对拉丁教会自身来说，这种理性思维精神的重生对它影响极大，教会四分五裂，即使是那些幸存的部分，也遭到了极大程度的改造。
我们已经在前面的章节中介绍过了，公元11世纪至12世纪中，教会是怎样对基督教世界进行专制统治的；公元14世纪至15世纪，教会又是如何失去控制人们思想行为的权威的。另外，我们也已经论述过，先前那些支持并给予教会力量的宗教热情，后来是如何因为教会的狂妄、迫害和专制统治而站到教会对立面的。同时，我们也提到了，阴险多疑的弗里德里希二世是如何利用宗教怀疑论让王侯与宗教独裁产生纷争的。此外，教会的大分裂又极大地冲击了教会特权，加速了教会的宗教权力和政治权力的下降趋势。紧接着，与之对抗的力量便同时从这两个方面攻击教会。
就在教会日益失去权威之时，整个欧洲几乎都在传播英国人威克利夫的教义。公元1398年，捷克学者约翰·胡斯就威克利夫的教义在布拉格大学发表了一系列演讲。不久，威克利夫的教义便在普通百姓中得到迅速传播，并令人们热情高涨。从公元1414年到1418年，教廷为了解决教会的大分裂问题，在康士坦茨召开会议，并邀请胡斯参加大会。虽然皇帝向胡斯承诺会保证他的安全，但最终胡斯还是被捕了，被以宣传异端邪说危害大众定罪，并于1415年被活活烧死。然而，教会此举不仅没能镇压波希米亚人民，反而促使胡斯派信徒揭竿而起，并由此引发了接下来的一连串战争，拉丁系基督教的分裂也由此开始。为了镇压胡斯派信徒的起义，使基督教再次统一，教皇马丁五世颁布了组织十字军的训谕。
教皇为了对付波希米亚这个顽强的小国家，一共发动了五次十字军征讨战争，但均以失败告终。此次战争与公元13世纪的攻打沃尔多派的战争十分类似——在这一次战争中，公元15世纪整个欧洲的闲散人员都编入队伍并被送上进攻波希米亚人的战场。然而，波希米亚的捷克人毕竟不是沃尔多派，他们对自己的武装抵抗信心满满。在公元1431年的多马日利策战役中，只要远远听到胡斯派轰鸣的战车声、高亢激昂的圣歌声，还不等交手，十字军便如潮水一般地从战场上溃退下来。公元1436年，教廷在巴塞尔又召开了一次宗教会议，并在会上与胡斯派达成协议，终于承认了许多胡斯派的教义。
公元15世纪，欧洲爆发了一场大瘟疫，从而引起社会的动荡。当时人民的生活极为困苦，很多人都表现出极大的不满，在英格兰和法国不断爆发农民起义，目标直指富人和地主。胡斯战争之后，德国农民起义的规模越来越大，而且还染上了浓厚的宗教色彩。印刷技术的出现，更是促进了这种农民起义的发展。公元15世纪中期，莱茵兰、荷兰的印刷工人已经掌握了活字印刷的技术，后来英格兰和意大利也引进了这种印刷技术。公元1477年，在威斯敏斯特、卡克斯顿创办的一家印刷厂中，《圣经》被大量印刷出来。由此，《圣经》得到广泛传播，四处可见人们讨论有关《圣经》的问题，欧洲俨然成了一个《圣经》读者的世界，这实在是有趣得很。由于印刷业的发展，更容易获取的信息和更加清晰的主张源源不断地涌进普通百姓的头脑中，而此时的教会则问题缠身，如教会面临分裂且无力自卫，王侯们正准备着抢夺教会在其领土范围内搜刮的财富。
在德意志，一场轰轰烈烈的反对教会的斗争，在马丁·路德（1483年—1546年）的领导下展开了。公元1517年，在维特根伯格，马丁·路德针对正统教派的种种教义和礼节，提出了批判。最初的时候，他仿效经院哲学家的做法，用拉丁文来进行论战。后来，他则改用印刷术这一新式“武器”，用德文向人民大众宣传自己的思想。当时马丁·路德的境遇与当初的胡斯极为相似，也有许多人想要杀害他。不过，由于马丁·路德有许多王侯朋友——他们或公开或秘密与马丁·路德交往，再加上印刷品的传播，这样马丁·路德才能够活下来。
这是一个思想纷繁、信仰薄弱的时代，许多欧洲统治者为了自身的利益都切断了自己的臣民与罗马的宗教联系。他们尝试建立民族宗教，同时让自己成为宗教领袖。于是，一大批国家，如英格兰、苏格兰、瑞典、挪威、丹麦、德国北部、波希米亚等，都纷纷脱离了罗马教廷的控制。直到今天，这些国家仍保持着独立。
然而，这些王侯其实并不关心人民的道德和理性自由。开始的时候，他们为了壮大自己的力量以抵抗罗马，不得不利用民众对宗教的怀疑和暴动。一旦他们成功摆脱罗马的钳制，成为新建立的国家教会的领导者，他们便打算立即抢到民众运动的掌控权。但是，基督的教诲具有一种神奇的生命力，使得人们不管是处于宗教权威还是世俗王权的压迫下，都依然能超越忠诚和服从而追求正义与自尊。所以，罗马教廷分裂产生的王权教会又分裂出许多小教派，这些小教派不允许教皇或王侯阻隔在上帝与人之间。例如，苏格兰和英格兰的不少教派都拒绝承认教会的清规戒律，只把《圣经》当成其信仰和生活的唯一准则。在英格兰，他们被称作“不信奉国教者”。而这些人在公元17世纪到18世纪的国家政治中，起到了关键作用。他们拒绝让王侯担任教会的领导者，所以国王查理一世（1649年）才会被砍了头。在不信奉国教者的统治下，英格兰人过了11年安稳太平的日子。
人们一般将北欧各大派脱离拉丁基督教的运动称为宗教改革。宗教改革所带来的冲击和压力，同样也对罗马教廷产生了极大的影响，引发其内部深刻的变化。教会进行了重组，一股全新的精神闯入他们的生活。在这一过程中，一位名叫伊尼戈·洛佩兹·德·雷卡尔的西班牙年轻士兵发挥了重要的作用，实际上人们更愿意称他为“圣依纳爵罗耀拉”。早年的时候，他也曾有过一些颇具传奇的经历，然后在公元1538年成了一名教士，并获准创建“耶稣会”，尝试将慷慨侠义的军事传统注入到宗教机构中。耶稣会发展到后来，一度成为规模最大的传教机构之一，还将基督教带入中国、印度与美洲。它延缓了罗马教会的分裂速度，还提升了天主教世界的教育水准与智力水准，加快了天主教徒良心复活的速度，还极大地刺激了欧洲新教在教育方面做出具有竞争性的努力。如今的天主教活力四射、积极进取，这些都主要归功于耶稣会的复兴。