正统十四年（公元1449年）八月十五日，“土木之变”发生后，明太皇太后张氏下令，让英宗的异母弟弟郕王朱祁钰监国，总理国政，立英宗长子朱见深为皇太子，正位东宫。这一年，朱见深只有两岁。
景泰元年（公元1450年），受尽屈辱的英宗大难不死，被也先送回北京，这时朱祁钰已经在朝臣们的拥戴之下，做了快一年的皇帝，年号也改作景泰。朱祁钰珍惜到手的权力，不肯拱手让出，把英宗送入南宫加以幽禁，因此朱见深在东宫居住的时间没能太久，景泰三年，他的太子之位被废掉改封为沂王，朱祁钰封自己的儿子朱见济为太子。
朱见深小小的年纪，每日只会玩乐游戏，对当不当太子，也就视同儿戏一般。他虽然不是太子了，但还蒙伯父开恩，不加以伤害，得到了沂王的封号，照旧过着优裕的生活，衣食无愁。在后宫里，他最亲近的有两个人，一个是他的母亲周贵妃，另一个是因反对废掉朱见深太子地位而被朱祁钰废掉的皇后汪氏。汪后与周贵妃脾气相投，关系一直很好。汪氏对朱见深十分喜爱，经常不避人前地与周贵妃往来走动，由此遭到了朱祁钰的斥贬。因此，朱见深对她十分尊敬。
景泰八年正月十六日夜里，发生了富有戏剧色彩的“夺门之变”。英宗朱祁镇重新登上了皇帝宝座。随着父亲的复辟，朱见深也有了出头之日，很快恢复了太子的地位。英宗复辟后，朱祁钰很快就病死了，报复心极强的英宗下令他的嫔妃全部为其殉葬，其太监拟出的名单上也包括汪氏。朱见深听说后，马上找到父亲，告诉了汪氏当初遭贬的事因，英宗遂与宽宥。朱见深还请求父亲，允许汪氏出宫安居旧邸，并将私蓄一并带去。这以后，朱见深时常陪母亲去看顾汪氏，并邀请汪氏进宫叙谈家常，感情一如当初。
天顺八年（公元1464年）正月二十六日，18岁的朱见深即位，是为宪宗，以第二年为成化元年（公元1465年）。
在治理朝政方面，他给人的最初印象，是一个有朝气的青年。为了保持安定，宪宗继续任用了一大批父亲信任过的老臣，尤其将李贤视为得力的辅臣，基本做到了言听计从，并且又陆续在内阁中添进了许多忠直之士，使朝事稍有起色。
宪宗知道，新君临朝给人印象最深的是能否割舍私爱。他把这利刀首先挥向了典玺太监王纶。王纶是宪宗做太子时最喜爱的一个内官，宪宗即位之前，朝官中有人预料王纶日后必有大用，就极尽巴结，王纶也毫不避讳，在朝中造成了很坏的影响。宪宗即位后，依照李贤的建议，立即将王纶逮捕下狱，发配到南京服苦役。前兵部尚书于谦曾在土木之败后力撑危局，挫败了兵临京城之下的瓦剌大军，后被人陷害，被英宗砍了脑袋。宪宗还是太子的时候，就闻知这是冤案，为了平息朝野的怨怒，他不为父讳，下令为于谦平反。他继位后做的这几件事尚得人心。
宪宗继位时的阁臣，开初时有3位，按级别排列分别为李贤、陈文、彭时。尤其是李贤颇有宰相风度，身为大学士兼吏部尚书，为政识得大体，在用人方面，进贤而退不肖。在宪宗的支持下，李贤经手提拔了一批忠于朝廷的官吏，同时革斥了4000多名冒“夺门”之功而膺爵位的投机者。陈文、彭时也是尽心辅佐。宪宗对此深怀感激之心，特赐给厚禄，以示嘉许。成化元年（1465），南方大旱，湖广、河南、陕西、四川交界处的荆襄地区，流民不堪赋税徭役之苦，造起反来。宪宗接到奏报，令湖广总督李震为总兵官，由工部尚书白圭提督军务，率军征讨。官军装备精良，人多势众，打了一年，流民溃散，宪宗如愿以偿地听到了胜利的消息。作为登基之初的新君，宪宗对荆襄战事比较看重，他钦点军事将领，批阅拜表奏章，派心腹太监去前线监军，颇费心机。然而，一波未平，一波又兴，广西境内大藤峡的瑶民起事。内阁大臣火速急议，李贤主张征讨，宪宗对此表示同意。圣旨传出后，右佥都御史韩雍点起16万军马，向广西杀去。大战于十二月初开始，大藤峡一带，丛山盘曲，岩洞极多，韩雍分进合击，瑶民殊死抵抗，双方死伤惨重。大约有一个月左右，瑶民战败，大藤峡一带遂告陷落。事后，韩雍令士兵把大峡中的青藤砍断，把大藤峡改名“断藤峡”，并摩崖勒石，立了纪功碑。捷报驰抵京师时，正值大雪初降，宪宗踏雪赏玩归来，兴致未消，又添喜悦，格外兴奋。他传旨嘉奖、提拔韩雍，让其担任右副都御史，提督广西军务。
以后宪宗又镇压了荆襄山区人民起义，派兵击退了北方蒙古连续对西北河套地区的进攻。朝野因此对宪宗大为赞许。
在宪宗第二次当上太子第四年的时候，他身边出现了一个叫万贞儿的女人。万贞儿是孙太后宫中的使女，因其父亲犯罪，她在四岁时被没入宫中，长大后颇有几分姿色。孙太后爱她伶俐勤快，召入仁寿宫，让她掌管衣服、首饰。朱见深常去孙太后那里，万贞儿与他逐渐地熟悉起来，继而发展到亲昵无间。孙太后崩逝之后，朱见深向母亲请求，让这个年长自己17岁的万贞儿入事东宫，服侍自己，两人很快就到了形影不离的地步。宪宗登基后，照例要册立皇后。正宫皇太后钱氏和皇太后周氏选中了吴氏，于是宪宗遂于天顺八年七月成婚。成婚之后，还要选妃。宪宗没有忘记万贞儿，向母亲提及此人，太后同意封为贵妃。万贞儿出于对吴后的嫉妒，对其语言多有不恭。吴后难以忍耐，两人闹到语言不能解决问题的时候，吴后于是令宫女执杖对万贵妃大打出手。宪宗知道后，次日就入禀两太后，说吴氏脾气太坏，举止轻佻，定要废易。太后们开初不同意，阁臣也力劝他放弃此念，他坚决不听。于是，吴后被缴还宝册，贬入冷宫，另选了王妃做皇后。这时，吴后正位正宫，只不过32天。吴后被废掉后，万贵妃更加有恃无恐，而皇后王氏秉性恬淡，凡事退让，只是名义上的皇后而已。宪宗对万贵妃的宠爱，使宫中的太监有了风向标，他们纷纷投靠在万贵妃门下，挖空心思地为她进献美珠珍宝，并且假托圣上的旨意，到民间搜刮采办，苛扰百姓。作为回报，万贵妃对这些太监有求必应，使他们得以青云直上，有机会干预朝政，形成了很大的势力。一些在各省的“镇守中官”，也都因朝中有人，颐指气使，位居总督和总兵官之上。宪宗对此时有所闻，却毫不在意，为了使万贵妃合意，无论什么事情，都可听她所为。
出于享乐心理，宪宗对朝事的兴致大减，初临丹墀时的朝气很快就消磨掉了。在万贵妃的影响下，他一掷千金地大肆挥霍，建造了大量祠庙宫观，小心翼翼地陪万贵妃拜佛炼丹，尽情欣赏歌舞，做种种消磨时光的游戏。早朝已经成为负担，动辄就被取消，即便升朝，也是摆摆样子，礼成而退，疏奏大都扔给太监去批复。大臣们耳闻目睹宪宗的变化，痛心疾首，一些人纷纷上疏，劝他励精图治。彭时一针见血地说：“万贵妃已过生育之期，毛病甚多，不可专宠。希望陛下分恩宠于众妃。”宪宗对此不加理睬。由于万贵妃横行六宫，宪宗日思暮想的皇子一直没有出生。成化七年（公元1470年）柏贤妃曾经生下一个儿子，被立为皇太子，但不到一岁，就被万贵妃害死。直到成化十一年，才有太监张敏告诉他，一个来自广西的宫女纪氏，已经替他生了一个儿子，藏在后宫的安乐堂内。事情挑明后，内阁首辅大臣商辂等为了使皇子逃过万贵妃的毒手，建议交给皇太后周氏抚养，并立即册立为太子。这是一个非常正确的建议，宪宗照办之后，不仅保住了皇子的性命，而且使万贵妃感到固宠的手段已被识破，遂不再滥行堕胎、毒杀的手法，索性让各个妃嫔多生几个皇子，以与太子争宠。于是，宪宗又增添了11个儿子。
宪宗不仅在宫廷内宠信万贵妃搞得后宫不宁，与此几乎同时，还重用宦官汪直，搞得朝臣人人自危。汪直开始只是万贵妃的内侍，由于他奸诈异常，能曲意迎合贵妃心意，尤其会敛财讨她的欢心，以后被万贵妃推荐给宪宗，执掌御马监。宪宗对汪直，开始时印象还不深，但经过一段时间，汪便成为了宪宗须臾不可离开的人物了。
成化十二年宫中发生了一起令宪宗极为不安的事情，有个叫李子龙的人被太监私放进宫，图谋不轨。事后宪宗为安全起见，就命令汪直易服化妆，经常带校尉不断外出打探消息。汪直对此非常尽心，街头巷尾的事情，无所不报。这不仅取得了宪宗的信任，而且宪宗一高兴，下令成立西厂，并由汪直提督，其势力大大超过原有的东厂和锦衣卫。
在宪宗的支持下，汪直的地位日益巩固，自此他结党营私，屡屡制造骇人听闻的冤狱，到后来朝中公卿大臣，一遇到他都像避瘟神似地改道而行，没人敢招惹是非。一次，兵部尚书项忠因为在路上没有让道给汪直，便受到了汪直的当面凌辱。汪直的胡作非为，搞得政治空气极为紧张，引起了众大臣的反对，大学士商辂、尚书项忠的上书导致了西厂于成化十三年五月一度被罢。但宪宗对汪直的处理十分宽大，仅仅是令他回御马监再操旧业，使群臣大失所望。
宪宗虽然被迫取消了西厂，但仍念念不忘汪直，而汪直对商辂等人的报复，也来得十分迅速。没过多久，宪宗就接到了汪直对商辂加以诽谤的奏报，说他在朝中任用了坏人，接着，又有御史戴缙因商辂没有及时加以提拔，对商辂加以攻击，并吹捧汪直公正无私，建议恢复西厂。宪宗一见有人提出恢复西厂，正中下怀，便顺水推舟，再开西厂，让汪直官复原职。商辂见西厂又被恢复，知事不可为，于是上疏要求致仕。宪宗也乐得他离开，在恢复西厂的当月批准了他的辞呈。汪直复职后，立即指使西厂诬告项忠有不法之事。宪宗依从汪直的建议，下令三司法和锦衣卫对其进行会审。参加会审的官员对宪宗的意思非常清楚，虽然抓不到什么证据，还是定了项忠的罪，把项忠削职为民。株连所及，一时九卿等官被撤职者达数十人之多。
西厂一事过后，宪宗对汪直更加信任，他听从汪直的建议，把统制三边的王越提升为兵部尚书，把边将陈钺提升为右副都御史、巡抚辽东。王越是一名立过战功的边将，但为人品格却不太高，与汪直过从太密，以后终于因此而倒了霉。陈钺也是如此，在跟着汪直做了许多坏事以后，没有得到好的下场。
对宪宗纵容汪直横行宫掖的行为，大臣们一直没有放弃劝谏，许多人以对汪直的不恭行为，从侧面对宪宗加以提示，使宪宗渐渐地明白过来。
成化十五年（公元1479年）秋天，宪宗出于对边事的关心，下令汪直巡视边疆。边臣得知汪直巡边，害怕受责，极力加以讨好，沿途数百里，陈设供应，奢侈铺张到了惊人的地步。兵部侍郎马文升受命镇守辽东，他对汪直的所作所为十分不满，对汪直没有恭敬。结果汪直就给马文升加上了扰边的罪名，把他贬戍边城。河南巡抚秦肱对此十分不平，向宪宗密奏了这一罪行，宪宗虽然不太相信，但对汪直也有了看法。
成化十七年秋天，汪直奉诏巡边已有整整两个年头。就在汪直巴望回京的时候，宪宗却屡屡不准其请，只召还了跟随他的官吏。这是一个疏远汪直的信号。给事中、御史们一见这种情况，乘机纷纷上疏，把汪直泄露宫中秘闻，以及勾结外臣的许多不法行为，一一揭发出来，请求撤销西厂，内阁大臣万安也上书支持这些言论，大同巡抚郭镗千里之外又上了一疏，揭发汪直和总兵许宁不和，恐贻误边事。宪宗于是下令将汪直召还，不过没有让他进京，而是发落到南京御马监，随后，又撤销了西厂。不久，宪宗又根据万安的建议，罢了汪直的官，驱逐了汪直的亲信王越、陈钺等人，召还前兵部侍郎马文升，令为左都御史，巡抚辽东。宪宗的这一举动，令文武百官感到十分鼓舞，认为圣上终于被感化了，从而对朝政充满了信心。
本来在打击了汪直势力之后，满朝文武欢欣鼓舞，宪宗有了一次重振朝纲的机会。但谁知这时的宪宗不仅没有振作，而且又沉溺于两件事上。一是求道炼丹，以此来延长他的寿命，本来宫中已经有一些祀求仙道的斋坛，他对此仍不满足，经常令人加盖翻新。炼丹也到了着迷的地步，宁肯为此废寝忘食。再就是与妃嫔耳鬓厮磨，终日沉溺于床第。太监梁芳见宪宗如此迷恋歪门邪道，就向他推荐了一个僧人，名叫继晓。继晓对房中之术很有研究，不断地对宪宗加以指导，并自制了一些春药，供其使用。宪宗按照继晓所嘱行事，很有成效，于是就将继晓留在京城，在西市建了大永昌寺，耗费了白银数十万两。从这往后，六部尚书和九卿科道大臣基本就见不到他的面了，就连内阁大学士，一年当中被召见也是数得过来的几次。
这时的宪宗偶尔还有点兴趣的朝事，是任命官吏。祖制规定，皇帝任命大臣要经过廷推，提升小官要经过吏部铨选，而且各衙门有一定的员额。宪宗不管这些，随意让太监传旨任命人为官，出身资格一概不拘。被任命者大多是江湖术士，和尚、道士、番僧、优伶、
工臣。这些官，全是不合格的人员，因此被称为“传奉官”，总数多达3000余人。
成化二十年（公元1484年），为了使宪宗能摆脱梁芳、继晓的控制，刑部员外郎林俊满怀愤懑地上书，要求宪宗把梁芳、继晓正法。宪宗十分恼怒，下令将林俊捕入诏狱。司礼太监怀恩对林俊深表同情，面奏宪宗，请予释放。宪宗大发雷霆，提起桌上的端砚，向怀恩用力掷去，随后拍案大骂道：“你竟敢帮助林俊诽谤我啊！”事后，由于怀恩对镇抚司施加压力，镇抚司才没敢对林俊治罪，只是将其降职使用。林俊敢于直言上疏的勇气，极大地鼓舞了朝中的言官，于是，不久因此而引发了又一场上疏行动。
成化二十一年（公元1485年）元旦，宪宗受贺退朝之后，刚刚吃罢午饭，突然晴空炸响霹雳，听后不禁为之悚惧。在一宿心神不安之后，宪宗在早朝上向群臣询问阙失。吏部给事中李俊立即陈言，数说了时弊的6个方面，语气极为沉痛。宪宗听后，不禁心有所动，下诏将已封为国师的继晓革职为民，斥罢传奉官500余人。一些给事中、御史见李俊入奏有效，喜出望外，也纷纷上疏。不料，宪宗能够改正一些缺点，并非出于自愿，他对这些疏奏根本就不想披阅，反而对进谏者都耿耿于怀，令吏部尚书尹旻将奏章所署的名字，一一记录下来，以后寻找机会一一给以远调或者罢免。
成化二十三年，宪宗终于脱离了万贵妃的控制。这个女人在掌控了宪宗整整23年之后，死于肝疾。
万贵妃死后，宪宗念及她的种种好处，特别是年幼时的一段情分，洒下了眼泪。他命治丧一切按皇后的待遇办理，并辍朝七日，给万贵妃加了荣耀的封号。
到这一年的八月，宪宗染上了重病，并一病不起，很快就结束了自己碌碌无为的一生，死时41岁，葬于北京昌平县天寿山下的茂陵，庙号宪宗。