萧昭业是文惠太子的长子，小名“德声”，自少时便由竟陵王妃袁氏抚养。萧赜即位后，其父萧长懋被立为太子，他袭爵成为南郡王。萧昭业少时眉清目秀，举止文雅，口齿清楚，甚得爷爷萧赜钟爱。当时王侯每五日一入宫问讯，萧赜却常单独召萧昭业入宫，关切地询问他的饮食起居和读书情况。萧昭业爱好隶书，凡他写的字，萧赜都看得极为珍重，不准随便传出宫外。文惠太子去世后，萧赜因竟陵王萧子良不报告太子奢侈僭越之事而恼怒，开始嫌责子良，有意立萧昭业为皇位继承人了。
永明十一年（公元493年），萧赜逝世，萧昭业继位。萧昭业在爷爷的丧期即位，在百般疼爱他的爷爷的灵前，他放声痛哭，跪在地下久久不肯起来，引得观者无不垂泪，暗赞他孝顺、懂事。但一等入内，他就完全变了一个人，有说有笑，又令乐队奏乐取乐，那些久跟在他身边的人对此丝毫不觉惊奇，因为他的表现一如当初为父亲文惠太子守丧时。
萧赜的遗体要移出太极殿了，萧昭业亲自安排指挥。因叔叔竟陵王萧子良在萧赜临去世时受到王融的极力拥戴，萧昭业对此耿耿于怀，特意派将率200人全副武装地守在太极殿西阶，监视正在中书省的萧子良。
为了报答那些为自己即位尽力的有功人员，培养自己的势力，他下诏假称遗诏，以武陵王萧晔为卫将军，西昌侯萧鸾为尚书令，太孙詹事沈文季为护军。又让心腹周奉叔、曹道刚临殿中警卫。
即位十余日，萧昭业下令收捕那个欲拥立竟陵王萧子良的中书郎王融。王融被捕入狱后，萧昭业令中丞孔稚珪奏王融险躁轻狡，招纳不逞之徒，又诽谤朝廷，要穷治其罪。萧子良听说王融被捕，心里非常沉重不安。王融是为拥立他而得罪的，现在连他都受到萧昭业的怀疑，处境困难，对王融的事是爱莫能助，连过问一下都不敢。正在他心神不宁之时，王融派人来见，苦苦哀求萧子良救王融一命，萧子良只是唉声叹气，不敢答应。不久，萧昭业将在狱中的王融赐死。
一日，萧昭业来到萧赜储钱的斋库，只见里面有钱数亿。萧赜在位期间，上库储钱五亿万，以备军国之用，斋库聚钱也超出3亿万，以作宫廷费用，其他金银布帛不可胜计。见自己已腰缠亿万贯，萧昭业便尽情挥霍，为斗鸡玩，曾花数千钱买一只好斗鸡。又动辄赏赐幸臣群小，一出手就是十几万、几百万。不到一年，武帝萧赜时储的钱财就所剩无几了。
萧昭业喜爱的另一种恶作剧是带皇后何氏和诸宠姬到主衣库去，打开大门，让她们拿宝器相投击，摔碎以取乐。各种宝器珍玩在他和皇后、宠姬的欢笑声中化为碎砾。在他的允许下，宦官和群小可到主衣库随意拿取喜爱之物。萧赜生前御用的甘草杖，则被宫人寸段，分而玩耍。
萧昭业即位的第二年，改年号为隆昌，不再延用武帝年号。
齐太祖萧道成的侄子萧鸾受遗诏与竟陵王萧子良一起辅佐萧昭业，萧子良因受怀疑自身难保，深居简出不预国事；萧鸾则以尚书令的身份处理国家大政，培植一己势力，萧昭业逐渐觉得大权旁落了。对他的一些胡作非为，萧鸾又常谏阻，萧昭业多不听从，依然我行我素，在内心对萧鸾很忌恨，总想除之而后快。但他深知靠自己一人绝对不可能成功，必须找个有威望的人来协助。他选择了尚书右仆射、鄱阳王萧锵。
萧锵是萧道成第七子，雍容大度，很得人心。武陵王萧晔去世后，他就是皇室诸王中最年长的了，因此萧昭业对他很信赖。一次，诸王入宫问讯，萧昭业单独留下萧锵，问道：“公闻萧鸾对我如何？”萧锵知其意，答道：“萧鸾在宗戚中年龄最长，且受寄于先帝。臣等皆年少，朝廷所能依靠的只有萧鸾一人，愿陛下不要以此为虑。”萧昭业听了，默默无言。退朝后，他对宦官徐龙驹说：“我欲与萧锵共计取萧鸾，他既不同意，我不能独办。且再听任萧鸾专权一段时间吧。”
萧昭业所宠幸的有中书舍人綦毋珍之、朱隆之，直阁将军曹道刚、周奉叔，宦官徐龙驹等。徐龙驹专权干政，萧鸾上言请求诛杀他。对此，萧昭业心里是一百个不情愿，但又不能拒绝萧鸾之请，只好忍痛杀了徐龙驹。这一来，他对萧鸾的忌恨就更加深了。
这时，萧昭业所信赖的萧谌、萧坦之见萧鸾大权独揽，又深得朝野之心，便自动依附萧鸾，劝其废帝另立，于是成了萧鸾安插在萧昭业身边的耳目。这一切，萧昭业完全被蒙在鼓里，毫不察觉。
一日，萧谌、萧坦之向萧昭业建议，周奉叔勇猛善战，应出镇外地，以为外援。萧昭业听了，觉得很有道理，便以周奉叔为青州刺史。周奉叔请求封他为千户侯，萧昭业应允。后又因萧鸾的反对，仅封为曲江县男，食三百户。周奉叔知道后，在众人面前大发雷霆，拔刀相威胁。萧鸾连忙好言劝诱，周奉叔才消了气。
周奉叔率众出发到青州上任的那天，萧昭业忽然接到尚书省的报告，说周奉叔轻慢朝廷，已被处死，不禁大吃一惊。原来，周奉叔所率部伍刚刚出发，萧鸾与萧谌称有敕，召他回尚书省，将他殴杀致死。然后，向萧昭业作了报告。对这种先斩后奏的行为，萧昭业虽然不满，但也无能为力，不敢说什么，只有可其奏而已。接着，萧鸾又以谋反罪杀了綦母珍之、杜文谦，萧昭业的主要心腹就被逐渐翦除干净了。
隆昌元年（公元494年）四月，太傅、竟陵王萧子良病逝。萧子良对萧昭业有养育之恩，但因萧赜去世前夕王融拥立之事，萧昭业对他怀恨在心，严加戒备。他虽受遗诏辅政，萧昭业又给他加殊礼，让他剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，但他却不敢干预朝政，整日忧心忡忡，终致忧虑成疾，一病不起而亡。萧昭业一直担心萧子良有异心，听到死讯后，兴奋异常，为萧子良举行了盛大而隆重的葬礼。
萧子良一死，萧昭业的心腹之患就只有萧鸾一人了。萧昭业急找中书令何胤商讨诛杀萧鸾事宜。何胤是何皇后的从叔，被萧昭业所亲信，让他入值殿省。他一听萧昭业要他杀萧鸾，非常害怕，绞尽脑汁找出种种理由劝说谏阻。萧昭业没主意了，只好打消念头。为了削弱萧鸾的势力，他又打算让萧鸾去居西州，中敕用事，凡国家大事由自己决断，不再谘于萧鸾。
萧鸾见情势至此，惧怕夜长梦多，加紧行动。卫尉萧谌密召诸王典签，要他们不准诸王外接人物，以防止诸王听到风声。由于萧谌历二帝，皆为亲要之臣，诸王典签对他是敬畏交加，听到他的吩咐，无不俯首听命。尚书左仆射王晏、丹阳尹徐孝嗣等也与萧鸾通谋，赞成废掉萧昭业另立。
七月二十二日，在萧昭业正准备秘密杀掉萧鸾的时候，萧谌奉萧鸾之命，率兵入宫，先碰上曹道刚与中书舍人朱隆之，二人未及反抗就被杀死。直后将军徐僧亮见状大怒，急呼宿卫兵众“以死相报”，话音刚落，立即被斩。萧鸾与王晏、徐孝嗣、萧坦之、陈显达、王广之、沈文秀等朝廷重臣也随后入宫。
这时，萧昭业正在平时举行宴会的寿昌殿，听说外面有变，吓得面如土色，急忙密写手敕，召萧谌入殿应付。然后，又令人关闭内殿各房阁。正在他惊慌失措的时候，萧谌已引兵进入寿昌殿。直到这时，萧昭业才知道引兵废他的正是他所信任依赖的萧谌。他扭头逃往宠姬徐氏房内，拔剑自刺不中，以帛缠住脖子。萧谌率兵士冲入延德殿，众宿卫将士纷纷操弓盾欲拒战，萧谌厉声喝道：“所取自有人，卿等不须动！”宿卫平时皆隶服于他，所以对他的话深信不疑。萧谌入殿，将萧昭业接出。宿卫见萧谌所取之人原来是皇帝，都想抵抗，萧昭业竟默默不语，一言未发，众人见状，失望地各自散去。萧昭业被萧谌等引至延德殿西弄害死，时年22岁，葬以王礼。萧鸾以太后令废其为郁林王，废何皇后为王妃，何姬与诸嬖幸皆伏诛。