张之万和魁玉几次含糊的上奏，不仅让慈禧和同治不满意，也不能让朝中大臣王公服气。一时间有关马新贻一案的议奏如雪片般纷纷落到御案上来。
给事中王书瑞奏道：“总督遇害，封疆大吏人人自危，其中必有牵掣窒疑之处，朝廷应增派亲信大臣彻底根究，勿使此案稍有隐饰。”
安徽巡抚英翰也上奏道：“请皇上严诘主使之人，以遏制其进一步的阴谋。”
给事中刘秉厚奏劾：“派审之员去江宁日久，到目前尚无端绪，凭任该犯游供，含混拟结。”
这样的奏折，慈禧与同治十五日内，接了不下百封，也深感其案重大。到了九月，清廷再下谕令：“惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法凶徒潜入署中，白昼行刺，可以推断，决非该犯一人挟仇逞凶。现在该犯尚无确实口供，亟须彻底根究。著刑部尚书郑敦谨驰赴江宁，会同魁玉督饬司道各员，务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻，不得稍有含混。”清廷对张之万和魁玉这两天的所作所为也以越来越严厉的口气申斥道：“现已五旬之久，尚未据将审出实情具奏，此案关系重大，岂可日久稽延！”
其时，曾国藩已经改派为两江总督，只是他上了一道“谢调任江督恩因病请开缺摺”，固辞两江总督。折子上说：本年三月以来，衰病日甚，目病已深，恳请另简贤能，畀以两江重任，俟天津教案之事奏结之后，再请开掉臣大学士之缺。慈禧哪里会放过他，一面给这个“中兴名臣”戴了顶高帽子，一面坚决不让他辞官。下懿旨道：“两江事务殷繁，职任甚重，曾国藩老成宿望。以前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜。现在虽然目疾尚未痊愈，但两江若得该督坐镇其间，诸事自可就理，该督所请另简贤能之处，著毋庸再议。”上谕说的再明白不过了，有病也必须去。接着上谕免去丁日昌江苏巡抚之职，调补张之万任江苏巡抚，张兆栋升授漕运总督。
曾国藩在十月初的时候离开京师，向江宁而去。因为身体不太好，多走水路，即便在陆路上，也不敢颠簸，所以走的慢了。曾国藩倒也不急于赶到江宁，因为他与张之万有同样的顾虑，但他却不能象张之万那样从容脱身。因此，他需要在路上好好谋划一下；也趁此机会静观江宁刺马案事态发展，再作定夺。
刑部尚书郑敦谨则恰恰相反，他比曾国藩要晚几天出京，但他在入宫向两宫皇太后请训之后，当日便装束就道，快马驰骋，以每日两百里的速度，直向江宁而去。只走了十五六天，就到了江宁城。倒比曾国藩早到多时。
郑敦谨，字小山，湖南长沙人。道光十五年进士，选庶吉士，散馆授刑部主事。此人十分有才，但官场蹭蹬，作了二三十年的四、五品官，直到同治年，才一路布政使、巡抚、河督的升上来。因他作中下级地方官的时间长，与百姓打交道的机会也多，凭着他清廉正直，勤政爱民的性子，竟得了一个郑青天的名声。在山东、河南、湖南等地，说郑敦谨三字，或者还有不知道的人。但一提郑青天的名字，却是妇孺皆知的。
同治六年，郑敦谨擢升至左都御史。这是个正三品的官，但权利很大，是都察院的首领，为天子耳目，纠劾百官，同时控制言论，表达舆情，并有权参与处理重大刑事案件。这一年，捻军渡河进入山西，巡抚赵长龄、按察使陈湜因军纪败坏，扣发军饷，疏于操练，被捻军连连挫败。捻军在山西攻城夺镇，所向披靡。慈禧大怒，诏郑敦谨前往查处。赵长龄和陈湜都被革职充军，郑敦谨代理山西巡抚之后，捻军转入河南，山西至此平静。后来他又会同驻陕北总兵张曜，在河套将另一股捻军击败，自此名声大震。其铁面无私，雷厉风行的名声，立时传于朝野。这一回郑敦谨得了旨意，也期望能象在山西一样，痛快漓淋的将案子拿下。于是带着司员急急南下。身边的谋士随员仍是跟随他去山西查案的现任刑部满郎中伊勒通阿、汉郎中颜士璋。
郑敦谨一行星夜奔驰，走到冀南的时候，正值大雪封路，坐轿难以行走，郑敦谨命令徒步涉雪而行，不得耽误路程。因一路雨雪交加，天气恶劣，途中多人冻伤，他自己的蓝布棉衫也被树枝多处挂破，到江宁时棉絮外露，不堪入目。
张之万正在房中看书，听外面有城门守军快马来报：郑敦谨已到了通济门。张之万十分惊讶道：“好快。”急忙换官服带了人去接，走出不远，见郑敦谨一行人已经远远的走过来。只见这一群人大多衣衫褴褛，仪仗不整，个个面带疲惫之色，乱轰轰急匆匆的向前赶。当中一顶蓝呢大轿，挂破了几个大口子，在风中哗啦啦的来回摆动。
大轿落下，郑敦谨从轿中走出来。张之万眼睛近视，见郑敦谨穿着蓝底白点的袍子，那些白点还一晃一晃的，搞不懂是怎么回事，风一大，竟有些白点子飘了起来，更是惊讶。近了才看清，是一团团的棉絮从破衣中露出。张之万与郑敦谨见过礼道：“郑大人为何如此狼狈，一路可顺利？”
郑敦谨道：“贪赶路程，天气又不好，所以如此。不过，一路未有大事，只是辛苦了我带的这些人了。麻烦老兄叫郎中给他们找些治冻伤的药。”
张之万将郑敦谨迎到府中。稍事休息之后，魁玉、梅启照等人也闻讯赶来。郑敦谨道：“人既然来的齐，就在这里将案子商讨一下吧。”又让人将江宁的司、道、府、县长官都唤过来，一同商谈案情。
张之万道：“小山，为何如此着急，你来的匆忙，应当好好养养精神才对。”
郑敦谨道：“若是晚了，恐有人泄出口风，就不好问案了。”
张之万料得这个郑青天是想抢在曾国藩前面争功，乐得将此案交过去。当下大家聚在堂上，魁玉将前些时候审案的大致情况说明后，便不再言声。梅启照、张之万只是补充了两句，也没有多说。只有孙衣言侃侃而谈，说指使的人倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。袁保庆也慷慨陈词，坚决要求用刑求供。浙江候补知县马新祐一再陈情，请郑敦谨还他哥哥一个清白。马新贻的儿子马毓桢则跪地放声痛哭，请求伸冤。郑敦谨将他扶起来，道：“张文详行刺督臣一案，断非该犯一人凭着一时激忿而行凶，本官一定要彻底研鞫，严究主使，尽法惩办。只是案情重大，不便随意使用重刑，倘若在未正典刑之前而刑毙于大堂之上，谁能负得起这个责任？”
一直谈到当晚时近二更天，郑敦谨对此案已经了解的差不多了。随命第二天即提审张文祥。
次日，张文祥和他的妻嫂罗王氏、女儿张宝珍，儿子张长幅以及几个邻居一同被带上堂再审。这一回，郑敦谨亲自审问，问的十分审细。但张文祥还是愿说时便说，不愿说时便昂着头一声不吭。翻来覆去还是将前供重说一遍，又道：“马新贻这只披着人皮的畜牲，伤天害理，黑了良心。不顾人伦，杀弟占妇，我杀这样的人还需有人主使么？”
郑敦谨大怒，喝道：“看来不用重刑，难以撬开你这利嘴。来人！”
两旁衙役呼喝一声，下边孙衣言等人心中畅快，都想道：早就该用刑了！哪知郑敦谨接着却说道：“将罗王氏拶起来。两个衙役上前，将一副拶子套在张文祥妻嫂的手上，两边一用力，罗王氏一声惨叫，立时昏了过去。张之万叫人泼醒再拶，罗王氏惨叫连连，十指都渗出血来。张文祥闭目不看，但只见他额头青筋在一根根的跳。”张之万又道：“再将这两个人套上刑具。”
衙役答应一声，将跪在下面的一个十六七岁的小伙子架上来，在头上套上箍子；又将一个小姑娘拎上来，套上手拶。郑敦谨对张文祥道：“张文祥，你还不说么？难道要看着你的儿子和幼女遭此酷刑之后才畅快么？”
张文祥睁开眼睛，看了看自己的儿女，不知不觉已有两行眼泪流下来，他叹道：“为父不慈，让无辜子女遭此大难。妻嫂照顾他们多年，自己非但没有机会报恩，反让您因我而身受严刑。我实在是对不住你们哪。”回头又对郑敦谨道：“狗官，你不是要知道是谁主使我么？我来告诉你，马新贻实为回人，其父是山东菏泽回民之首，与甘肃回王素有联系。马新贻与太平军、捻军作战，军火多得回民资助，故屡屡立功，升迁也快。马对回王感恩，一直寻机报答。”
张文祥接着将一件不可思议的事情讲了出来。他说道，自己原为捻军，眼看造反事业江河日下，遂“怀反正之志”，后来投到马新贻军下。马新贻有一亲兵叫做徐成三，原与张文祥同在皖北为捻军。后来降清，成为马之亲兵，一直作到巡抚标兵营材官。张文祥因为与徐成三早就认识，后来又同在马新贻军中，所以结为好友。一日，二人在一起畅饮叙旧，酒酣，徐成三道：“真是人心不足蛇吞象，这话一点不假。你我兄弟，自从捻军那里投奔清廷以来，虽屡立战功，但仍被人小视，动辄以‘重治贼党’相威胁，十分的憋屈。看那马制军却是春风得意，一直做到封疆大吏，却还想要背叛中原，投降回部，尽占东南之地，真是不可想象。”
张文祥问道：“此话当真？”
徐成三道：“半个月前，西北回王颁给马氏一份密诏，说目今大兵已定新疆，不日便将‘剿灭’与之作对的左宗棠楚军，入关东下。所有江浙一带征讨事宜，俱都委托马氏办理，事成之后，封其为东南王。马氏旋即复函，称‘大兵果定中原，则东南数省悉臣一人之责’云云。”
张文祥一听，拍案大呼：“此等逆臣，我一定要亲手杀之！”遂有刺马之事。
张文祥此言一出，满堂皆惊，梅启照与魁玉相互对视一眼，皆摇摇头。其他人都表情错愕，不能置一言。郑敦谨更是不知该说什么好，在一旁录供的几个书办，不是吓的手发抖不能下笔，就是心有所忌停笔不敢直书，只一个劲的看郑青天是如何发落。
案子竟然审到这个地步，实在大出郑敦谨意料，下面不知道那张文祥还要再胡说些什么，郑敦谨哪里还能再问下去，只能匆忙退堂。张文祥被压入牢中，心中得意，也暗暗赞叹哥老会的堂主程速台的主意高。原来程速台在见他的那天晚上，教他一个主意：若是被抓住后，在堂上受刑不过，便可将这条理由拿出来。那审官肯定会立时退堂不敢再问。今天一用，果然灵验。
郑敦谨回到自己的行辕，立刻让人去查徐成三的下落，又忿忿道：“张文祥简直是痴人说梦，照他这样说来，他不仅谋刺国家重臣无罪，倒成了为国除害、报效朝廷的英雄啦。”
刑部满郎中伊勒通阿道：“大人，下官倒觉的这话不象是张文祥这种人能说的出来的。此计必是有高人替他编好的，这更说明案中有案，背景复杂啊。”
郑敦谨道：“我便是拼着不要这条老命也要揪出幕后之人，查明此案，给主子一个交待。”
伊勒通阿道：“大人，我有句话不知当讲不当讲。”
“你说罢。”
“此案难审啊。难就难在事涉多方，有人立时就要张文祥的命，有人要借此案整治对方，有人想把事情弄大搞臭马新贻的名声。这私通西北回王的事，就是一例。等等事务皆牵在张文祥一人身上，如同蛛网，您若不提早想好退身之策，一旦陷入其中，再想拨足就难了。”
虽然初到江宁，伊勒通阿已经看出了一些门道来。不过，郑敦谨雄心勃勃，非要把这天下第一疑案弄的水落石出不可，也不枉他那个“铁面无私”的称号，弄个千古留芳的名声，哪里听的进去伊勒通阿的话。隔了一天，派去查徐成三的人报说：徐成三就是那日拦住马新贻大轿要军火的湘军营官，却不是马新贻的亲兵，目前正在通缉当中。次日，郑敦谨又提审张文祥。但连讯一十四天，张文祥口供不变，根本无法笔录，更不敢随便用刑。郑敦谨一愁莫展，而张之万在郑敦谨来江宁的第三天就急急交接完毕，直奔苏州接任江苏巡抚去了。魁玉听了两回堂，就称病在家，梅启照只是听堂，十多天一句话都没有问过张文祥，一个字都没有提到过此案。京中又不断下旨催办，上谕尖锐指出，“马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大。张文祥供词挟恨各节，必有不实不尽之处。前张之万、魁玉等所拟，不足以成信谳。知郑敦谨已审十数次，着其将详情速呈上来。”郑敦谨这才感觉到独木难支，压力巨大。下一步该如何走？郑敦谨同满郎中伊勒通阿、汉郎中颜士璋商量。伊勒通阿出的是卸责的办法，此时看看闲书，养养精神，待曾国藩来了，由他主审，到时再看形势定夺。这个主意郑敦谨是不愿意的。这时他已经不存争功之意，但他也不愿意让别人说自己是无能之辈或胆小之人。颜士璋则道：“既然堂上审不出什么来，何如出去走走。微服私访，也可能会得到些有用的东西。”
郑敦谨并不认为微服私访真能访出些什么来，但案子再审下去，也不会有进展。他也想歇上几天，静一静心，说不定又会想出办法来。郑敦谨带了
伊勒通阿和颜士璋在南京城里走了几天，倒真打听出不少事来。光是张文祥报仇刺马的事，就有好几个版本。又听说丁日昌的儿子丁蕙蘅也可能事涉其中，又有湘军派张文祥刺马的几种传说。这些纷头乱绪、复杂情节让郑敦谨感到真如步入蛛网一般。他这才明白，原来此案是不能深究的。要是一直查下去。可能将来真象伊勒通阿说的那要，再想从此案中脱身就难了。郑敦谨开始不自觉的想后路了，不过，依着他的性子，他是绝不会象张之万那样将事情一推了之的。但不这样，又怎样了结此事呢？慈禧与同治帝对此案十分关注，正眼巴巴地等着呢。如何能不露声色的全身而退，不要陷进去呢？郑敦谨一时理不出头绪。
这天下午，三人正在江宁细柳巷行走，抬头看见一座官宅。郑敦谨问道：“这是哪个官员的宅第？”
颜士章道：“这是营务处总办袁保庆的宅子。”
“噢，袁保庆前些天去镇江协查案子，不知道现在回来了没有。我们进去看看。”
袁保庆恰好是前一天夜里刚刚回来，这天又出去查营去了，并不在家。家人听说是钦差大人府上的两位正六品郎中来拜，急忙通禀。不一会儿，一个少年急匆匆的跑出来，向三人行礼，然后将他们让进正院客厅。
这个少年名叫袁世凯，是袁保庆的长子。字慰庭，号容庵，就是后来在中国近代史上赫赫有名的北洋军阀创始人、中华民国第一任大总统。袁世凯风云一时，叱咤中国政坛是后话，此时他只有十五岁，其貌不扬，长的又黑又胖，有些罗圈腿，但说话办事却极周到。郑敦谨并未表露自己的身份，随便找了一处座位坐下。伊勒通阿只好坐到上位，问袁世凯道：“令尊什么时候回来？”
“家父现在城郊，临走时交待，若有急事，可驰马飞报，不消一个时辰就可回来。大人可是又要提审张文祥？”
“这倒不是，令尊已经好多天不问此案了，难道也想保得自家清白不成？”
“大人，这话要是放在别人身上尚可，但家父身受马制台知遇之恩，又同心治理江宁多年了，二人相处甚得，马制台被刺之日，家父痛心欲绝，誓将此案一查到底，岂会在这个案子上撇清。家父曾说，此案不清，枉对马前辈之栽培。”袁世凯说到此，话锋一转，又道：“不过，依小侄看来，家父之心愿恐怕……”
颜士璋一到南京就听说过袁保庆有个十分聪明的儿子，听他话说一半，追问道：“依你看，这个案子会怎么样？”
“容小侄放肆说一句话，不知各位大人容得不容得？”
“你尽管讲。”
“从表面上来看朝廷催责的十分紧，但西宫太后对马制军的评价只有一句话，‘马新贻办事甚好。’直到最近，也是只提其案，不提其人。这说明马制军被刺杀案并未影响大局，他在太后及各位军机重臣心目中的地位也不甚高，朝中为其申冤之人，也皆非马之朋党亲戚。而刺案之背后，另有一批势力，这势力却不希望其案查下去。查下去的动力不足，而阻力却很大，这样看来，这个案子能够深究的可能性不大。”
郑敦谨不服气道：“但近来上喻连连催案，督责甚紧。而朝中言官喋喋不休。这案子怎么会平白无声的了结呢？”
“这些都是就事论事。此案涉及朝中重臣，而疑点甚多，谣言纷起，朝廷的初衷当然是想查清楚。不过，等朝廷慢慢知道了其中内情，也便不想查了。听说这里边有湘军裁撤、浙江巡抚之子寻仇、杀夫占妻背义忘恩、回疆入中原等等案由，哪一个查下去都不利于朝廷。而且查案日久却没有结果，魁军门、张漕帅、郑大司寇都不能根其原由，那朝廷颜面又将被置于何地？所以要想彻底查下去，极难！”
郑敦谨三人从袁府中出来，伊勒通阿叹道：“看不出，袁保庆风风火火的一个人，却有这么一个少年老成，洞查世事的儿子。”
郑敦谨道：“袁世凯说的不错。看来此案认真不得。”
颜士璋道：“若是进不得，那便需想一个退身的法子。”
伊勒通阿笑道：“这法子我是说过的，等曾国藩来了，让他顶杠吧。他是湘军首领，这事还需他来摆平。”
郑敦谨想了一会儿道：“不妥。不过，袁世凯有一句话倒可拿来现用。”
“郑大人，是哪句话呢？”
“他说：‘等朝廷慢慢知道了其中内情，也便不想查了。’我们不妨将其内情详详细细的禀上去，看看朝廷是什么意思？”
“风闻上奏的名声，也不好听啊。”
“可以用密折。只要话说的中恳，多留回旋余地，朝廷那边是不会见怪的。”