在圣彼得那件大作之外，还有别的建筑工程占据了他的暮年，如京都大寺、米开朗琪罗没有看见屋前盘梯的完成。京都大寺的建筑在十七世纪时才完工的。圣玛里亚·德利·安吉利教堂、关于米开朗琪罗的教堂，今日毫无遗迹可寻。它们在十八世纪都重建过了。翡冷翠的圣洛伦佐教堂、人们把教堂用白石建造，而并非如米开朗琪罗原定的用木材建造。皮亚门，尤其是翡冷翠人的圣乔凡尼教堂，如其他作品一样是流产的。
翡冷翠人曾请求他在罗马建造一座本邦的教堂；即是科斯梅大公自己亦为此事写了一封很恭维的信给他；而米开朗琪罗受着爱乡情操的激励，也以青年般的热情去从事这件工作。一五五九——一五六○年间。他和他的同乡们说：“如果他们把他的图样实现，那么即是罗马人、希腊人也将黯然无色了。”——据瓦萨里说，这是他以前没有说过以后亦从未说过的言语；因为他是极谦虚的。翡冷翠人接受了图样，丝毫不加改动。米开朗琪罗的一个友人，蒂贝廖·卡尔卡尼在他的指导之下，作了一个教堂的木型：——“这是一件稀世之珍的艺术品，人们从未见过同样的教堂，无论在美，在富丽，在多变方面。人们开始建筑，花了五千金币。以后，钱没有了，便那么中止了，米开朗琪罗感着极度强烈的悲痛。”瓦萨里记载。教堂永远没有造成，即是那木型也遗失了。
这是米开朗琪罗在艺术方面的最后的失望。他垂死之时怎么能有这种幻想，说刚刚开始的圣彼得寺会有一天实现，而他的作品中居然会有一件永垂千古？他自己，如果是可能的话，他就要把它们毁灭。他的最后一件雕塑翡冷翠大寺的《基督下十字架》，表示他对于艺术已到了那么无关心的地步。他的所以继续雕塑，已不是为了艺术的信心，而是为了基督的信心，而是因为“他的力与精神不能不创造”。一五五三年，他开始这件作品，他的一切作品中最动人的；因为它是最亲切的：人们感到他在其中只谈到他自己，他痛苦着，把自己整个地沉入痛苦之中。此外，似乎那个扶持基督的老人，脸容痛苦的老人，即是他自己的肖像。但当他完成了他的作品时，他把它毁坏了。一五五五年事。“他将完全把它毁坏，假若他的仆人安东尼奥不请求赐给他的话。”蒂贝廖·卡尔卡尼从安东尼奥那里转买了去，又请求米开朗琪罗把它加以修补。米开朗琪罗答应了，但他没有修好便死了。
这是米开朗琪罗在垂死之年对于艺术的淡漠的表示。
自维多利亚死后，再没有任何壮阔的热情烛照他的生命了。爱情已经远去：“爱的火焰没有遗留在我的心头，最重的病（衰老）永远压倒最轻微的：我把灵魂的翅翼折断了。”诗集卷八十一。（约于一五五○年左右）他暮年时代的几首诗，似乎表现火焰并不如他自己所信般的完全熄灭，而他自称的“燃过的老木”有时仍有火焰显现。
他丧失了他的兄弟和他的最好的朋友。卢伊吉·德尔·里乔死于一五四六年，皮翁博死于一五四七年，他的兄弟乔凡·西莫内死于一五四八年。他和他的最小的兄弟西吉斯蒙多一向没有什么来往，亦于一五五五年死了。他把他的家庭之爱和暴烈的情绪一齐发泄在他的侄子——孤儿——们身上，他的最爱的兄弟博纳罗托的孩子们身上。他们是一男一女，男的即利奥那多，女的叫切卡。米开朗琪罗把切卡送入修道院，供给她衣食及一切费用，他亦去看她；而当她出嫁时，她于一五三八年嫁给米凯莱·迪·尼科洛·圭恰尔迪尼。他给了她一部分财产作为奁资。是他在波佐拉蒂科地方的产业。——他亲自关切利奥那多的教育，他的父亲逝世时他只有九岁，冗长的通信，令人想起贝多芬与其侄儿的通信，表示他如何严肃地尽了他父辈的责任。这通信始于一五四○年。这也并非没有时时发生的暴怒。利奥那多常常试练他的伯父的耐性；而这耐性是极易消耗的。青年的恶劣的字迹已足使米开朗琪罗暴跳。他认为这是对他的失敬：“收到你的信时，从没有在开读之前不使我愤怒的。我不知你在哪里学得的书法！毫无恭敬的情操！
天性是猜疑的，又加和兄弟们的纠葛使他更为多心，故他对于他的侄儿的阿谀与卑恭的情感并无什么幻想：他觉得这种情感完全是小孩子的乖巧，因为他知道将来是他的遗产继承人。米开朗琪罗老实和他说了出来。有一次，米开朗琪罗病危，将要死去的时候，他知道利奥那多到了罗马，做了几件不当做的事情；他怒极了，写信给他：“利奥那多！我病时，你跑到弗朗切斯科先生那里去探听我留下些什么。你在翡冷翠所花的我的钱还不够么？你不能向你的家族说谎，你也不能不肖似你的父亲——他把我从翡冷翠家里赶走！须知我已做好了一个遗嘱，那遗嘱上已没有你的名分。去吧，和神一起去吧，不要再到我前面来，永远不要再写信给我！”一五四四年七月十一日信。
这些愤怒并不使利奥那多有何感触，因为在发怒的信后往常是继以温言善语的信和礼物。一五四九年，米开朗琪罗在病中第一个通知他的侄儿，说已把他写入遗嘱。——遗嘱大体是这样写的：“我把我所有的一切，遗留给西吉斯蒙多和你；要使我的弟弟西吉斯蒙多和你，我的侄儿，享有均等的权利，两个人中任何一个如不得另一个的同意，不得处分我的财产。”一年之后，他重新赶到罗马，被赠与三千金币的诺言吸引着。米开朗琪罗为他这种急促的情态激怒了，写信给他道：“你那么急匆匆地到罗马来。我不知道，如果当我在忧患中，没有面包的时候，你会不会同样迅速地赶到。……你说你来是为爱我，是你的责任。——是啊，这是蛀虫之爱！原文是Ｌａｍｏｒｅｄｅｌｔａｒｌｏ’！指他的侄儿只是觊觎遗产而爱他。如果你真的爱我，你将写信给我说：‘米开朗琪罗，留着三千金币，你自己用吧：因为你已给了那么多钱，很够了；你的生命对于我们比财产更宝贵……”——但四十年来，你们靠着我活命；而我从没有获得你们一句好话……”一五四六年二月六日书他又附加着：“不错，去年，因为我屡次责备你，你寄了一小桶特雷比亚诺酒给我。啊！这已使你破费得够了！”
利奥那多的婚姻又是一件严重的问题。它占据了叔侄俩六年的时间。自一五四七年至一五五三年。利奥那多，温良地，只觑着遗产；他接受一切劝告，让他的叔父挑癣讨论、拒绝一切可能的机会：他似乎毫不在意。反之，米开朗琪罗却十分关切，仿佛是他自己要结婚一样。他把婚姻看作一件严重的事情，爱情倒是不关重要的条件；财产也不在计算之中：所认为重要的，是健康与清白。他发表他的严格的意见，毫无诗意的、极端的、肯定的：“这是一件大事情：你要牢记在男人与女人中间必须有十岁的差别；注意你将选择的女子不独要温良，而且要健康……人家和我谈起好几个：有的我觉得合意，有的不。假若你考虑之后，在这几个中合意哪个，你当来信通知我，我再表示我的意见……你尽有选择这一个或那一个的自由，只要她是出身高贵，家教很好；而且与其有奁产，宁可没有为妙，——这是为使你们可以安静地生活……一位翡冷翠人告诉我，说有人和你提起吉诺里家的女郎，你亦合意。我却不愿你娶一个女子，因为假如有钱能备奁资，他的父亲不会把她嫁给你的。我愿选那种为了中意你的人（而非中意你的资产）而把女儿嫁给你的人……你所得惟一地考虑的只是肉体与精神的健康、血统与习气的品质，此外，还须知道她的父母是何种人物：因为这极关重要。……去找一个在必要时不怕洗涤碗盏、管理家务的妻子。……至于美貌，既然你并非翡冷翠最美的男子，那么你可不必着急，只要她不是残废的或丑得不堪的就好。……”一五四七年至一五五二年间书信。另外他又写道：“你不必追求金钱，只要好的德性与好的声名……你需要一个和你留在一起的妻子，为你可以支使的、不讨厌的、不是每天去出席宴会的女人；因为在那里人们可以诱惑她使她堕落。”（一五四九年二月一日书）搜寻了好久之后，似乎终于觅得了稀世之珍。但，到了最后一刻，又发现了足以藉为解约理由的缺点：“我得悉她是近视眼：我认为这不是什么小毛玻因此我还什么也没有应允。既然你也毫未应允，那么我劝你还是作为罢论，如果你所得的消息是确切的话。”一五五一年十二月十九日书。