刑部尚书皂保转向两湖派，使案子有了微妙的变化，他将勘题拟奏全部改过，虽然验尸结果和判椟供状没有办法改动，但题奏用词却用心进行了修饰。其中，将“诱勒具结，罗织成狱”改为“虽系捏报，却属无心”；将“捏报擦洗银针”和“涂改尸状”改为“任听仵作草率相验”；将“非刑逼供、有违律法”改为“承审各员尚非故勘故入”等。
不仅如此，又以关系朝廷的面子为由，只字不提各级官吏行贿受贿之事；杨乃武刑伤过重，几乎被折磨成了残废，却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨之情；又将有关刘锡彤之子刘子和的事全部隐去不报；对巡抚杨昌睿、钦差胡瑞澜也未提出参革。
光绪三年（1877年）二月十日，这封经过修改的奏疏终于递了上去。皂保原以为按着他的奏疏，杨乃武案应当是马虎了事，涉案各官受到的处罚也不会过重。特别是杨昌睿，顶多也就是个革职留任罢了。但他没有想到，在两湖派频频行动的时候，浙江派也在谋划着最有力的一击。
醇亲王奕澴在最后的关键时刻下了一剂猛药。
二月十一日，天晴日朗，春风和畅，万里无云。刚刚散了早朝，左都御史广寿见时辰尚早，天气又好，便将自己的绿呢大轿打发了回去，带了几个从人一路步行向草帽儿胡同走去，打算找毓庆宫授读夏同善喝酒。刚走了一里多地，便有一顶蓝呢大轿从后面追过来。快到时落了轿，从里面钻出一个人，一边追一边喊：“广寿大人留步。”
广寿回头看，见那人黑瘦脸，戴着暖帽，水晶顶戴熠熠闪烁，八蟒五爪袍子外套白鹇补服。正是刑部郎中浙江司郎中翁曾桂。翁曾桂紧跑了几步赶上广寿，顾不得行礼便悄声道：“不好了广大人，皂保不知怎的改了判语，重写了题奏，昨日已交到军机处。幸亏我叔父知道的早，他让我立刻找到您想办法。”
广寿也是吃了一惊，道：“皂保怎么站到丁宝桢那边去了？难道他不知道这案子是冤的么？何苦要捞这个骂名。”想了一下又道：“这事除非是同王昕商议。王昕和皂保不同，不会首鼠两端，还算是个清正的官。”
“他不过是御史，即便铁面无私，又有多大能量？”
“你不要忘了，他同醇亲王的关系可不一般。眼下王昕又是太后跟前的红人，最知道太后脾气。从他那里必能找出些办法。虽然王昕只是个五品官，可比我主意要多咧。事不宜迟，你我现在就去他的府上。”
王昕在府中接着了两个人，在书房中落坐之后，翁曾桂即把杨乃武一案遭皂保干预的事讲了，请王昕想个办法。王昕听罢，沉吟了一回道：“这事不难，只须去同醇王爷说好。我来将底本写就，醇亲王看过记下，今日申时就去面见老佛爷。不仅要讲此案中官官相护，有意瞻询的事，更要将地方官跋扈不羁，恐怕尾大不调的利害讲清，才能挽回局势。”
三个人又商议了一会儿，因怕有聚议之嫌，只让王昕一人去西城太平湖东里醇亲王府。
到了醇亲王府见了奕譞，王昕即将前情讲了，醇亲王马上让王昕动笔，立刻写了向慈禧太后劝谏的底本。也亏得王昕文思敏捷，又深谙慈禧的心理，劝谏之语写的直中要害，一针见血，其中有两句写道：“两宫垂帘，新皇登基，大臣倘有朋比之事，朝廷不无孤立之忧。”就是说两宫皇太后是女人，新皇帝是小孩，以两湖派为首的地方官这么做是不是瞧不上当今的这些中央当权者呢？其时太平军被灭不过八九年，虽经慈禧一再打压调度，在平灭太平军时发展起来的湘淮势力仍然在地方上特别是长江南北一带掌控着一定的实力，一直是慈禧的一块心病。王昕把这件普通的刑事案上升到政治的高度，娓娓劝谏，正中时弊，不由得慈禧不深加考虑。
当日下午申时三刻的时候，醇亲王奕譞来到紫禁城递了牌子请见慈禧。进到仪鸾殿东暖阁，见到慈禧，醇亲王一边叩头一边说道：“老佛爷，臣是为了杨乃武的案子而来。”
慈禧不动声色道：“我猜着十有八九也是这事。近来这些大臣奴才们怎么不想着国家大政，都一股脑的向杨乃武的案子上使劲？我都觉厌烦了，不是让刑部审决了么，人证也都问过，也开棺验了尸，还有什么可说的？”
奕譞道：“刑部审决并非不公，勘题拟奏亦无不当。不过，臣对此案还有些想法，认为此案影响之深决非普通刑案可比，尚有隐情在内不得不详加考虑。”
慈禧噢了一声，道：“你讲。”
“老佛爷，自这个案子移交刑部勘审时，臣就一直琢磨，为什么从知县、知府到巡抚、学政，十数名官员数审数决，却总不能审清这个案件呢？他们就是心存回护，结党互保，他们心里想的不是忠于朝廷，而是怎么来保护他们自己朋党派系中的官员。眼下正是新皇登基之初，对此事不能不纠正，以树朝廷的权威啊。”
慈禧点点头道：“想不到几日没见你，说话长进了，想的倒是透彻。还有什么要奏对的，一起讲出来。”
“臣方才所讲，是其一；其二，百姓虽有上控之权，但向来京控案件，能得反判者，百不得一，竟成定例。纵有冤滥，刑部虽复核原卷，终难以驳回。观当今司法之权，早已不在朝内了；其三，臣观其案，朝中三令五申，几次复审勿求实情，而这样一个案情简单的案件，却历时四年未能审清，当真是案情复杂，或审官无能么？非也，杨昌睿、胡润澜之心，尤不可问。加上这几天丁宝桢等地方大员，哓哓至辩，干扰刑部，这些地方官吏对朝廷的忠心值得怀疑。”
慈禧听罢沉默不语，过了一会儿突然抬起头道：“你说的这些话，我怎么听的和王昕是一个口气啊，这是怎么回事？”
奕譞笑道：“老佛爷圣聪高远明察秋毫，这件事情的确是臣与王昕商议过的。”遂把王昕劝谏的底本递上去。
慈禧将底本看罢，亦笑道：“奕譞一张利口，王昕一枝好笔，都甚合我的意思。看来，地方上湘淮的势力仍是过盛，也该再整顿一下了。”
二月十六日，慈禧以光绪帝的名义发下来平反谕旨：
本案主犯杨乃武与葛毕氏俱无罪开释，但葛毕氏不该攀诬杨乃武，杖责八十。
葛喻氏不该听信教唆，无事生非，姑念女流无知，杖一百，徒四年。
陈竹山病死不论。
王心培、王林、冯许氏等邻居证言不实，杖八十。
余杭仵作沈祥，将病死尸体认作服毒，检验不实，使无辜惨遭重刑，杖八十，徒二年。
何春芳为虎作伥，诱供钱宝生，出具假供状，革去其生员的功名，着回原籍训导。（何春芳此时仍然在逃。）
杨昌睿的门丁沈彩泉作为联络两头收受贿赂通关节的犯人也被带到北京，但此案中既不能提各级官吏行贿受贿之事，又不能轻易放过这个人，便在大清律例中找了一个罪名给他安上，叫做依仗长官滋事，杖一百，流三千里。
对该案中参审官吏的处罚是：
余杭县知县刘锡彤勘验不实，非刑逼供，出入人罪。发配黑龙江充军，不准收赎，遇赦不赦。
杭州知府陈鲁、浙江巡抚杨昌睿、浙江提督学政胡瑞澜均革职查办。
浙江按察使蒯贺荪已死免议。
湖州府知府锡光，绍兴府知府龚同绶、富阳县知县许加德、黄岩县知县陈宝善，宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森等均降职罚俸。
还有两个参审此案的候补知县顾德恒和龚世潼，由七品降为八品。
最奇怪的是有一个刑部主事，也因资助葛喻氏旅费而受到处分。
杨乃武案终于在光绪三年（1877年）二月十六日结束了。从同治十二年（1873年）十月发案算起，前后历时三年零四个月，案中处分官吏近二十名，而参与到此案当中的官员竟达三百多人。若不是最终演变成江浙派与两湖派的政治斗争，这个案子的结果仍是很难预料。
刘锡彤充军死于途中，也算罪有应得。
杨昌睿虽然被革职，但第二年（光绪四年）就很快被重新起用，竟担任正二品闽浙总督，比从二品浙江巡抚还升了一级。杨昌睿毕竟是两湖派中举足轻重的人物，更是晚清四廷柱之一左宗棠的生死至友。他的起复也就不奇怪了。
胡瑞澜因为断案太糊涂（其实是过于精明），而且是奉旨断案，让慈禧丢了面子，根基也不是很深，被永不起复。
冒充杨乃武把兄弟吴玉琨毒死钱宝生的那个人，刑部也曾派人暗中查访，但终无线索，不了了之。