建元二十年（公元384年），太子舍人姚兴听到了一个意外的消息：父亲姚苌的部下赵都在长安被苻坚残杀，父亲已经逃到马牧，自称万年秦王。姚兴赶忙收拾行装，在当天夜里逃出了长安城，风餐露宿、马不停蹄地赶到马牧。姚兴是姚苌的长子，理所当然地被立为皇太子。建初八年（公元393年）十二月，姚苌病死，姚兴考虑到局势不稳，迟迟没为姚苌发丧，直到把前秦苻登打败后，才于次年五月替姚苌发丧，并即位称帝，改元皇初。不久，姚兴在马毛山南麓斩杀苻登，解散了苻登的部队。
姚兴即位以后很快先后平定了安南将军强熙、镇远将军杨多和上邽（今甘肃天水）姜乳的反叛。又于后秦皇初四年（公元397年）九月，征服了晋弘农太守陶仲山、华山太守董迈，然后乘胜进军，攻陷上洛。
姚兴在位的前几年，十分注重广泛吸收和培养人才，京兆的杜瑾、冯翊的吉默、始平的周平等人上书姚兴，提出了对国家的治理意见，姚兴立即把他们提拔为高官；天水的姜龛、东平的淳于岐、冯翊的郭高都是满腹经纶的大学者，他们在长安讲学时，远近各地有1万多人去听讲。姚兴在处理完政事之后，常抽出空闲时间，把他们请到东堂，一起讨论学问。凉州的胡辩迁到洛阳后，有1000多名学生跟他学习，关中不少青年也跑到洛阳拜他为师，姚兴为了让士子自由求学，特意命令防守关口的官兵对求学的青年往来出入不加限制。
姚兴非常重视法制建设，为了培养合格的懂法执法人才，他下令在长安创建了法律学校，让郡县官吏到学校学习，完成学业后再回到郡县处理诉讼案件。
姚兴还极力提倡俭朴。他曾下令严禁制造锦绣，当他知道司隶校尉郭抚、扶风太守强超、长安令鱼佩、槐里令彭明、仓部郎中王年等人都很清正俭朴时，便颁布诏书，把他们褒扬一番，并给他们增加封邑，加官进爵。姚兴本人也比较俭朴，他所使用的车马全无金玉装饰。上行下效，后秦出现了人人注重俭朴的局面。为了解放劳动力，发展农业生产，姚兴还下令释放自卖为奴婢的平民，让他们返回家乡务农。
姚兴没有忘记父亲的临终遗言，对待骨肉很讲情义。弘始六年（公元406元）六月，姚兴下令全国人民及长安的文武官员在取名时不准用绪和硕德3个字，因为姚兴的两个叔父分别是姚绪、姚硕德。姚兴见了姚绪和姚硕德从不以皇帝自居，而是以侄子的身份向他们问寒问暖。姚兴所用车马、所穿服装，都是二位叔叔所剩的。凡是国家大事，姚兴都先征求他们的意见后才公布施行。姚硕德回秦州封地时，姚兴亲自把他送到雍。
姚兴立子泓为太子，但在几个儿子中比较喜欢镇守在安定的广平公姚弼。弘始十三年（公元411年）一月，姚弼被召回长安，担任尚书令、大将军。姚弼靠对大臣虚情假义笼络了一大批人，准备夺取太子之位。姚兴对姚弼也十分器重，凡是姚弼有所请求，姚兴无不答应。姚弼乘机把狐朋狗党尹冲、唐盛提拔到显要位置。右仆射梁喜、侍中任谦对姚弼大树死党十分反感，要求姚兴对他加以限制，但姚兴只是沉默不语，不置可否。
弘始十六年（公元414年）五月，姚兴因病卧床不起，太子姚泓天天在谘议堂侍候姚兴。姚弼见有机可乘，便召集了几千人全副武装埋伏在家中。姚兴的另一个儿子姚裕见状，派人火速通知统兵的姚懿及姚兴的其他几个儿子，让他们马上回长安消灭姚弼。姚懿把几万匹布帛分给官兵，准备起兵；姚洸、姚湛也分别在洛阳、雍起兵，准备奔赴长安。恰在这时，姚兴病情好转，姚懿等这才撤兵。刘晃、梁喜借此事劝姚兴处罚姚弼，但姚兴还是把姚弼看作是难得的文武双全的人才，怎么也不忍心下手，只是罢免姚弼的尚书令就算了事。
弘始十七年（公元415年）九月，姚兴病情加重，姚弼把军队集中在家中准备见机行动，并以身体不佳为名不到长安朝拜姚兴。姚兴勃然大怒，把姚弼的同伴唐盛、孙玄等人抓起来准备杀掉。这时，姚泓对姚兴说：“兄弟之间不能和睦相处都是我的过错，如果我死了国家能够安定，那么我死好了；如果您不忍心让我死，那么现在我就辞去太子之位。”姚兴很受感动，但仍把姚弼囚禁起来，后经姚泓一再请求，姚兴才赦免了姚弼及其同党。
弘始十八年（公元416年）一月，姚兴已奄奄一息，姚兴的妹妹南安长公主去看望他，叫了几声，姚兴没有答应，姚兴的小儿子耕儿以为姚兴已死，急忙出去告诉其兄姚愔说：“父亲已经死了，赶快动手。”受姚弼指使的姚愔早已布置了士兵，等姚兴咽气时发动兵变，拥立姚弼当皇帝。现在一听姚兴已死，姚愔马上带着兵士攻端门，因殿中上将军敛曼嵬抵抗有力，姚愔无法攻入，便点火烧端门。姚兴听到外面杀声震天动地，料到是姚弼作乱，便使出全身力气走到前殿，宣布把姚弼赐死。禁军见到姚兴，无不欢欣若狂，斗志倍增，姚愔的乱军立即丢盔弃甲，狼狈逃跑，姚弼也逃到骊山去了。宫廷政变刚刚平定，姚兴便与世长辞，时年51岁。葬于偶陵，谥号“文桓皇帝”，庙号“高祖”。