萧鸾是齐高帝萧道成的侄子，父亲萧道生为萧道成的二哥，卒于宋世。萧道成念其自幼丧父，非常疼爱他，将他抚育成人，待如亲生儿子。萧鸾与堂兄弟们一起长大，事事处处谦让有礼，乖觉听话，办事有条不紊，讨人喜欢。
南齐建立，萧鸾被封为西昌侯，历任侍中、郢州刺史等职。那时王公大臣上朝或出游皆乘牛车，仪仗都想方设法显示威风，萧鸾则与众不同，乘下帷车，仪从皆如素士，不明真相的人都猜不出他是西昌侯。萧鸾如此节俭，不慕荣华，给萧赜留下了极佳的印象。至萧赜晚年，大肆杀戮那些有可能篡夺皇位的王公大臣，对萧鸾却丝毫未起疑心，临终时还遗诏要他与竟陵王萧子良一起辅佐幼主，担任侍中、尚书令，参与大小朝事。
萧赜刚刚咽气，中书郎王融欲强行拥萧子良为帝，萧昭业与手下人束手无策，焦急万分，是萧鸾硬闯入宫，扶萧昭业登上皇位。通过这件事，萧鸾提高了威望，朝野内外人心渐渐归向于他。小皇帝萧昭业由此把他视为股肱之臣，朝政不论大小皆委于他。萧子良受怀疑忧虑成疾，不问朝政，惟挂虚名而已，实权完全落在萧鸾手中。后来，萧鸾又不露声色地将萧昭业的心腹杨珉、徐龙驹、周奉叔、杜文谦等一一杀掉，而多数还是由萧昭业下令诛杀的，弄得萧昭业既心疼又无可奈何。随着萧鸾权势日隆，他与萧昭业之间的矛盾也越来越白热化了，竟陵王萧子良去世后，二人的冲突就更明显了。
萧鸾深知机不可失。经一番谋划，他迅速采取了一系列行动。先是要卫尉萧谌密召诸王典签，让他们严密监视诸王，不准诸王与外人交往，以免听到什么风声。下一步是争取先朝旧臣们的支持。
正当萧鸾紧锣密鼓加紧准备之时，征南谘义萧坦之向他密报，萧昭业已听到传言，心有疑虑，直阁将军曹道刚正秘密准备，想要杀掉萧鸾等人。萧鸾听了，又惊又急，希望负责宫廷保卫的卫尉卿萧谌举兵废帝马上行动。而萧谌却在那里按兵不动，想等始兴内史萧季敞、南阳太守萧颖基内迁入京后，借其势力再起事。萧鸾深怕夜长梦多，事情有变，连忙找萧坦之，要他说服萧谌。萧坦之心急火燎地赶去见萧谌，一见面就毫不客气地说：“废天子在古今都是大事。我近来听说曹道刚、朱隆之等已开始怀疑了。卫尉明日若不举事，就再也来不及了！小弟我有百岁老母，岂能坐听祸败，正应做其他打算了！”萧谌听了，大吃一惊，答应马上起兵废帝。
到了动手的这一天，萧鸾先派萧谌领兵入宫，自己引兵自尚书省入云龙门，王晏、徐孝嗣、萧坦之、陈显达、王广之、沈文季皆跟随其后。萧鸾身着戎装，威风凛凛，双目圆睁，表情严肃，但内心却紧张、恐惧，以至于进了云龙门后掉了三次鞋。萧昭业毫不反抗，束手就擒，萧鸾顺顺当当完成了废帝大事。
萧鸾杀了萧昭业后，急着找人起草太后诏令，徐孝嗣走近前来，从袖中拿出早已准备好的诏令，萧鸾接过一看，不由心花怒放。第二天，以太后令发布全国：追废萧昭业为郁林王，废皇后何氏为王妃，迎立新安王萧昭文为帝。
朝中大臣都被召入宫中，听关于废帝另立的宣布。大部分人虽感到震惊，但见木已成舟，又慑于萧鸾之威，只好唯唯听命。
萧鸾迎立15岁的萧昭文为帝后，完全操纵了朝政，萧昭文只是他发号施令的幌子而已。新皇帝刚继位，就发布诏令封萧鸾为宣城郡公，任为骠骑大将军、录尚书事、扬州刺史。故人们又称其为“录公”。
为了树立一己势力，萧鸾任命身有残疾的始安王萧遥光为南郡太守，破格提升中书郎萧遥欣为兖州刺史。二人都是萧鸾的哥哥萧凤之子。他自己的孩子年龄尚幼，所以特别倚重这几个侄子。
对他废帝另立的行动最反感的，恐怕就是高帝、武帝的子孙了。司徒、鄱阳王萧锵是萧昭业的叔叔，萧昭业被废时，他竟连一点消息都不知道。萧昭文被立后，萧鸾权重内外，朝野皆知其有不臣之志。萧锵对此很担忧，便乘车到萧鸾处造访，以探其志。他刚一进门，萧鸾来不及穿好鞋，就急急忙忙跑到车后迎接，又恭恭敬敬引萧锵入内。二人落座，说起国事、家事，萧鸾声泪俱下，痛心不已。萧锵见他如此诚恳，也就打消了对他的怀疑。但萧鸾却已经产生要铲除萧锵的心思了。
朝廷许多人属意萧锵，希望他起事反鸾。但萧锵怕事情办不成，十分犹豫。一日，萧鸾忽然接到鄱阳王府典签密报：萧锵与随王萧子隆密谋起事。萧子隆是武帝萧赜第八子，年方21岁，有文才，长得身高体胖，萧鸾在萧赜诸子中最害怕他。萧鸾对此密报既震惊又窃喜。他一直对萧锵、萧子隆很不放心，知二王在皇室和朝野中极有影响。过去苦于找不到借口杀他们，现在天赐良机，正好下手。当夜，二王被杀，家财皆封籍。
武帝萧赜第七子江州刺史、晋安王萧子懋听到叔叔萧锵和弟弟萧子隆的死讯，气得咬牙切齿，决意举兵攻打京师。
此时，萧子懋的母亲阮氏尚在京师建康，他怕举事后母亲遭害，便秘密派人带信入京迎母到江州。阮氏读信后，忙将此事告诉同母异父的哥哥于瑶之要主意，于瑶之又马上将此事密报萧鸾。萧鸾闻报毫不迟疑，立即假黄钺，派中护军王玄邈讨伐萧子懋，又遣裴叔业和于瑶之先袭江州府驻地浔阳。萧子懋闻讯，率府州兵力据城自守。于瑶之的哥哥于琳之在萧子懋府中任中兵参军，他假作关心，劝萧子懋重金贿赂裴叔业，使其退兵以免祸。萧子懋便派他前往。于琳之见到裴叔业，报告了城中的虚实，劝其马上出兵。裴叔业依其计，派四百人随于琳之入州城，汀州僚佐见状，纷纷奔散。于琳之亲带200人拔刀冲入斋内，命人杀死了萧子懋。
萧子懋死后，萧鸾开始对诸王大开杀戒。他首先派平西将军王广之率队袭击南兖州刺史、安陆王萧子敬，将毫无戒备的萧赜第五子、年方23岁的萧子敬杀死。接着，派徐玄庆前往江陵，伺机杀害文惠太子第三子、荆州刺史、临海王萧昭秀。萧昭秀只有12岁，因得西中郎长史何昌寓保护才暂免杀身之祸，后改封巴陵王。同时，派裴叔业称奉旨杀害高帝萧道成第十五子湘州刺史、南平王萧锐。19岁的萧锐怯懦无能，俯首就戮。
萧鸾又任命吴兴太守孔琇之行郢州事，要他加害萧道成第十八子、郢州刺史、晋熙王萧鈺。孔琇之推辞新职，因萧鸾不准，绝食身亡。萧鸾只得令裴叔业前往郢州，杀死了16岁的萧钰。南豫州刺史、宜都王萧铿也被裴叔业杀死。
中军将军、桂阳王萧铄是萧道成第八子，与鄱阳王萧锵齐名。萧锵好文章，萧铄好名理，故世人将兄弟二人并称为“鄱桂”。萧锵被杀后，萧铄心中不安，特到萧鸾处试探。回府后，萧铄面带悲色，对左右说：“录公待我殷勤有礼，流连不能已，而貌有惭色。由此看必要杀我。”果然，当夜三更，萧鸾派兵围其宅，将其杀害。
在萧道成诸子中，萧鸾最畏忌江夏王萧锋。萧锋是萧道成第十二子，有才行，勇猛力大。一次，萧鸾与他交谈，说萧遥光有才力，可委大任。萧锋暗刺他说：“遥光之于殿下，犹如殿下之于高皇帝，卫宗庙，安社稷，实可长远寄望于他啦。”萧鸾听了，脸色顿变。萧鸾诛杀诸王，萧锋又写信怒斥，所以萧鸾很怕他，不敢像杀其他王那样明火执仗，便另生计，派他兼任祠官，以便伺机行事。一天夜里，萧锋在太庙值班，一队兵士冲入，乘其不备将他抓获。萧锋出门登车，兵士们刚欲随后登车，他挥拳左右开弓，将数人击倒在地，后因寡不敌众而被害。
典签柯令孙奉命杀害建安王萧子真，19岁的萧子真是萧赜第九子，吓得浑身发抖，逃入床下，柯令孙伸手将他拉出。萧子真跪地哭泣，请求废为奴隶以求生，柯令孙不听那一套，将他杀死。
萧鸾又派中书舍人茹法亮杀南兰陵太守、巴陵王萧子伦。萧子伦是萧赜第十三子，虽只有16岁，但英勇果断，为人不凡，城内又有守兵。萧鸾怕他不肯俯首就死，问计于典签华伯茂。华伯茂与茹法亮赶往南兰陵，至郡后，茹法亮向萧子伦宣示赐死诏书，华伯茂亲自手执鸩酒逼其饮下。
萧鸾杀害诸王，皆令典签动手，诸王除萧锋外竟无一人敢反抗。典签为萧鸾出了大力，萧鸾也由此深知典签之弊，为了自己的后代免受其害，特下诏：“自今诸州有急事，当密以奏闻，不必再遣典签入都。”从此以后，典签的权势渐渐减轻了。
一切准备就绪后，萧鸾以皇太后名义下令，废掉了傀儡皇帝萧昭文，自己堂而皇之地登上了皇帝的宝座。改元建武。
为使自己称帝更加名正言顺，萧鸾宣布自己为高帝萧道成第三子，又追尊去世的父亲萧道生为景皇帝，母亲为懿后。他的哥哥萧凤死于宋朝，此时也被追封为始安靖王，又改“凤庄门”为“望贤门”，将太极东堂上所画凤鸟题为“神鸟”。改鸾鸟为“神雀”。
萧鸾即位后，政事不分大小巨细，皆要亲自过问、处理，纲目亦过分细密。于是，郡县及六署、九府的常行职事也莫不请示汇报，取决于诏敕，文武官员的任用选换也不归吏部管理，由他一人说了算。萧鸾事必躬亲，一是因为他年轻时就颇具吏才，二是他以吏事权诈得国，惟恐臣下也步其后尘。一日，他接到南康王侍郎钟嵘的上书，称古者明君是揆才颁政、量能授职，三公坐而论道，九卿作而成务，天子惟恭己南面而已。萧鸾阅后心中不快，对太中大夫顾暠说：“钟嵘是什么人，竟欲断朕机务？卿认识他吗？”顾答：“钟嵘虽位末名卑，而所言或有可采纳之处。况且繁碎的职事，各有所司；今人主总而亲揽，是人主愈劳而臣下愈逸，正所谓‘代庖人宰而为大臣匠斫’。”萧鸾一听话不投机，便顾左右而言他了。
以节俭不慕奢华而闻名的萧鸾，称帝后更大张旗鼓标尚节俭。他下诏罢武帝萧赜所起的新林苑，将地还给百姓；废文惠太子萧长懋所起太子东田，斥卖于民间；武帝萧赜时的舆辇舟乘上的金银饰物，全部剔除给主衣库收藏，而掖廷的宫殿服御却一无所改。太官元日为他上寿，席上有银酒杯，萧鸾很不高兴，要人马上将其击碎。不过他在宫中设宴，却是银器满席，异常华丽。
像萧颖胄这样直言的大臣，萧鸾晓其忠心，故不但不怪罪，反而加以重用。治书侍御史薛聪为人耿直，弹劾百官，不避强权，萧鸾想宽恕一些犯有过失的大臣，薛聪总是毫不相让，据理力争。萧鸾很欣赏他，常说：“朕见薛聪，不能不惮，何况其他人呢？”贵戚勋贵也畏惧薛聪，不敢放肆。萧鸾对他特别看重，任其为直阁将军等职，亲卫禁兵全交给他管领。群臣罢朝之后，薛聪总是陪侍帷幄。凡时政得失，动辄匡谏，多被听允。
对其他一些大臣，萧鸾的态度就截然不同了。萧谌助萧鸾废萧昭业，立了头功。当初，萧鸾许诺事成之后，任他为扬州刺史，然而却任为领军将军、南徐州刺史。萧谌非常不满。由于他的功大，兄弟都跟着沾光。萧谌封衡阳郡公，哥哥萧诞封安复候，任为司州刺史；弟弟萧诔封西昌候，满门显赫，令人羡慕。萧谌自恃功高，常常干预朝政。
建武二年（公元495年）六月的一天，萧鸾与萧谌及尚书令王晏等几人设宴欢聚，尽兴而散。众人告辞时，萧鸾又留萧谌说话。过了一会儿萧谌告辞，来到华林阁，突然数名执仗卫士走近，不由分说抓住萧谌，把他押回。萧鸾不愿亲自出面，派左右莫智明数说萧谌道：“隆昌之际，非卿无有今日。今卿一门二州，兄弟三封，朝廷相报也达极点了。卿恒怀怨望，说什么炊饭已熟，合甑给与别人！今赐卿死！”杀死萧谌后，萧鸾还杀了萧谌的弟弟萧诔，又派黄门郎萧衍为司州别驾，让他杀死了萧诞。
一次，萧鸾仔细查看武帝萧赜时的诏书，发现写给王晏的手敕竟有300余纸，其中有永明八年（公元490年）萧赜手敕，问萧鸾可否代王晏任吏部尚书，王晏回称：“萧鸾清干有余，然而不谙百氏，恐不可居此职。”王晏是萧赜的心腹，萧鸾要废萧赜的儿子萧昭业，他欣然推奉，萧鸾即位后，王晏自认为佐命新朝，便常在人前菲薄武帝萧赜，引起众臣反感；他在新朝任尚书令，独断专行，内外要职都安插上他的人，常与萧鸾争用人，令萧鸾感到无法容忍。
对王晏，萧鸾一方面要用他，另一方面又厌恶、猜忌。他想除掉王晏，又怕人说他滥杀功臣，犹豫不定，难下决心。侄子萧遥光看出他的心思，劝他诛王晏。奉朝于文粲密探萧鸾之意，投其所好，告发王晏有异志。萧鸾的心腹陈世范又密告王晏欲趁皇帝南郊祭祀时在途中与武帝故主帅共同起事。建武四年（公元497年）正月二十八日，萧鸾召王晏入华林园，将其杀死。王晏的两个儿子也同时遭害。北中郎司马萧毅平日好弓马，为萧鸾所忌，便被陷害与王晏同谋，一同被杀。
公元498年，萧鸾病重，为讨个吉利，遂于当年四月改元永泰。
改元不久，大司马、会稽太守王敬则举兵
反。王敬则是高帝、武帝时旧将，见萧鸾诛杀旧臣，心中不安。萧鸾外表上对他很客气、很尊重，而内心却甚为猜忌，密切防备。他曾多次派人去探望王敬则，看其身体如何，一餐能吃多少饭，问其能否带兵等。听说王敬则身体日见衰老，再加上居于内地，威胁不是很大，萧鸾才稍觉宽心。
萧鸾病情转笃后，对王敬则特别放心不下，便任命光禄大夫张环为平东将军、吴郡太守，置兵佐以密防王敬则。消息传到会稽，王敬则性情暴烈，又拥有兵众，屡经战阵，自以为无人能敌，故决定起兵反叛。只用二三天的准备时间，就打出拥戴故豫章王萧嶷之子、南康侯萧子恪的旗号，发兵起事。
萧鸾得知王敬则反，立即命人杀死了王敬则的几个儿子，又调兵遣将进行镇压，王敬则打的是拥立萧子恪的旗号，而萧子恪此时正好又不在京师，朝廷又不知其去向，所以萧鸾特别感到紧张，他强撑病体，亲自主持大务。萧遥光劝他斩草除根，尽杀高武帝子孙，以防不测。于是，在京的王侯全被召入宫。他的儿子晋安王萧宝义和侄子江陵公萧宝览住中书省。高、武帝诸孙都安排在永福省，每人只准带两名随从，超过者依军法从事；年幼的孩子及其乳母可随入。当天夜里，萧鸾命太医煮药，又令人准备了数十副棺木，只等三更一到，高、武帝诸孙全都要处死。准备完毕后，萧鸾自觉病体沉重，难以支持，便睡下休息，令左右到时再叫醒他。
正当高、武帝诸孙惊恐万状之际，萧子恪为躲避王敬则，星夜兼程赶回京都。得知萧子恪的情形，萧鸾慢慢放松下来，下令给王侯供饭。第二日又全部将他们遣还回第。这样，高、武帝子孙才算侥幸躲过了一场大难。
王敬则率实甲万人过钱塘江，百姓因其是高、武帝时旧将，纷纷担篙荷锸踊跃响应，追随者达十余万众，声势浩大。行至葬有萧道成及先人的武进陵，王敬则恸哭而过，众人莫不感动。此时萧鸾病情已非常严重，朝廷百官闻知王敬则大军向建康突进，莫不震惊。台军与王敬则激战于曲阿长冈埭。不久，重病在身的萧鸾接到捷报：台军大败王敬则军，王敬则在战阵上被杀。那些跟随王敬则造反的晋陵民众，按律当斩者甚众，晋陵太守王瞻上言：“愚民易动，不足穷法。”萧鸾深知宽容得人心之重要，下令不究叛民之罪，避免了一场血腥大屠杀。
王敬则之乱平定之后，萧鸾一病不起。永泰元年（公元498年）七月，萧鸾病逝，终年47岁。谥曰“明皇帝”，庙号“高宗”，葬于曲阿兴安陵。