这天，天空一直是阴沉沉的。就在拿破仑的骑兵快要追到敌军殿后部队时，突然下起了滂沱大雨。大雨遮住了法军的视线，看不清前面的目标。火启发射也受到影响。特别是骑兵的行动受到了限制，骑兵只能沿着公路追击，否则马匹就会陷到泥泞的耕作地里，难以奔跑。拿破仑也被淋得像落汤鸡一样，灰大衣淌着雨水，帽子被暴风雨打得不成样子。半个小时以后，暴风雨停止了。英荷联军的殿后部队尽管跑得丢盔弃甲，狼狈不堪，但终究是成功地撤走了，并在滑铁卢以南进入主力已占领的阵地。
拿破仑企图利用敌人仓促占领阵地的时机，一举突破其防御阵地。他立即下令把４个炮兵连从后面调上来，以火力压制敌军，同时，也命令第四骑兵师发起冲击。但在英军居高临下的炮火打击下，法军很快败下阵来。这时拿破仑深深意识到，由于内伊的掉以轻心，行动迟缓，他已经失去了一个良好战机，今天不可能再发起进攻了。他无限感慨地说：若有神力，能使敌人行军延迟两个小时就好了。
１７日晚上，拿破仑在李客劳农庄过夜。午夜刚过，他就从床上爬了起来，他特别担心惠灵顿会趁夜溜走。１８日凌晨１时，他就在司令部坐立不住了，在贝特朗将军的陪同下，踏着泥水，穿过一排排躺在地上宿营的士兵，走近到敌人的前沿。在淅淅沥沥的雨声中侧耳倾听，判断敌人有没有撤走的动静。他这样倾听着，直到东方发白，才返回司令部。
一回到司令部，他就看到了格鲁希发来的报告，报告中说一部分普军已向华费里方向撤退，其企图可能是要与惠灵顿军会合；布吕歇尔率领的主力正向列日方向撤退。拿破仑综合分析了所有情报，最后断定：普军主力正向华费里集中，企图与惠灵顿军会合。上午１０时，苏尔特奉命给格鲁希写信：“皇帝已经接到你从耿布劳斯送来的第一次报告。你只告诉陛下有两支普军纵队，但我们从另外的报告中得知还有第三支也向华费里方向行动。皇帝命令我告诉你，他正准备进攻滑铁卢的英军，陛下希望你也进到华费里，以便与我们保持接触，并驱逐在你前方的普军。”
滑铁卢决战就在拿破仑接到格鲁希报告之时，惠灵顿也收到了布吕歇尔发自华费里的信件。布吕歇尔告诉惠灵顿，１８日天一亮，他就首先出动由比洛指挥的第四军，向拿破仑的右翼进攻，皮尔希的第二军随后跟进。其余两个军，在做好准备后也随之前往。布吕歇尔的来信坚定了惠灵顿在滑铁卢与拿破仑会战的决心。
滑铁卢的田野开阔而平整，上面种满了郁郁葱葱的庄稼，小麦、大麦、大豆、豌豆、马铃薯、萝卜等如同一块绿色的地毯覆盖着整个大地。另外还有几块刚被犁过的田地，两条大道在田野中交错着伸向远方。整个滑铁卢呈现出一片宁静、祥和的气氛。然而，自１８日破晓时分起，这里的宁静气氛就再也不存在了，所有的英荷联军开始了行动。这块绿色的平原上到处都是活动着的人群，人们发出的各种声音汇集在一起，犹如远方大海的咆哮声。由于夜里的一场大雨，军官和士兵的脸都冻得铁青，长长的胡须上挂着水珠，衣服上满是泥浆。
有不少士兵由于疲惫和饥饿，简直无法站起身子，尽管如此，他们还是努力做着大战前的各种准备。
惠灵顿把阵地设在布鲁塞尔以南约２２公里、滑铁卢以南约３公里处的一片丘陵地带上，圣杰安山高地为主阵地，从那里可以俯视整个战场。阵地右翼的霍高蒙特别墅是惠灵顿防御的重点，他在这里使用了英国近卫军。荷兰军和其他盟国的杂牌部队则被安放在中央和左翼阵地上。在左翼的最外端，配备了英国的骑兵旅。同时，在中央阵地后面，即圣杰安山与前沿阵地之间，保持有比较强大的预备队，联军火炮的大部分都配备在这里。惠灵顿曾给炮兵作出明确规定：不要理会法军的炮兵，集中火力直接射击逐步推进的敌军步兵和骑兵。
根据联军阵地的部署，拿破仑决定集中主力首先突破联军防御薄弱的中央阵地，抢占圣杰安山，然后向两翼扩大战果，将敌人一分为二，各个击破。为此，拿破仑制定了一个佯攻霍高蒙特别墅以牵制敌军兵力从而保障中央突破的作战计划。
一场巨大的厮杀很快就准备好了。这时在滑铁卢的当面，拿破仑集中了７２０００人的兵力，并配备火炮２４０门。惠灵顿的兵力则是６８０００人，火炮１６０门。
１８日上午８时，拿破仑与高级将领们共进早餐。他对惠灵顿接受会战感到很高兴，同时对即将爆发的大战充满必胜信心，他对元帅们说：“对我们有利的机会不下于百分之九十，而不利的机会则不到百分之十。"但苏尔特、雷耶、戴尔隆等人并非像他一样乐观，他们曾在西班牙战场上领教过惠灵顿的厉害。苏尔特小心翼翼地向拿破仑建议，把格鲁希所部调回滑铁卢战场以增强战斗力，但遭到拿破仑的拒绝，他尖刻地对将领们说：“因为你们曾被惠灵顿打败，所以你们就认为他是伟大的将领。现在告诉你们，惠灵顿不是一个好的将领，英军也不是一支好的部队，要打败他们并不比吃一顿早餐困难。”
法军进攻时间定为上午９时，可是，绵绵细雨一直下到８点整。拿破仑一吃完早餐就赶往各处视察战前部队。视察当中，一位炮兵军官向他建议说，最好将进攻时间推迟３小时，因为雨刚停止，泥泞的地面会使骑兵和炮兵难以行动，而且炮弹陷入泥中，会使杀伤力受到影响。出身于炮兵军官的拿破仑欣然接受了这一建议。
１０时以后，拿破仑再次出发，视察正在进入攻击状态的部队。这位身穿灰大衣的皇帝走到哪里，哪里就爆发出一阵阵"皇帝万岁"的欢呼声。欢乐的狂涛经久不息，响彻前线上空。这是拿破仑一生中最后一次检阅军队，军队中所爆发出的热情也是自奥斯特里茨战役以来从未有过的，它给拿破仑和所有在场的人留下了极为深刻的印象。
１１时３０分，法军８０门大炮同时向英军阵地轰击，会战开始。担任佯攻的第二军第六师奉命出动，向霍高蒙特逐步逼近。该师师长是拿破仑的弟弟热罗姆。热罗姆虽年过３０，但仍是一个不成器的皇家少爷。他带领军队两次冲锋，占领了霍高蒙特南面的一片树林。按照拿破仑的计划，攻击应到此为止，下一步是巩固所占领的地盘，以便进一步牵制和吸引更多的敌军。军长雷耶也一再命令，不要进攻霍高蒙特别墅的主体。但热罗姆舍不得放弃这个看上去似乎是唾手可得的霍高蒙特别墅，竟置命令于不顾，带领部队继续向前冲击。
结果，３次冲锋均被打退，损失惨重。军长无奈，只得再抽调一个旅去支援这位御弟，致使攻击霍高蒙特的兵力达到１２０００人。面对十倍于己的法军，英国近卫军进行了顽强抵抗，打退了法军一次又一次进攻。法军陷入了毫无意义的苦战之中，不但没能把英军主力吸引过来，反而把自己的兵力给拖进去了，佯攻变成了不断增兵的硬攻。
下午１时左右，拿破仑准备命令第一军发起进攻。实施中央突破。在下令之前，他习惯地拿起望远镜，向敌人的后方和侧翼进行观察。突然，他发现在东北方向约１０公里以外的一片树林边上，有一块黑压压的东西。接着，所有的望远镜都看见了这块东西。这是一片树林呢？还是一支正在接近的军队？参谋人员说法不一。凭着久经沙场的丰富经验，拿破仑判定那是一支部队。可又是哪方的部队呢？一时间，谁也说不清。
没过多久，法军的侦察兵押来了普军的一个骠骑兵上尉。从他的身上搜出了一些文件，这些文件表明那块黑压压的东西是普军第四军的前卫，他们正准备前来攻击法军右翼。普军上尉对这一事实供认不讳，但他狡猾地隐瞒了在第四军后面还有第一、第二军的情况。面对情况的突变，拿破仑表现得异常镇定，他坚信在普军赶来增援之前，法军能够消灭当面的敌人。既然普军第四军已经前来侧击法军的右翼，那格鲁希的军队也应该前来侧击该军的左翼。拿破仑立即命令苏尔特给格鲁希写信，信中道：“目前我们正在滑铁卢附近激战，敌军的中央在圣杰安山上，所以，请立即前来加入到我们的右侧面上。截获的信件指出比洛的第四军将进攻我们的右翼。我们已经可以看见该军在圣南贝特山脊上，请一分钟都不要耽误，赶紧来与我们合作以击溃普军。"同时，拿破仑还命令两个骑兵师和第六军迅速赶到圣南贝特去，阻止普军向滑铁卢前进。
信使于下午２时出发，由于道路难走，直到下午５时才将信送至格鲁希手中，可惜时间已晚，格鲁希的部队已被普军的第三军围困在华费里无法脱身。
下午１时３０分，法军全面进攻开始。第一军从左至右一线排开，左翼为第一师，在轻骑兵旅的支援下，进攻敌军中央阵地正前方的拉海圣庄园，其余三个师进攻敌军的左翼。法军从四面围攻拉海圣庄园，人数处劣势的拉海圣庄园守军几呈不支之势。惠灵顿站在联军主阵地上的一棵大榆树下焦急万分，急忙派出一个营前去增援，不料该营在前进途中就被法骑兵冲散了。由于拉海圣庄园的主体是个非常坚固的砖石建筑物，守军龟缩在里面进行顽强的抵抗，法军一时难以攻占。
与此同时，其他三个师依仗优势兵力和强大的炮火，攻击进展异常迅速，很快就占领了前沿阵地。登上丘陵顶部的法军被这来之迅速的胜利冲昏了头脑，他们不断地欢呼着，拥抱着，战斗队形荡然无存。就在法军欢呼胜利、得意忘形之时，隐蔽在山脊北侧反斜面上的一个英军步兵师，共约４０００人，突然从树丛后面冲杀出来。他们在距离法军仅４０步左右的位置上，连续发射猛烈的排枪。随后，端着刺刀冲进法军混乱的队形。山顶上展开了一场激烈的肉搏战，英军师长约克顿在混战中中弹身亡。
惠灵顿见山顶的肉搏战一时未分胜负，他瞅准机会，及时调上了两个骑兵旅共六个团，对法军进行反冲击。面对陡增的英军，法军支持不住，开始败退。英军乘胜追击，六个骑兵团越过中间山谷，一直冲上了法军的进攻出发地，摧毁了法军的部分炮兵发射阵地。拿破仑见势不妙，立即投入了两个骑兵旅。法骑兵居高临下，如猛虎下山般地扑向运动速度已经减慢的英军，杀得英骑兵人仰马翻，仓皇退去。在这一回合中，法军损失近４０００人，并被英军缴获去了两面军旗。英军方面，原部署在阵地上的４０００人全被消灭，而在反冲击中，又损失了大约２５００名优秀骑兵。
法军在霍高蒙特和拉海圣两地久攻不克，致使大军无法向纵深推进，拿破仑开始有些担心了，不断地猛吸着鼻烟。下午３时３０分，法军再度向这两地发起猛烈攻击，拿破仑决心不论付出多大代价，也要在敌方援军赶到之前拔掉这两颗钉子。面对法军凌厉的攻击，两地的守军损失严重，弹药也快用完，但他们仍坚持不动。拿破仑为此焦急不安。
这时，内伊突然发现敌军中央阵地上的守军正在向阵地后面退去，他以为英军开始撤退，因而不待拿破仑下令，不顾敌军两个据点尚未攻克而存在的危险，自作主张，命令米豪德的骑兵师和部分近卫骑兵约５０００人，对敌主阵地发起冲击。４时左右，在炮火的掩护下，５０００名片兵如潮水般向霍高蒙特和拉海圣之间狭窄的正面上冲去，很快就冲上对方阵地，俘虏了联军全部火炮。惠灵顿见此情景，立即调拢步兵，排成严整的方阵实施反冲击。这时，法军步兵没有跟上，炮兵也因怕误伤自己人而停止射击，结果，５０００名片兵难以继续前进，无法突破发射着猛烈排枪火力的敌军步兵方阵。正当法军旗兵前进受阻的时候，惠灵顿又将他的５０００名片兵预备队投入了战斗。形势立即发生逆转，法军再次被打退，原已成为法军战利品的联军火炮，又在背后响了起来。
拿破仑见法军旗兵的冲击被打退，心急如焚，他不顾苏尔特的劝告，抛出了法军旗兵的全部预备队，对敌军阵地发起第二次大规模的进攻。顿时，战场上蹄声轰鸣，尘土蔽日。内伊一马当先，万名片兵紧随其后，如同旋风一般向敌方阵地卷去，狭小的战场上马头挤着马头，后面只有一个排炮连伴随掩护，步兵们没能跟随前进。这时，联军也加强了防御力量，英军炮兵不断进行猛烈的射击，步兵也充分发挥了排枪的火力，结果，法军一连五次大规模的冲击全被打退，损失惨重。
拿破仑又一次骑马赶到部队，一面安顿人心，鼓舞士气，一面严令内伊不惜一切代价攻占拉海圣。下午６时过后，法军进行了第六次冲击。内伊已打得眼红，他大声喊叫着，不顾一切地冲在骑兵队伍的最前头。战斗中，他的三匹坐骑连续中弹倒毙，他毫无惧色，换上别的坐骑，依然率部前进。
英军受到内伊连续六次的猛攻，伤亡极其惨重，几乎到了山穷水尽的地步。拉海圣的守将向惠灵顿求援，惠灵顿无可奈何地说：“在这种情况下，让大家都牺牲在自己的岗位上！
我已经没有援军了。不过，即
使牺牲到最后一个人，我们仍然要坚持到布吕歇尔的到来。”
经过长时间的激战，法军终于攻占了拉海圣。内伊立即将一个炮兵连调到那里。在炮火的掩护下，冲击的法军继续突进，最后占领了英军中央阵地的部分地段。由于伤亡过重，法军已无力再向纵深和两翼扩大战果。内伊曾向拿破仑请求支援，但遭到拿破仑的拒绝。这时拿破仑手中还有８个营的老近卫军和６个营的中年近卫军，但他不敢把这仅有的一点预备队全抛出去，因为法军的右翼正面临着普军的严重威胁，而且他也不能肯定格鲁希军能否及时赶到。由于得不到增援，攻上英军阵地的法军又被赶了下来。
正当法军猛攻英军主阵地之时，法军右翼突然传来了一片呼喊声和射击的轰响声。原来，布吕歇尔率领的３万人打退了前去阻击的法军，赶到了战场。几经激战之后，普军占领了距离拿破仑指挥所只有１０００多米的南普西特村。拿破仑希望在布吕歇尔军后面看到格鲁希的部队，可格鲁希军始终未见踪影。拿破仑立即命令一个老近卫军营和一个中年近卫军营投入战斗。这些久经战阵的勇士，在咚咚战鼓声中，端着刺刀猛冲。他们一枪不放，进行白刃格斗，只用了２０多分钟，就收复了南普西特村，然后把它交给了青年近卫军去防守。
右翼阵势稳定之后，拿破仑又把精力集中到正面攻击上来。他清楚地知道，眼前的英荷联军已是精疲力尽、千疮百孔了，谁胜谁负，就在这最后一举了。他把剩下的８个近卫军营全部交给内伊指挥，要求他作好最后一次冲击。
大约７时左右，内伊准备就绪，刚准备发起最后冲击时，法军一名片兵军官叛逃投敌了，他将法军的兵力情况和进攻计划全部讲出，惠灵顿立即重新部署兵力，以对付即将到来的进攻。
最后的冲击开始了，战场上出现了一幅最为壮观的景象：大约４０００名身经百战的近卫军官兵组成了一个排列极为严密的进攻方阵，他们同内伊的部队一起，在猛烈的炮火掩护下，向敌军阵地挺进。他们边挺进边整齐地高呼"皇帝万岁"。内伊的坐骑再次被炮弹击毙，内伊从地上爬起来，继续带领部队冲锋。法军很快突破了联军的防御，冲到了山顶上的英军阵地。眼看就要大功告成了，突然听到惠灵顿一声令下：“近卫军，起立，准备战斗！"从山后的反斜面上一下子出现了两个营的英近卫军，他们等法军离他们只有五六十步的时候，一起猛烈地开火。面对仿佛是从地底下冒出来的英军，法军来不及还击，就一排排地倒下来了。在不到一分钟的时间里，这支战无不胜的近卫军就丢下３００多具尸体，向后退去。与此同时，其他地段的英军也积极地对主阵地进行支援，普军的两个军则更加猛烈地向法军右翼发起进攻。法军两面受敌，阵脚大乱。这时的拿破仑再也没有预备队可用了，惠灵顿意识到发起全线反击的时刻已经到来了。他骑马来到阵前的突出部位，脱下帽于在空中摇晃着，大声喊道：“是时候了，我的孩子们！"反击信号一经发出，４万名联军官兵器势汹汹地从山上直扑下来，法军招架不住，纷纷败退。
拿破仑见势不妙，匆忙赶到拉海圣以南，重新集中了三个近卫军营。他亲自带领这三个营屹立在阵地前沿，企图阻止溃逃的法军，以便稳住阵脚，组织再战。英军攻到近前，见屹立在阵地边的法军有如铜墙铁壁，不禁胆寒气来，停止了进攻。惠灵顿见此情景，当即大声喝道：“上，上，他们是顶不住的！"英军再次冲了上来，列成方阵的法近卫军拚命抵抗，终因势单力薄，不得不败下阵来。他们且战且退，掩护拿破仑撤出了战场。其他地方的法军也在普军的进攻下，朝不同方向四散逃命去了。
这是一个晴朗夏日的傍晚，天边仍有淡淡的余辉，法国人在英军的追击下，狼狈溃逃。
追至离主战场３英里处，惠灵顿将追击任务交给了布吕歇尔。这一夜，法军残部七次准备扎营，又七次被普军追上，被岂不停地奔逃。拿破仑和几个元帅一起，于夜里１时左右逃到卡特尔布拉斯。在这里，拿破仑试图收拢部队与追敌较量一番，但部队还未集中起来，追兵又赶到了。１９日凌晨５时，拿破仑退到沙勒罗瓦，他又一次试图收拢部队与敌军一决雌雄，就在这时，传来了格鲁希失踪、普军全部覆灭的消息，拿破仑彻底失望了，他放弃了再次决战的念头，悄悄地向巴黎退去。
滑铁卢一战，法军死伤２５０００人，被俘虏８０００人，其余大部分逃散了。惠灵顿军团死伤１５０００人，布吕歇尔军团死伤７０００人。那一天前还是青翠碧绿的田野和山坡，此时铺满了血肉模糊的尸体、伤员以及无数残缺的肢体，绿色的平原变成了血的海洋。
法国军队被彻底击败了。
第二次退位６月２１日，拿破仑回到了巴黎。这时两院已经背叛了皇帝，他们宣布国家处于危险中，拿破仑必须退位方能保证国家的安全与和平。可在工人区，人们却在大声疾呼：坚决反对皇帝退位，坚决保卫巴黎。６月２１日和２２日两整天，不断有游行队伍高呼：“皇帝万岁！打倒叛变者！拥护皇帝或者死亡！不需要退位！要皇帝和国防！打倒议会！"愤怒的人群在街上把一些衣着华丽的、被他们怀疑为贵族的人打得半死，因为他们拒绝和群众一起喊：“不需要退位！"拿破仑的弟弟吕西安极力建议他像当年雾月１８日那样解散两院，重新征召军队，准备再战。共和派卡尔诺也要求拿破仑实行专政和发动人民战争以应付危急局面。可拿破仑认为时代不同了，他所依赖的资产阶级完全抛弃了他，他不愿意把平民大众与资产阶级对立起来，不希望看到自己的国家发生内战，于是，他屈从了议会的决议。６月２２日，他再次签署了退位诏令，内容如下：
“法兰西人！在这场维护国家独立的战争开始时，我曾指望一切努力、全部意志和国家所有的官厅联合一致。我以希望这种联合的成功为根据，藐视了同我敌对的列强所发出的一切公告。形势出现了变化。我面对法国敌人的憎恨，自行作出牺牲。但愿像他们在声明中所说的，他们确实是真诚的，即仅仅仇视我个人！我的政治生命已经完结了，我宣布：我的儿子以拿破仑二世的称号为法兰西人的皇帝。现任的各位大臣将暂时组成一个政府会议。我对于我的儿子的关心，促使我请国会迅速依法建立摄政制。为国家的安全，为保持民族的独立而联合起来。”
两院接到拿破仑的退位诏令后，为了对逊皇保持应有的敬意，派了一个委员会前去答谢拿破仑。拿破仑最后一次身穿皇袍，接见了前来致谢的委员会，各位国民大臣随侍在侧。他看上去苍白而凄惨，然而坚定而能自制。他在答词中建议举国一致迅速准备防务，他还提醒大家他的退位是有条件的，包括他儿子的利益在内。下院议长怀着诚挚的敬意答道，他刚才所提的各个问题，下院没给他任何指示。这时拿破仑已看清，他儿子继位是没有希望了。他尊严而有礼貌地送走了这个委员会。拿破仑再度登位时期——百日政权到此告终。
拿破仑下台之后，富歇任首席执政，组成了临时政府。联军渐迫巴黎，拿破仑屡次写信给富歇，表示愿意指挥士兵防卫巴黎，可得到的回答是请他赶快离开巴黎前往罗什福尔港，那里备有两艘巡洋舰运载他去美国。
拿破仑毫无怨言又不失尊严地顺从了他的命运。６月２９日，拿破仑离开马尔梅松。７月３日抵达罗什福尔港。临时政府请求惠灵顿发给拿破仑赴美护照，但惠灵顿因未得到本国政府的训令而拒绝发给。
现在临时政府又试图像１７９４年那样唤起士兵的抗战热情，但未能成功，士兵们拒绝打仗，"因为他们没有了皇帝。”这时，苏尔特和格鲁希的残军被赶到巴黎城下，英军和普军紧追其后。经过一阵毫无作用的抵抗之后，法军总司令达武于７月３日与联军缔结了休战协定，首都向联军投降，法国军队撤往卢瓦河以南。联盟各国随即通知临时政府，他们的职权已告结束，路易十八数日内即将重掌王权。临时政府自行解散。７月８日，大腹便便的路易十八再次住进了他祖先的王宫。
由于英国舰队严密地封锁了通往大洋的一切出口，拿破仑只得停留在罗什福尔港。这里的人们得知皇帝来了，从四面八方聚集到拿破仑的住处，高呼"皇帝万岁！"这时有人向拿破仑建议，不要坐巡洋舰，而是坐上一只小船秘密地开出海去，可拿破仑不希望那样做。７月８日，拿破仑登上一艘巡洋舰，来到罗什福尔城西北的一个叫埃克斯的大岛上。岛上的人们立刻认出了他，水兵、士兵、渔夫、居民从不同方向涌向巡洋舰，希望能看一眼皇帝。守卫该岛的士兵还要求皇帝去检阅他们的部队，拿破仑答应了他们的要求，并观看了他们从前根据自己的命令在岛上修筑的工事。皇帝的到来使该岛士兵狂欢不已。
当拿破仑回到巡洋舰时，巴黎发来了命令，告诫他只有当邻近海面上没有英国舰队时才能出海。但是，英国人已作好了战斗准备，时刻巡逻在海港的出口。拿破仑立即作出决定，派身边的萨瓦里公爵和拉斯加斯伯爵前去会见英国舰队的梅特兰舰长，探询梅特兰舰长是否准许他去美洲的两艘巡洋舰通过。梅特兰舰长在"别列洛风"号上接见了拿破仑的使者，他极有礼貌地坚决地拒绝了拿破仑的建议。他说：“有什么保证可以说，拿破仑皇帝现在到美洲去，而不会重新回来，又使英国和整个欧洲遭受新的流血牺牲和物质损失呢？”萨瓦里公爵回答说：“１８１４年第一次退位和现在的第二次退位有很大的不同，现在他是完全自愿地退位的，虽然在滑铁卢之战后他还能当皇帝和继续作战。皇帝坚决永远退隐去过私人的生活。""如果是这样的话，那么为什么皇帝不去英国，不把英国当做自己的藏身之所呢？"梅特兰反驳说。
巡洋舰上的法国官兵得知自己的皇帝有可能落入英国人之手，义愤填膺，"美杜莎"号上的舰长波内对蒙托隆将军说：“我刚刚同我的军官们和全体船员商量过，决定在夜晚用美杜莎号去攻击英舰别列洛风号，缠住英国舰队，沙阿列号载着皇帝可趁机冲入大洋。"蒙托隆将军将波内舰长的计划告诉了拿破仑，拿破仑不同意。他说他现在已经不是皇帝，为了拯救个别人而牺牲法国巡洋舰及舰上全体人员是绝对不行的。他已经决定了自己的命运，准备去英国度过余生。
７月１４日，拿破仑向英国摄政王发出函件：“尊贵的殿下：由于受到了分裂我的国家的派系和欧洲列强的敌意的糟害，我已经结束了我的政治生涯；我现在像泰米斯托克尔所①曾做过的那样，要求英国人民炉边的一席之地。我把自己置于英国法律的保护之下——我要求殿下，要求我的最坚强、最难对付，也是最宽宏大量的敌人的保护。”
------------------------------①泰米斯托克尔：古希腊雅典统帅，他曾在战败后到雅典的敌人波斯国王那里寻找栖身之所。
７月１５日，拿破仑登上一只小船，朝英舰"别列洛风"号开去。他身穿他始终喜爱的近卫轻骑兵制服，头戴三角帽，在水手们一片"皇帝万岁"的高呼中，靠近了"别列洛风"号。梅特兰舰长在舷梯下迎接着拿破仑，并向他低头鞠躬。拿破仑登上了船，以坚定的声调对梅特兰舰长说：“我是来把自己置身于贵国君主和法律的保护之下。"随即便走进了梅特兰为他准备的最好的房间。别列洛风直兴致很好，他似乎并不为自己目前的处境而感到特别难过。
２４日，"别列洛风"号驶入托尔贝。２６日又奉命绕行普利茅斯海峡。拿破仑到来的消息一传出，"别列洛风"号立刻被大批小艇所包围，小艇上挤满了按捺不住好奇心的人群。拿破仑在甲板上露面了，群众对他欢呼，他微笑躬身作答。
７月３１日，英国政府将最后决定通知了他：他不得在英国登岸，而要立即转往圣赫勒拿岛。除了将军的身份之外，不承认他有其他称号。拿破仑平静地倾听着来函的宣读，没有一点不耐烦和吃惊的表现。当问他有什么话要说时，他以非常安详的态度与和善的面容开始宣告，他严正抗议刚才宣读的命令，拒绝被当作俘虏送往圣赫勒拿岛。他坚持自己有权被当作一位主权君主，而不只是一位将军。
然而，一位末路英雄无论如何抗议，也无济于事。最后，他只有默默接受英国人给他的安排。这位倒台的皇帝获准任选４名军官以及１２名仆人一同前往圣赫勒拿岛，他挑选了贝特朗、蒙托隆、拉斯加斯三伯爵以及古尔戈将军随行。８月７日，拿破仑从"别列洛风"号上转移到巡洋舰"诺森伯伦"号上，开始了流放航程。
流放岁月１８１５年８月８日，旭日东升，英吉利海峡上刮起了强劲的海风。悬挂着英国皇家海军白色旗的"诺森伯伦"号旗舰，在低垂的苍穹下，扬起风帆，破浪前进。从皇帝到俘虏，拿破仑已默默地屈从了他的命运，他再也不想制定什么东山再起的计
划。可饱食终日、无所事事的日子却让他难以忍受，尤其是大海上单调枯燥的航程更让他心烦气躁，他不时地埋怨道：“我生来就是为工作的。无所事事是对我最残酷的刑罚。”８月２７日，拿破仑对身边的人滔滔不绝地谈起布里埃纳之战和法国大革命，这时他萌发出撰写回忆录的念头。从此以后，人们每天都看到博学多才的拉斯加斯伯爵胳膊下面挟着一叠稿纸朝拿破仑的舱房走去，拿破仑口述着那个辉煌时代所发生的每一件事。由于工作，海上的日子变得轻松愉快起来。
经过６７天的海上航行，１８１５年１０月１５日，圣赫勒拿岛的最高山峰终于从云缝里露了出来。随后，一座戒备森严、带有雉堞的堡垒涌出海面，它险峻陡峭，巍峨高耸，了望塔和城墙插向大海。拿破仑用望远镜仔细观察了这个令人生畏的海岛，然后说道：“这不是什么好地方。当初，我留在埃及就好了，现在已是整个东方的皇帝了。”
圣赫勒拿岛是南大西洋中一个十分荒凉的孤岛，该岛在１７世纪后半期归属英国，是英国西印度公司往来于英国和印度之间的船只停泊港。它离最近的海岸（非洲海岸）大约２０００公里，再加上岛上阴森森的悬崖峭壁和堆起的火山岩，这似乎成了拿破仑的天然监牢，欧洲列强再也不用担心拿破仑会逃离圣赫勒拿岛，重现"百日政权"那一幕。
因为岛上还没有一座像样的建筑可以接待这样一位特殊的俘虏，拿破仑上岸后，暂时寄居在英国商人巴尔科姆家中。两个月后，他搬进了经过扩建的朗伍德别墅。为了杜绝拿破仑逃跑的任何一个微小的机会，英国人采取了森严的警戒办法。他们在朗伍德的四周划出了一块周长约１２英里的地方，拿破仑可以在此范围内自由运动，无须任何陪伴。在此界外，则布置了一连串的哨兵，除非有一名英国军官陪同，否则拿破仑不得自由出入。在房屋的进门处也布置了岗哨，巡逻兵来回不断。晚上９点以后，拿破仑不得擅离房屋，不凭口令任何人不得随便进出。岛上每个登陆地点，甚至类似登陆地点都设有哨兵，连通向海面的每条羊肠小道上都布置了岗哨。在海岛附近的海域，有两艘英国战舰不断巡游。外国船只不准在海岛附近停泊，如果有船只因重大灾难而不得不在此停泊时，那也不准任何人上岸，英国战舰将派一名军官和一队人马上船，严密监视着船上人的一举一动，防止他们与岛上有联系。岛上的每一艘渔船都编了号，每晚日落时在一名海军少校监督下抛锚停泊。日落后，任何船只不准下海，只有英舰上放下的巡逻艇整夜在岛旁巡游。值日军官必须在２４小时内两次查明拿破仑的实际所在。另外，英国总督还与岛上居民约法三章：“居民们应提高警惕，提防企图帮助或鼓动波拿巴及其随从潜逃的阴谋诡计；未经总督或海军少将许可，不得同将军及这些人接触或通信，违者将被驱逐出境，并视其罪行判处劳役。”
一个习惯于指挥千军万马驰骋疆场的人，突然间被囚禁在这个远离大陆和世人的荒岛上，在英国总督吹毛求疵的监督下生活，其精神上的折磨和痛苦可想而知。拿破仑不甘心顺从英国人加给他的种种限制，更不愿忍受孤独寂寞、无所事事的囚徒生活，他经常歇斯底里地大叫：“海岛阴森恐怖，令人毛骨悚然，我们像被关在监狱里。我们应当大声疾呼，进行控诉。"从１８１５年到１８２１年间，他多次向英国政府提出抗议，但英国内阁佯作不知，避免答复。
这位天才的活动家身陷囹圄，毫无作为，他只有在这被人遗忘的海岛上默默等死。为了打发孤寂无聊的时光，他和小女孩一起做游戏，和园丁们一起修剪花木；他大量地读书、骑马，与人交谈，口述自己的历史。他的才智在衰退，意志在消沉，精神受到压抑。心理上的毁灭加上胃部的病变使他的健康每况愈下。１８２０年末，他的病情加剧，精神越来越差。
他往往几个小时沉默不语，忍受着来自胃部的剧烈疼痛。１８２１年１月，他试图用体操来制服疾病，可他发现自己力不从心，体力在迅速下降。３月，病痛发作越来越频繁，发烧、呕吐、胃部及肩部疼痛使他苦不堪言。他开始意识到自己活不多久了，他对身边的人说：
“在过去的那些日子里，我是拿破仑。但是，现在我一无所有，我的体力、我的智力都离开了我。我不能再活下去了。"他拒绝服用英国医生给他开的药，他大叫着：“我不吃药，既然英国要我的尸体，我不愿让它久等，我现在用不着毒药就可以死去。”
４月１３日，拿破仑开始口述他的遗嘱。尽管病痛在不断地折磨着他，他还是对遗嘱字斟句酌，反复推敲。他认为君主的遗嘱首先应是一份政治文件。这份遗嘱中有评论、有解释，还有谴责。他在遗嘱中写道：
“５０多年前，我生于罗马教会的怀抱，死也属于这个教会。我希望将我的遗体安葬在塞纳河畔，在我如此热爱的法兰西人民中间安息。
“我对于我最亲爱的妻子玛丽亚·路易莎是感到满意的，直到临终时刻，都对她怀有最深厚的感情。我请她悉心保护我的儿子，他从孩提时代起，身边就布满了陷阱。
“我嘱咐我的儿子，千万不要忘记，他生为法兰西皇太子，决不能成为压迫欧洲人民的执政者手中的工具，也永远不要以任何方式对抗和损害法兰西。他应当牢记我的座有铭：一切为了法国人民。
“我因遭受英国寡头政治及其雇佣的刽子手谋害而过早地死去，法国人民迟早会为我报仇。
“我之所以会失败，乃是由于我的部属马尔蒙、塔列兰等背叛所致。但我决意宽恕他们，愿法兰西的后代子孙也同我一样宽恕他们。……”
４月１４日和１５日，拿破仑继续口述着遗嘱，他决定将他的两亿法郎财产分成两半，一半留给从１７９２年到１８１５年间曾在他旗帜下战斗过的军官，另一半则捐给１８１４年和１８１５年遭受入侵的法国各省市。”
４月１６日，拿破仑勉强迫床执笔，将这份遗嘱抄写了一遍。
５月４日夜是拿破仑临终前的最后一夜。他不停地呻吟，直打呵欠，显得异常痛苦。他喃喃自语：“谁在后退……军队首领……冲锋……"这天夜里，岛上掀起了最猛烈的风暴，狂风拔起了大树，刮走了小屋，震动了朗伍德别墅。第二天，当晨光照亮了狭小的房间时，风暴平息了，拿破仑已僵硬得如同一座横卧的雕像，眼角边还挂着一颗泪珠。不过，医生还可摸到他那一息尚存的脉搏。下午５点５０分，一声炮响划破长空，太阳落山了，拿破仑也停止了呼吸。
哭泣着的仆人马尔尚把一件拿破仑曾在马伦哥战役中穿的大氅盖在他的身上。然后，总督和军官们走了进来，向死者低头致哀。
４天以后，岛上的人为这位征服者举行了葬礼。在礼炮的轰鸣声中，棺木徐徐下葬在圣赫勒拿岛上的托贝特山泉旁。在这幽静的峡谷深外，几棵垂柳掩映着一淙流水，秋海棠、海芋和美人蕉竞相开放。拿破仑，这位一度叱咤风云、有功也有过的盖世英雄，便长眠在这些绿叶鲜花之下。
１９年后，法国旗月王朝的路易·菲力气派军舰到圣赫勒拿岛接回了拿破仑的遗骨。１８４０年１２月１５日，巴黎人民满腔热情地举行了隆重的接灵仪式。数不尽的人群冒着严寒、迎着风雪，护送着灵柩前往塞纳河畔的荣军院。从此，拿破仑的遗愿得到了实现，他以一个老兵的身份安息在塞纳河畔，安息在他热爱的法国人民中间。