后燕光始元年（公元401年），慕容熙当了后燕皇帝，长平信都（今河北冀县）人冯跋虽然依旧当他的中卫将军，但因以前曾经得罪过慕容熙，心怀恐惧，于是决定暂时躲进荒山沼泽中。
冯跋虽然逃亡在野外，但并没有过着与世隔绝的生活，而是经常派人下山打听后燕的消息。听说后燕赋役繁重，民不聊生，便对弟弟说：“慕容熙暴虐无道，又欺负我们弟兄，我们不能坐以待毙，应当见机行事，建立公侯大业。如不成功，我们也死而无憾。”于是兄弟俩潜回龙城。光始七年（公元407年）七月，慕容熙出城为皇后送葬，冯跋乘机关闭城门发动政变，推高云为首领，然后把躲在龙腾苑里的慕容熙抓起来杀掉。
高云虽被推为后燕王，但只是一个傀儡，什么事情都由冯跋兄弟作主，高云不满，暗地里纠集了一些大力士，想对付冯跋弟兄。高云亲信离班、桃仁负责禁卫军，因高云无法满足他们永无止境的贪欲，便于正始三年（公元409年）十月杀死高云。冯跋即派亲信张泰、李桑把离班、桃仁杀掉，顺顺当当地在昌黎（今辽宁义县）即天王位，史称北燕。冯跋将妻子孙氏立为王后，儿子冯永立为太子。
冯跋即位不久就下令全部废除后燕的苛政，明确规定官吏不得侵害百姓，并让司法官随时检查。后燕官员李训在慕容熙败亡时曾从后燕的国库里偷了数以万计的金银财宝，然后向北燕吏部尚书马弗勤行贿，被马弗勤提拔为方略令。冯跋知道这件事情后，把马弗勤狠狠训了一顿，又把李训杀掉，并下令严禁行贿受贿。从此以后，北燕行贿受贿的事情极少发生。
冯跋深知选拔和培养人才对治理国家的重要性，即位以后，提拔了德才兼备的郝越、张买成、周刁、温建德、何纂等人。又建了一所太学，选拔二千石以下官吏的子弟入学学习，任命长乐刘轩、营丘张炽、成周翟崇当博士郎中，管理太学。
农业是立国之本，冯跋对此十分重视。建立北燕政权不久，他就颁布了惩罚懒惰、奖励勤劳农民的条例，并规定每个农民必须种100棵桑树，20棵柘树。
冯跋执政时，北方的柔然正在兴起。北燕太平三年（公元411年）七月，柔然汗斛律派人向冯跋求亲，想把冯跋的女儿乐浪公主娶为妻子。当时北燕的大臣或多或少都有狭隘的民族偏见，对冯跋说：“按照过去的规矩，只能将宗室的女儿嫁给少数民族，我们应当把妃嫔的女儿嫁给斛律。如果把乐浪公主嫁给斛律，我们北燕不是太掉架子了吗！况且，柔然距我们很远，乐浪公主怎能受得了颠簸呢？”冯跋对他们说：“女人出嫁应随从丈夫，千里也不算遥远。我现在正想在异族中树立威信，怎能把妃嫔的女儿说成是嫡公主欺骗他们呢？”于是派游击将军秦都率领二千名骑兵把乐浪公主嫁给斛律。从此，柔然与北燕关系一直和睦。
北燕太平二十一年（公元429年），冯跋身患重病，将次子冯翼立为太子，代管国事。冯跋妾宋氏想把自己生的儿子受居立为太子，便不许冯翼和冯跋的其他儿子看望冯跋，只让她的心腹中给事胡福一个人出入冯跋病室。太平二十二年（公元430年）九月，冯跋垂死，胡福把宋氏的阴谋告诉了冯跋的弟弟冯弘，冯弘带兵闯进冯跋病室，冯跋受惊而死。谥号“文成皇帝”，高号“太祖”。