元龟二年（一五七一年）九月十一日接近日暮之时，真田昌幸对向山久兵卫说：
“既然这样，只好采取最后的手段，否则别无他法。”
“我也这么想。今夜就把一切弄好吧！”
久兵卫转头看一眼僧坊说。到了将近黄昏时，各处的僧坊升起了炊烟，并且传来煎鱼的味道。
“实在太令人失望了！”
久兵卫想起这一天从早上到现在所发生的事，把怒气发在煎鱼的味道上，他并不是为对方是僧侣却吃鱼肉的事感到失望，而是因为他和昌幸两个人从早就一直警告对方，如果不防备信长的来袭，事态会很严重，然而叡山的和尚们竟完全不做准备，令他嫌恶到极点。
昌幸和久兵卫在形式上透过正觉院豪盛和满盛院亮信，向天台座主曼珠院门迹觉恕转达了叡山的危机。觉恕接受了昌幸和久兵卫的话，说出叡山要灭亡的话，因此豪盛和亮信相当吃惊。天台座主觉恕的一句话，叡山的法灯要熄灭了，更加令叡山的堂塔寺社的主子们担心。他们纷纷下令各个寺社的和尚备战。
可是，和尚们并不听他们的话。
“甚么？信长要来攻打？傻瓜，信长怎么会像呆子一样的来攻打叡山呢？攻打叡山就等于是把刀刃指向天皇，信长应该不会做这种事的。从去年信长本来打算攻打叡山，结果却撤退的证据看来，这个事情已经很明显了。”有和尚这么说。
“叡山是我国有史以来的一个圣地，曾经有战火逼近过，却没有被战火烧毁过。”也有人这么叫嚷。
“虽然不知道信长的军队是要来一万还是两万，可是还是要迎战啊！既然要迎战，就必须有所准备。首先必须准备好武器，同时也要买兵粮存起来。上面的人可有考虑到这一点吗？如果没有甚么准备，只说要迎战，我们可没有那么厉害啊！”
这个说法是指要战争就先拿出军用资金的意思。因为去年浅井、朝仓被信长的军队所逼逃到叡山时，叡山曾向他们要求巨额的藏匿费，这些和尚想到这一点，所以这么说。不过这次在根本上与浅井、朝仓的场合不同，叡山自己本身成了信长攻击的对象，虽说和尚们的堂坊被攻打，可是上层动摇的话，叡山就一定会陷落的。
僧徒们任意的批评着，关于这件事，并不是只靠听上面的命令就不会发生战争。
将近黄昏的时刻，正觉院豪盛的手下去打听织田军的动向回来了。
“信长把本营设于山冈玉林所，今晚就停宿在那里，很多兵都嘴里念着明天下午可以进入南方（大坂）。”
豪盛听了这个报告，稍稍安心了下来。
“根据我们探子所探得的消息，完全看不出信长要来攻打我们的迹象，是不是武田那边的探子弄错了呢？”豪盛对昌幸说。
“同样的话说再多次也没有用，叡山要怎么做，请便吧！”
昌幸和久兵卫相偕离去，下了叡山、来到坂本。他们要来看看街上的情形。
来到了昨夜停宿的大津屋一看，有十人左右的武装和尚，嘴里不知在叫嚷甚么，店主为难地与他们应对。
“明天信长就要率三万大军进坂本来攻打叡山了，我们打算拚着老命守护叡山。这个店是托叡山的福才得以繁荣的，因此在这个时候施舍一些也是当然的。来，快一点拿出这个单子上所列的东西，不拿出来的话，就把店当成与信长私通的证据，要把它烧了喔！”
每个和尚手里都拿着薙刀，用白布盖着头部。有一个穿着从前叡山僧兵的服装，像是这一群和尚的头目，把薙刀的刀柄用力往下一敲，其他的和尚们也模仿他的动作，纷纷把薙刀往下一敲。头目威胁过店主后，压低声音说：
“嗯！老板，我们所说的并不是假话，如你所知，武田信玄和叡山交往得很密切。这次是武田信玄的左右手真田昌幸这个大将来告知信长决心攻击叡山的。”
因此，和尚要店主捐出所有的东西来帮助作战，可是店主仍然不肯，那个头目就握住薙刀的刀柄，把刀高举起来，大叫：
“啊！喔！”
其他的和尚也大声附和着。
昌幸和久兵卫对看了一眼。
恶僧们利用信长要来攻打的消息来敲诈，甚至还举出武田信玄和真田昌幸的名字，实在万恶至极。
他们两个人在坂本街上绕一圈，发现到处有恶僧们用同样的理由向百姓勒索，整个街上闹哄哄的。
昌幸心想，这种情形一定会传到信长耳里，而坚定他攻击叡山的决心。
昌幸和久兵卫在黑暗中爬上石阶，回到当天夜里停宿的僧坊。
市川十郎右卫门手下的人和昌幸所带来的人都聚集在那里，总共加起来一共十八名，大多作庶民的打扮。
“大概都调查好了吧？”
昌幸说，大家都点点头。昌幸在这一天早上，曾经把手下的人分成四组，分别给与任务。
第一组要去确认脱逃的路；第二组要研究如何带天台座主觉恕出来的方法；第三组要去叡山的堂塔寺社，在两千余名和尚当中，找出有知识、有眼光的，不问老少，都要把危急的消息转告他们；第四组则要去探索信长的动向。第四组当中有三名因为要监视信长的阵营，因此尚未回来。
第一组组长横山总兵卫在回答昌幸的询问之前，打开地图说：
“叡山的范围相当广大，堂塔寺社分散在整个山中。信长如果要攻打，会先以一队人马包围东边的延历寺，同时，以别队围攻西边距离二十丁左右的根本中堂。阻断了延历寺与根本中堂的联络，其他的堂社也无法防御了。信长的军队就控制通往其他堂社的道路，把逃走的僧徒一步步逼往山上。因此，要带座主公从大原敦贺街道穿过根本中堂逃往京都，就必须在信长的军兵尚未到来之前，也就是今天夜里进行。本来是还有其他的山道，可是对老僧而言，太过勉强了。”
“你是说用尽力量也好，一定要在今晚把座主公带出来吗？”昌幸问。
“是的，接下来……”
横山总兵卫转头看第二组组长望月八郎太那边。望月没有准备地图，用口头说明道：
“座主公每晚都在本堂读经读到很晚，陪伴的僧侣有两名。这两名都是相当认真的僧侣，尽心尽力做到僧侣该尽的本分。我们打算向他们说明今夜或许会出大事的情形，并且告诉他们，我们先劝座主公逃往京都，如果座主公不同意，就把他扛出去。陪僧大概会默默跟随我们出来，可是万一对方吵吵闹闹、甚至反抗我们，我们也会尽全力把座主公带出来。时刻是在丑时。”
昌幸大为点头后，把目光移向第三组组长林茂兵卫身上。
“能称得上名僧智者的仅有三十名左右，其他一心一意迈向僧道的年轻僧侣大约一百名左右，这些年轻僧侣当中，有为叡山的腐败而叹息的。我与横山总兵卫公商量，把紧急情况的逃离道路教给那些年轻的僧侣们。我教他们明天早上不要待在寺里，要出来外面，当织田军攻打上来时，就尽早逃到山里，走山道逃到三石岳。接着我们分手带他们去八濑。由于他们年轻，头脑转动得快，不但很明白我们所说的话，而且如果信长攻打过来，也会趁早逃走的。”
“年轻的僧侣这样就可以了，可是老僧怎么办？”
“堪称年老智者的僧侣们都是既顽固又瘦弱的，都说很感谢武田公的好意，可是此身愿与法灯同时熄灭，我佛慈悲等等。到了紧急的时候，不知会不会逃出来。”
昌幸听了怃然。
“还有正觉院豪盛公与满盛院亮信公该怎么办？”久兵卫问昌幸。
昌幸露出突然被问倒的表情。不论是豪盛或者是亮信，都不是他所想要救出来的僧侣，可是信玄既然下令他把他们救出来，他只好非救不可了。
“这两个人的事是我昌幸的责任，对了，久兵卫也可以帮我吧？”
接着昌幸向第四组组长中込马之允询问织田那边后续的情形。
“织田那边派了一些人混进叡山，他们似乎也警觉到我们想救僧侣。我们不能大意，今晚救出座主公时要特别注意。织田军的动作并不特别醒目，可是勉强要举例的话，就是他们随意说出要征伐南方的事。说出这些事的是步卒们，大将以上的人则知道叡山才是攻击的目标。他们大概等天一亮就同时向山冈出发，兵马以全速朝坂本进攻。我们从现在起也要出去监视了。”
“好，明天早上织田军如果有动向，侦测的人通通不要留在外面，可以全撤回来。”
昌幸商量过后续的做法后，就入睡了。他其实没有睡着，只是闭上眼睛而已。
叡山静寂无声。
昌幸在丑时（上午二时）前走向曼珠院，中途没有人影，也没有站岗的守卫。或许因为这是寺庙，所以不必特别守卫，不过昌幸忍不住想到叡山已经灭亡的情形。
曾经拥有僧兵的叡山，不只有武力，也高挂着法灯，可是现在两者都已经衰废，信长的大军一来，大概不需两个小时，就可以攻下了。
曼珠院本堂的走廊下出现几名躲在那里的黑衣人，其中一人轻轻向昌幸打个招呼之后，就对部下挥挥手。于是有两名监视的留在外面，其余三名以轻快的身手进入本堂。本堂里点着灯。
不一会儿，本堂里传来两、三个人声，不过马上归于安静。这时抱着老僧的人出现了，在他的后面，是两个年轻的僧侣，嘴里咬着马口钳，双手被绑在后面。监视的人向黑暗中挥手，对面就走出来几名横山总兵卫的手下，簇拥着座主和两个陪僧，消失在森林里。
“那些人很粗鲁啊！”向山久兵卫在昌幸的耳边嗫嚅着。
“紧急的时候情非得已。”昌幸这么说着，抬头看天空。距天亮还有一段时间，两人暂时回僧坊，等待横山总兵卫的报告。到了卯时（上午六时），横山总兵卫回来报告了。天空开始出现鱼肚白。
“座主公和两名陪僧穿过根本中堂，下到大原敦贺街道，由来迎接的市川十郎右卫门的手下守护到京都。”
“中途没有发生甚么事吗？”
“没有，不过有探子似的人影一直跟随在前后。”
“唔，那么……”
昌幸正要走出僧坊时，有个黑影以子弹似的速度在晨曦微现中冲了进来。原来是中込马之允。
他看到昌幸，马上跪下一膝说：
“做记号的狼烟刚刚升了上来，织田信长已经率全军向坂本出发了。”
天开始亮了。
怪鸟发出尖锐的叫声划破清晨的宁静，然后消失在森林中。
“辛苦了，从现在起要开始忙了，你们能帮忙吧？”
他所谓的你们，是指在那里的向山久兵卫、横山总兵卫、中込马之允等。昌幸确认了他们的服装后，回过眼来看自己的服装。昌幸已经改掉商人的打扮，回到武士身分了。
昌幸去正觉院豪盛那里，久兵卫则去满盛院亮信那里。这两个人都不住在寺里，而在独立建的一户僧坊里，里面有女人、小孩。
昌幸告诉豪盛危急时刻已至，可是豪盛还是不相信，中込马之允就把已经升起狼烟的事告诉他。横山总兵卫并告知座主公已到达京都了，豪盛那傲慢的脸才收敛，说：
“是吗？已经到了这个地步了吗？抱歉，我不知道事情已经这样，现在马上去准备，请等一下……”
他说着，慌忙就要进房。
“没有时间了，信长的骑兵队马上要攻打来了，他们要先包围这里，接着阻挡各道路。你不必带甚么东西，身上穿甚么就这么穿着，马上出发吧！否则我很难保证你的活命。”
昌幸的话发生了效果，家里马上大骚动起来，到处传来女人与小孩的哭叫声。
“慢吞吞的人就留下来，本来这里就是佛教圣地，不应该有女人、小孩的，即使有，我们也不能管。”
昌幸故意大声说得让内室听到，豪盛双手合掌对昌幸说：
“请慈悲、请慈悲……”
昌幸没有回答，对横山总兵卫下令：
“走刚刚的山道去京都！”
叡山的僧侣们听到豪盛的僧坊和亮信的僧坊吵闹的声音，纷纷从睡梦中惊醒过来，瞪大了眼睛。有的人一听说信长的军队攻打来了，就马上准备逃跑；也有的人拿着薙刀走出庭院，任意地挥舞。
“座主已经逃掉了！”
“正觉院豪盛公和满盛院亮信公也逃走了啊！”
有人叫着。叡山整个骚动起来，昌幸和久兵卫为了避免受到连累，就退到三石岳，按照原来商量好的，把逃脱的方向告诉逃过来的智者与学僧们。
三石岳下面是八王寺山，也有一个神社。来到这里就可以把下面的情形看得很清楚了。
等豪盛逃走后一个钟头左右，织田军的五百骑先锋队就来包围住延历寺了。织田的军队陆陆续续到来，先阻断了堂塔寺社的交通。
信长在完成包围并阻断了交通后，下令在所有的堂塔寺社僧坊放火，而且见到有逃出来的人，不管是谁，格杀勿论。
日本历史上罕见的杀戮开始了，各堂塔寺社一起同时着火。
叡山的恶僧兵以为信长包围寺之后会来交涉休战的事，可是当他们知道猜错了以后，就拿出武器出去外面与信长的军马对抗。可是，他们本来就是乌合之众，也没有甚么武器，不久就被打得落花流水。没有武器而从烧起来的寺社逃出的僧侣们，也通通被杀。
僧坊里更是悲惨。
尖叫着想逃走的女人以及小孩子们通通被杀掉。
躲在僧坊里的人被火烧死；逃到森林里的女人们被兵抓住加以凌辱后再杀死。疯狂的军兵们愈来愈狂暴，在叡山绕来绕去，杀死所有活着的人、烧掉所有的建筑物。
只剩下一条唯一能逃生的道路。还没有死的女人小孩就朝八王寺山逃去，可是却无法再往前走，因为山顶上的社殿附近挤满了人。有一队织田军包围了这里，一次逮捕五、六百名女子、小孩，把他们拉到信长面前，这时，年老的寺男走了出来说：
“拜托，拜托！”
寺男的声音很大，因此信长就叫人把寺男带到他面前。寺男在信长面前也不畏惧地说：
“这些人没有甚么罪，女人们全都是那些误入歧途的和尚花钱买来的。孩子们则是这些女人们生的以及买来的。请放了他们。”
信长问那个寺男：
“你在寺里服务几年了？”
“今年是第四十二年了。”
寺男一面答，信长就大声说：
“放四十二枪把这个男的处磔刑！”
信长说着，眼神相当冷静。
接着，信长又说：
“在我的面前把这些女人、孩子们的头砍下来，一次三十个人。”
这一句话就决定了女子与小孩的命运。他们哭着、叫着，每三十个人排成一列被砍下了头。
“我们虽然死在这里，可是我们的鬼魂一定会向信长报复的。明白吗？信长好好听着！你最后一定会死于非命！”
有女人这么叫着而死，信长假装完全没有听到，死刑依旧进行着。
一直到日落西山，一切才结束。
五千人的尸体遍布叡山。
天黑以后，昌幸和久兵卫出现在行刑现场。
“信长是不是疯了？”久兵卫走在遍地无头尸体当中，说道。
“不，没有发疯。他是很清醒的在进行这个残酷的行为，他认为那样能促进天下早日统一。”
两个人走在被烧毁的大伽蓝旁。大地还继续在冒烟，有男男女女像苍蝇一样在烧过的灰烬中找金子；也有男人在互抢一件从烧掉的僧坊里找出来的衣服。
织田军撤退后，这些人是从哪儿来的呢？
有个男人抱着五把被杀死的和尚所拿的薙刀。
“喂！你拿这些做甚么！”
那个人被昌幸责问后，说：
“我捡战后留下的东西，应该不会受甚么人的责备才对……”
他一副战争已经结束，这些东西都属于他的表情。
也有人剥下死去和尚的衣服，以及被杀死的女人衣服，尸体最后都被脱得精光了。到了晚上，有更多手里提着灯笼的人们蜂拥而至。
“托信长公的福，我们可以存了不少东西。”
两个老太婆双手抱着从死人身上剥下来的衣服说着。
“简直就是地狱，曾经有善良的智者在这里说极乐净土的道理，没想到却成了地狱。”
昌幸转头对久兵卫说。
两个人走夜路去京都。市川十郎右卫门一看到他们两人，就说：
“办得好！我已经把二位的功勋写报告回古府中了！”
昌幸担心座主及豪盛、亮信的事，就问十郎右卫门。
“不要担心，他们今晚在京都住一夜，明天打算由堺港走海路到骏河。”
十郎右卫门说着，先说关于这件事他有所报告与商量，接着就说：
“不管怎么劝说，天台座主觉恕公都说不离开京都。我和信虎公商量过了，他说让座主公在京都待一阵子，以后再让他去骏河。现在决定暂时让他住在今出川大纳言晴季公那里。”
“那太好了，如果想带他走，随时都可以，因此还是依他的意愿好了。不过，这如果是信虎公的指示……”昌幸在脑子里体察着信玄的心情。
“不要担心这件事，我已把这件事当成我自己的想法报告给主人知道了。不过，问题是那些女人孩子的处置，其中也有绝世的美女，该怎么处置这些女人和孩子们呢？”
十郎右卫门询问昌幸的意见。其实他不是询问，他在心里已经决定了方法，只是想问问昌幸的意见，昌幸也了解十郎右卫门的心意。
“这不是由我们来决定，而是由僧侣们来决定的吧？如果他们想把女人小孩带走，我们可以让她们同船，不过僧侣们会受甚么毁谤，就不是我们所能知道的了。”
昌幸说得很清楚。
“毕竟你也是这么想，那么就依这样行事吧！”
从叡山逃出来，现在住在武田屋馆接受保护的一行人，有僧侣及女人、小孩共计六十多人。这些人于翌日离开京城到堺港，再搭船至骏河。
一行人抵达骏河府中，分宿到各个寺里，等待古府中下命令来。
信玄对于叡山正觉院僧正豪盛与叡山满盛院权僧正亮信等一行，能自信长手里逃出，并走海路来到骏河的事感到非常高兴。他很快的派出使者，带慰问的金钱物品去见对方。
“回头我会通知你们复兴叡山延历寺的事，请稍等一等。”
信玄的本意是想复兴延历寺，他想在甲斐国的某个地方复兴延历寺，把天台座主觉恕招揽过来，把传统的天台宗本山移到甲斐国。等这件事传遍整个日本国时，国民就会知道信长烧光叡山并残杀僧侣，而信玄救出名僧智者复兴延历寺，这两个人马上就会重新获得评价。
信玄派使者去身延山久远寺，要他们把久远寺让给延历寺的僧侣们，以图延历寺的再兴；而信玄会在信浓国中野建一个大约是现在久远寺三倍大的大伽蓝给日莲宗本山的久远寺，因此要他们赶快退出现地，先分散到各个日莲宗寺，等待中野的寺建好。
信玄认为要带天台座主觉恕过来，只能用这个方法，他在下令久远寺迁出的同时，把在京都的觉恕用海路招到骏河。
日莲宗本山久远寺接获消息如同晴天霹雳，他们不明白信玄的真意，就派使者去见古府中的信玄。
当他们确知信玄的心意已坚，就围着自古府中归来的使者协议了数日，最后一山之众全部集合到祖师堂，在日莲的木像前开会。
这个会议进行了八天七夜，参加的人数多达七千，而大家一致反对迁移，没有一个人例外。
信玄派出的使者连续走访久远寺，要他们早日退出。一山的僧徒信徒七千人当着使者的面，割下小指头，在反对迁移的请愿书上盖指印。这些请愿书共收在大小九百九十九个箱子里，让牛拉到古府中去。这一切完成后，聚集在久远寺的僧侣以及信徒一齐绝食抗议。
与久远寺关系亲密的穴山信君看到这件事情这么重大，就向信玄谏言。
信玄静静的听着信君的话后，只冷冷的说了一句：
“我的力量比不上佛法；信长则赢过了佛法……”
信玄一定是在比较信长能灭亡谁也无能为力的叡山，而自己却连要久远寺迁移的力量都没有。
信玄本来与觉恕等约定要复兴叡山，不过以后看到豪盛连小孩女人都带出来，以及听到民间盛传叡山被信长灭亡是破戒和尚在极尽乱行之后所应受的天谴这个传闻，他想在甲斐国复兴延历寺的心情就逐渐淡下来了。
三名从叡山带出来的高僧，就这样留在骏河。
九月十二日包围叡山，从根本中堂、三王、二十一社始，至灵社、灵佛、僧坊等，一时之间如云霞飞扬般地烧尽，经卷尽成灰烬，极其哀怜。山下男女老少不知何方可逃，空手赤足逃往八王寺山，藏身寺内。诸兵自四方围攻，一一砍下僧侣、稚子、智者、上人头颅，让信长过目。山顶之高僧、贵僧、智僧，以及美女、稚子，不计其数的一皆被捕，送至信长面前。有人挺身信长御前求饶，曰恶僧固然可杀，但其余可悯，请求信长救命，然而终是难逃杀戮，无一幸免。地上陈尸数千，惨不忍睹。
（太田牛一着《信长公记》卷四）