义熙十四年（公元418年）十二月，紧锣密鼓准备改朝换代的刘裕，为了应“昌明之后有二帝”的谶语，派人缢杀司马德宗，谎称因病驾崩。同时，他拥立司马德宗的胞弟——33岁的琅邪王司马德文继位，做了东晋末代皇帝。
司马德文不忘乃祖乃宗，想有所作为。刘裕北伐时，他自动上疏要求随军前往洛阳，修复了西晋皇帝的陵墓。他笃于兄弟情谊，常常随侍在司马德宗的身边，照顾这个不会说话、不能行动的胞兄，在宫廷内外很受称道。桓玄篡位，他被降为石阳县公，和被废黜为固安王的司马德宗一起被安置到浔阳（今江西九江）；以后刘裕进攻桓玄，兄弟俩随桓军的进退而迁徙不定，最后被劫持到江陵（今湖北江陵）。桓玄败死，桓氏一族几乎被杀尽，做了漏网之鱼的桓振谋图报复。一天，他持枪跃马，突然闯进司马德宗的住处，瞪圆双眼，怒气冲冲地说：“我们桓氏家族有什么对不住国家的地方，而遭到灭族惨祸？”司马德文正服侍在他胞兄身边，回答说：“杀掉你们全族，并不是我们兄弟二人的主意。”一句话，说得桓振下马拜服，司马德文就这样为他胞兄解了难。刘裕得势后，便寻找暗杀司马德宗的机会。司马德文看透这一心机，形影不离地守候在他胞兄身边，使刘裕下不得手。刘裕最终杀掉司马德宗，是利用了司马德文不在他胞兄身边的机会。
在当时人们心目中，司马德文是一个贤王。他常常为东晋的国祚担忧。他在王府里，曾让随从们玩射马的游戏。有人劝说他：“马是皇族的姓，你让随从射马是不吉利的。”他被提醒，就不再玩这种游戏了。
但是，眼见东晋帝国的大厦即将倾覆，他自感无力支撑，便到佛教里寻求一点精神上的安慰。他铸钱千万，用来布施。又造了一尊高一丈六尺的金身佛像，步行几十里，亲到瓦官寺把这尊佛家圣物迎接到京师里来。由此看来，他又是一个精神空虚的亲王。
刘裕把司马德文推上皇帝位子，目的是为应司马曜之后有两个皇帝的谶语。过了一年半，元熙二年（公元420年）六月，傅亮秉承刘裕的密旨，暗示司马德文禅位。当傅亮把禅位诏的草稿送到面前时，他欣然接受，说：“晋朝早已失去了天下，事至今日正该这样办！”于是亲自照样誊写。刘裕即位后，把他废为零陵王，安置在秣陵（今江苏南京报恩寺附近）。
从此以后，司马德文深虑祸机。同被废黜的皇后褚灵嫒，形影不离地伴随在他的身边，为了预防下毒，司马德文入口的一汤一水都经她亲自检查。这样过了一年，永初二年（公元421年）九月，刘裕派褚灵嫒的哥哥褚叔度把她诳出，随后，早已埋伏好的兵士翻墙而入，把司马德文刺杀在卧室。他终年36岁，谥为“晋恭帝”，葬于冲平陵。
晋代自秦始元年（公元265年）司马炎代魏，到元熙二年（公元420年）司马德文为刘裕所代，前后共存在了155年。