象，况且他也有铸成大错的时候。如他有热衷于斋醮、修炼的缺点。在政务上，孝宗对一些好的措施，也不能完全持之以恒，言而不行和中途动摇的情况，并不少见。在情况最严重的几年当中，孝宗停止了午朝的做法，除了早朝还能坚持，与大臣们几乎不再见面。章奏的批答也不及时，有的竟能滞留数月之久，批示过的也不过问执行的情况。幸好这种情形，到了弘治末年得到了改变。弘治十四年（公元1501年）之后，孝宗接到的劝谏疏奏日益增多，使他越来越清楚地认识到了自己的错误，并且注意了改正。
在孝宗的诸多失误当中，有一条是对皇戚勋爵的不法行为，缺乏一以贯之的打击。他曾经将这个问题看得相当严重，于弘治三年、九年下决心解决，但落到实处的制裁措施不多，其阻力主要来自张皇后。
弘治十八年三月，户部郎中李梦阳上书“指斥弊政”，洋洋数万言。其中指斥张皇后的兄弟张鹤
龄尤其严厉，揭发他招纳无赖，渔肉百姓。张鹤龄与皇后母亲金夫人听说后，金夫人天天在孝宗面前哭闹，要将李梦阳下狱。孝宗不得已，照着做了。科道官纷纷上疏营救，金夫人也不放弃攻势，又在孝宗面前哭闹，要求对其加以重刑。孝宗大怒，推案而起。接着刑部来请示处理意见，孝宗毫不犹豫地提笔批示：“梦阳复职，罚俸三月”。过了一些日子，孝宗夜游南宫，张鹤龄入内陪酒，皇后、金夫人也在场。酒至半酣，皇后、金夫人入内更衣，孝宗独召张鹤龄谈话，左右不得闻，但见张鹤龄免冠叩头不止。鹤龄兄弟从此大为收敛。不久，孝宗在一次召见刘大夏时，谈完其他事情，又询问社会上舆论的情况。刘大夏告诉他：“最近放了李梦阳，中外欢呼，交口称赞陛下的圣德。”孝宗对他说：“李的上疏中有‘张氏’两字，有人说这是对皇后的污辱，我没办法才将他下到狱里。刑部的请示一到，我曾经问人如何处置，有的竟说要杖责。我知道这些人的本意是要重责梦阳致死，以快妇人之忿。所以我下令将其释放复职，也不让司法拟罪。”
对皇戚勋爵的打击，在李梦阳获释之后，自然就达到了顶峰。锦衣卫和东厂的侦缉往来探听，据实治罪，颇有声势。那些往日横行不法的权贵，从孝宗的决断行动当中，感到寒光闪闪的利刃正在逼近，纷纷收敛了劣迹。京城中悄悄关闭了若干商栈店铺，被遣散的家奴仆人也纷纷另寻生路。京城一带遂告平安。
孝宗在执掌权力的最后一段时间里，全力以赴整顿朝纲，渴望帝国的振兴。弘治十八年，首辅李东阳奉旨去山东曲阜祭祀孔子，时值大旱，返京的路上，李东阳将所见所闻奏告孝宗，其中多是朝弊造成的不良后果。孝宗接到奏报，流下了痛心的眼泪，他反躬自省，竟夜不能眠。也就与此同时，工部尚书曾钅监为削减宫中的开支，向他进言，裁减尚衣局、军器局、司设监的匠人，他毫不犹豫地就加以批准。此后，他又接到了宫内针工局计划招收大批的裁缝入宫的奏告，就没有同意。孝宗还下令裁减织造数额的三分之一，大大节省了经费开支。
孝宗临死之前，给将要接替自己继续执掌权力的皇太子留下了大笔有形和无形的财富，留下了弘治贤相和能臣，留下了宗社的安定，也留下了殷殷期望。对自己的一生，他自觉问心无愧，惟一放心不下的，是苦心经营出的“弘治之治”的瑞祥气象，还能持续多久？他是多么希望继位的皇太子能将他的政绩发扬光大，使“弘治之治”连续成“弘正之治”。但遗憾的是他的希望落空了。36岁的孝宗死于公元1505年五月，葬泰陵。