征服伊比利亚半岛战争１８０７年提尔西特和约的签订使拿破仑上升到欧洲大陆独裁者的地位。现在，处于权力巅峰的拿破仑越来越明显地对个人专制和贵族制度深感兴趣。１８０７年８月１９日，他取消了保民院，罪名是保民院中有一种扰乱法国不安定的民主精神。拿破仑有权任命人数不超过８０名的新元老，元老院完全控制在他的手中。立法院几乎完全不开会了。他还撤销了外交大臣塔列兰的职务，表面是责备塔列兰贪财纳贿，而实际上是不能原谅他对自己表示过异议。塔列兰曾在１８０５年１０月擅自建议宽待奥地利；弗里德兰战役之后，他在向拿破仑祝贺胜利时说：他深信这将是最后的胜利。拿破仑不能容忍这样一个富有独立性的部属，于是，外交部长便换成了唯命是从的康配尼。当然，拿破仑在许多重大问题上还得要请教前任外交大臣。
与此同时，拿破仑还规定了帝国的贵族制度。享有贵族权利的是他的各级文武官员。拿破仑慷慨地把宫殿、巨额年金和奖赏赐给他的元帅和高级官员，贵族长子继承制也恢复了。
这些新显贵们逐渐腐化堕落，无止境地追求起奢侈浮华的宫廷生活来。
沉醉在巨大成功之中的拿破仑，把一切都不放在眼里，他深信自己在战略和谋略方面都是无懈可击的，他是欧洲最伟大的军人，他的大军团也是所向无敌的，任何高明的外交家都不够资格同他斗智。他觉得世界就像一副钢琴的键盘，他可以在上面随心所欲地弹奏狂想曲。他虽已成为欧洲大陆的独裁者，但这还远远不能满足他的狂妄野心，他要成为全欧洲的主宰。现在剩下的唯一敌人就是英国。
自从法国舰队在特拉法加海战中全军覆灭之后，拿破仑制服英国的唯一希望就是依靠大陆封锁，从经济上窒息英国。然而，有个地方让他放心不下，那就是伊比利亚半岛。伊比利亚半岛有漫长的海岸线，英国舰队完全控制了比斯开湾，控制了整个大西洋和地中海。而且，岛上的西班牙虽然是法国的同盟国，但貌合神离，尤其在特拉法加海战后更是如此。岛上的葡萄牙人除了少数亲法派外，大多数都是站在英国一边。因此，在没有占领伊比利亚半岛前，要想岛上的国家严格执行这个使本国经济遭受严重损害的大陆封锁政策，简直是不可能的。他们虽然不容抗辩地接受了拿破仑的"大陆封锁法令"，但暗地里却对走私采取了默许和宽容的态度，有时甚至明目张胆地违抗拿破仑的敕令。为了将英国完全封锁死，提尔西特和约签订三个星期后，拿破仑就决心征服伊比利亚半岛。作为征服的第一步，他命令普军政部长在西班牙边界巴荣纳组成一个２万人和４０门野炮的军团。
１８０７年秋天，巴黎宫廷沉溺在奢华的生活中。杜伊勒里宫、枫丹白露宫、马尔梅松堡都装饰得如同童话里的仙境。人们挥金如土，天天相互比赛着舞会和宴会上的阔气。一对对衣着华丽、浑身珠光宝气的男男女女在灯红酒绿之中，逍遥自在地跳着舞。可就在这欢乐声达不到的幽静的内宫深处，他们的君主经常站在桌边，俯身查看伊比利亚半岛的地图。又一个征服计划在他心中形成。
这时，拿破仑心里很清楚，把战争扩展到伊比利亚半岛，犯了兵家之大忌——两面作战，因为有迹象表明奥地利正梦想报复两年前的战败之耻。为了避免这种危险，１８０７年８月１２日，拿破仑命新任外长康配尼给奥国驻巴黎大使梅特涅写了一封措辞慎重的信函，对奥国准备战争的行动发出警告。他相信自己强大的实力足以镇住奥国。拿破仑的自信使他犯了一生事业中第一个重大政治战略的错误。
拿破仑的宫廷开始出现了意见分歧。正在享受着和平快乐的人们已不愿再去作战，帝国宰相康巴塞雷斯鼓起勇气，用最尊敬的言辞反对拿破仑的决定。拿破仑的许多战友同样也不愿抛弃豪华的贵族生活，他们不仅反对再发动战争，而且还为拿破仑拥有如此巨大的领土而担心，因为类似的世界王国没有一个是长寿的。他们认为在奥斯特里茨战役之后就应该停止战斗了，那时的法国就已达到了空前强大的地步。然而，身处荣誉之巅的拿破仑已听不进去这些意见，依然我行我素。拿破仑决定先解决葡萄牙，再征服西班牙。为了使征服计划得以顺利进行，拿破仑不惜采用政治欺诈手段。拿破仑开始同西班牙首相戈多伊谈判。戈多伊既是西班牙国王的宠臣，又是王后的情人，他在１７９２—１８０２年间成为西班牙的实际统治者。谈判的结果是法军取得了通过西班牙领土的权力，其条件是与西班牙共同瓜分葡萄牙，其中一部分作为对戈多伊个人的酬劳。９月８日，拿破仑写信给盟友西班牙国王说：“我们必须使葡萄牙脱离英国的势力范围，并迫使该国求和。”同一天，他又写信给葡萄牙的摄政王，警告他要明了同英国结盟的后果。
这时，英国舰队炮轰了哥本哈根，因为有消息说，丹麦将参加大陆封锁。拿破仑闻讯后大发雷霆，他决定立即采取行动。１０月，他命令朱诺将军率２７０００人向葡萄牙挺进。
１０月１２日，他写信给西班牙国王说：“过去１６年来，葡萄牙的行为完全是一个无耻的英国附庸，里斯本港口对于他们而言，也就变成了一个取之不尽的宝库。……封锁里斯本和阿波托两个港口正是时候。我预计朱诺将军的军队在１１月１日可抵达布尔戈斯，以与陛下的兵力会合，那时我们就能用武力占领里斯本和整个葡萄牙。以后我与陛下会合商讨该国的处置，但无论如何宗主权一定是属于你的。”
１０月２２日，拿破仑正式向葡萄牙宣战。２７日，他与西班牙国王签订和约，瓜分葡萄牙的领土和殖民地。其实，这只是一个谎言，西班牙在拿破仑的心目中早已是判了死刑的了。
朱诺的军队经过西班牙的领土直趋葡萄牙，葡萄牙的摄政王惊慌失措，急忙请求英国保护。在葡萄牙看来，拿破仑固然可怕，但英国人更可怕，英国能够很容易地从海上毁灭里斯本，就像毁灭哥本哈根一样。法军经过６个多星期的长途行军，于１１月２９日流入里斯本，葡萄牙王室则于两天前坐上英国军舰逃出了首都。
拿破仑轻而易举地占领了葡萄牙，下一个该轮到西班牙了。拿破仑毫不犹豫地撕毁了与西班牙国王签订的和约，他要把西班牙并入自己的帝国，并立自己家族中的一人为国王，而此时西班牙国内的混乱状况正好让拿破仑有了可乘之机。
西班牙国王查理四世是个意志薄弱的昏君，他完全受王后及宠信戈多伊的控制。戈多伊凭着国王与王后赋予他的无限权力，在国内为非作歹，无恶不作。一时间西班牙经济衰退，政局动荡不安，人民纷纷起来反对戈多伊。王位继承人斐迪南在人民的支持下，公然与戈多伊为敌。然而，斐迪南势单力薄，不足以推翻戈多伊的统治，于是，谋士们给他出了一个主意，让他去向拿破仑的一位亲祈求婚。他们以为与强大的法国皇帝联姻，既能得到巨大的支持进行改革，推翻戈多伊的统治，又能保持国家的独立，并且在对外政策的一切问题上有恃无恐。斐迪南正式向拿破仑的侄女求婚，但遭到拿破仑的拒绝。与此同时，查理四世也写信向拿破仑求援，他认为王子反对戈多伊的企图是想废黜自己。父子俩都希望拿破仑支持自己来对付对方。可是，拿破仑此时想的是把他们父子二人都除掉，将自己的兄弟扶上西班牙王位。
１１月的第一个星期中，拿破仑命令在巴荣纳再成立一支新军，兵力为３万人，由杜邦将军指挥。这支部队以支援朱诺部队为借口进入西班牙。接着，蒙塞元帅的第二军也进入西班牙。１８０８年２月，迪埃梅斯指挥的一个军进入西班牙，并占领了卡塔卢尼亚。不久，缪拉元帅以皇帝副帅的身份指挥西班牙境内的全部法军。３月９日，拿破仑命令外交大臣康配尼转告西班牙政府说，法军５万人将进入马德里，其目的不过是假道卡地兹去围攻直布罗陀。３月２４日，缪拉率领蒙塞、杜邦两军进入马德里，拿破仑则在巴荣纳亲自指挥这次军事行动。这时，拿破仑在西班牙的军队已达１１万人。
查理四世、王后及戈多伊早已被拿破仑气势汹汹的部队吓坏了，他们决定逃出首都。可在阿兰瑞兹一地，他们被愤怒的人民拦住了，戈多伊挨了一顿痛打，被关进了监狱。国王为了保全性命，被迫宣布让位给斐迪南。６天之后，缪拉率军进入了西班牙首都。
这时，查理四世又后悔让位斐迪南，他宣布退位是违反自己意志的。于是，拿破仑以调停父子矛盾为名邀请西班牙波旁王朝全体家族到巴荣纳。１８０８年４月３０日，查理四世、王后、斐迪南、戈多伊以及王室所有亲王都到了巴荣纳。父子俩一见面就激烈争吵，甚至大打出手。正当波旁家族全体成员准备听候拿破仑的裁决时，拿破仑突然宣布：查理四世和斐迪南二人都必须放弃王位。众人还没缓过神来，他又宣布：为了他们个人的幸福和安宁，他已经决定不放他们回西班牙了。结果，西班牙国王和王后被送到枫丹白露，斐迪南和其他亲王被送到瓦朗斯塔列朗公爵的城堡。５月１０日，拿破仑任命自己的哥哥约瑟夫为西班牙国王，缪拉接替约瑟夫为那不勒斯国王。
拿破仑现在非常得意。西班牙波旁王族如此天真，自投罗网，以致他不费一枪一弹便得到了伊比利亚半岛。一切进行得太顺利了。正当拿破仑为自己的胜利自鸣得意时，一场风起云涌的反抗法国侵略者的人民武装斗争迅猛掀起。５月２日，马德里人民举行起义。尽管起义被镇压下去，但起义的火种已遍撒全国。人们到处袭杀法军士兵，凡涉及拿破仑和戈多伊同党嫌疑的人都被诛杀。在加的斯、塞维尔、卡塔里纳，尤其是在巴仑西亚，街道全被鲜血染得通红。
拿破仑并不把人民起义放在眼里，因为展现在他面前的是用砍刀武装起来的阿斯图里亚斯的农民；是身穿破烂衣服、手拿生锈猎枪的摩林纳山上的牧人；是手拿铁棍和长剑的卡塔洛尼亚的手工业工人。拿破仑轻蔑地称他们为"流氓"。他是欧洲的主宰，他把拥有炮队、骑兵、皇帝和元帅的俄国、奥国和普鲁士的军队打得大败而逃，他的一句话能使所有王国的国境线全在地图上摇晃起来，难道他还怕这些"流氓"吗？这时的拿破仑万万没有想到，正是这些"流氓"，最先挖掘他的大帝国的坟墓。
拿破仑仍然若无其事地行事，他相信驻在西班牙的１０万大军一定会迅速扑灭各地的反抗烈火。马德里恢复平静后，他下令召集卡斯提尔议会，吩咐议会选举一位新的君主。不言而喻，选出的新君主正是约瑟夫·波拿巴。然后，９３名西班牙知名人士在巴荣纳拜见了拿破仑，宣誓效忠于他和一部新宪法。
西班牙人民的反法斗争尽管遭到法军的残酷镇压，但只要一息尚存，他们就要与法军拚到底。法军几乎每天都受到西班牙人的疯狂报复。一次，法军进入一个村庄寻找食物，在一位年轻妇女的家里找出了一些食品，饥饿难忍的士兵很想将这些食品立即吞下，可又怕食品里被人下了毒。于是，法军指挥官命这位年轻妇女先吃一些，她毫不犹豫地吃了。法军还不放心，又命她将这些食品喂她的孩子，她立即照办了。士兵们开始狼吞虎咽地吃下这些食物。没过多久，那位年轻妇女、孩子和进食的士兵全都痛苦地死去。
西班牙强烈的爱国情绪受到了海岸上英军将领的鼓励，他们不待本国的训令，就公然支持西班牙群众的壮举。７月４日，英王就此事向国会致词说：“西班牙民族这样崇高地同法国的篡夺和暴政搏斗，再不能看作是大不列颠的敌人，我承认它是一位天然的朋友和盟国。”
于是，西班牙战俘被释放出来，并发给他们衣服和装备，送他们回国。英国还与伊比利亚半岛上的两王国正式签订了攻守同盟条约，武器和金钱源源不断地运往西班牙和葡萄牙。
面对如火如荼的西班牙抵抗运动，法军陷入了困境。迪埃梅斯军被卡塔洛尼亚山民围困在巴塞罗那无法出战；蒙塞军被巴仑西亚的居民打得直往后退；杜邦军则损失更为严重，他们在拜兰受到卡斯塔尼奥斯将军领导的一支西班牙军的猛袭，几经激战，法军伤亡惨重，杜邦只好率军投降。西班牙最富庶的部分从法军手里解放出来了，卡斯塔尼奥斯的轻装部队继续推进，势如破竹，所向披靡。不及１０天，新国王约瑟夫就在马德里坐不住了，他收拾起行装，向北逃到了维多利亚。
法军战无不胜的神话被打破了，拿破仑大为震怒，他要把杜邦交付军事法庭受审。在他看来，一切不道德事情中最不道德的就是去做不能胜任的事，如果一位没有才干的将军去担任军事指挥，那么，这种不道德的行为就已变成滔天罪行了。必须要让杜邦受到惩罚。
１８０８年８月８日，阿瑟·韦尔斯利爵士率领一支１万人的英国部队在蒙德戈湾登陆成功。接着，立即向里斯本进军。１７日，在罗里萨附近与法军遭遇。经过一阵刺刀肉搏之后，法军被迫退却。不久，朱诺率领
４４０００名军队向英军发起攻势，双方展开了一场血战。结果，朱诺损失了１３门炮和２０００多人，被迫撤往里斯本。正当阿瑟·韦尔斯利准备乘胜猛追法军时，英国政府突然派休·达尔林普斯爵士代替他的司令职位。休·达尔林普斯没有对法军进行追击。几天后，朱诺派克勒曼前去请求休战，他提出只要英军把他的士兵及随身武器运到罗什福尔和洛里昂之间的任何法国口岸，并允许他们带走个人财物，则法军愿意交出弹药、粮秣和战舰。尽管这时约翰·穆尔爵士又率领１万名英军前来海岸附近增援，但休·达尔林普斯还是同意了朱诺的要求。８月３０日，双方签订协定，法军按规定方式全部撤出葡萄牙。这样，葡萄牙从法军的统治下解放出来了，英军在伊比利亚半岛获得了永久的立足点。
这时，拿破仑不断地收到有关奥国在秘密重整军备的报告，再加上法军在伊比利亚半岛上的军事失利，他开始意识到处境的危险。为了不使法军陷入两面作战的困境，拿破仑觉得有必要利用一下新结交的盟友俄皇亚历山大。他邀请俄皇前来爱尔福特会晤。
两国皇帝的会晤在德意志引起极大的反响，各王公纷纷前往爱尔福特参加盛会，车驾为之塞途。９月２７日，拿破仑到达会晤地点，亚历山大却还没到，拿破仑立即亲自前去迎接。两人一见面就热烈拥抱，当众接吻。此后两周之内，这种动作不断重复。两人天天一起去阅兵、出席宴会和舞会、打猎、骑马蹓跶，相互表达着最诚挚的"友谊"和最深切的“信任”
。巴黎喜剧院的演员为两国皇帝和王公贵族上演了高乃依、拉辛和伏尔泰的名剧。当伏尔泰的《奥狄浦斯》一剧念出了一句台词：“和大人物结交，真是上帝恩赐的幸福"时，亚历山大握住拿破仑的手说：“我在此每天都深深感到这一点。"拿破仑则以同样的语言向亚历山大大献殷勤。两国皇帝都在极力表现出他们的亲密无间，其目的就是要演给第三者看。对拿破仑来说，观众就是奥地利，对亚历山大来说，观众则是土耳其，如果奥地利和土耳其没有看到他们的亲吻和拥抱，这些亲吻和拥抱就会失去其愉快的感觉。
然而，两国君主心里十分清楚：自己需要对方，但不能相信对方。特别是亚历山大已明显看出，拿破仑只是以答应给他"东方"、自己要"西方"的诺言来诱惑他，拿破仑根本不会让他占领君士坦丁堡，甚至拿破仑宁愿让摩尔达维亚和瓦拉希亚留在土耳仆人手中。所以，当拿破仑提出让亚历山大在奥国开始军事行动前积极反对奥国时，亚历山大却不想去履行这一义务。这时，法国前外长塔列兰在爱尔福特出卖了拿破仑。他与亚历山大暗中勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权，他提醒亚历山大注意：俄国支持拿破仑反对奥地利并帮助他扩张势力，毫无利益可图。俄国应遏制拿破仑，这样对法国对欧洲都有好处。他说：“俄国的君主是文明的，而俄国的人民不文明。法国的君主不文明，而法国人民是文明的。必须使俄国的君主与法国的人民结成联盟。"他一再对亚历山大说：“您应该拯救法国。"在塔列兰的怂恿和规劝下，亚历山大最终没有在拿破仑所要求的对奥作战的条款上签字。
１０月１４日，爱尔福特会晤结束。拿破仑没有取得预期的成功，闷闷不乐地回国了。
现在同盟在形式上依然有效，但不能再指望它了，拿破仑相信奥国及其他附庸国在他们热烈拥抱和亲吻的背后已看出了这个同盟的脆弱性。他必须尽快地解决西班牙问题，并在第二年春天把帝国大军开赴易北河前线。
拿破仑决定亲自率领一支足以扫平整个伊比利亚半岛的大军翻越比利牛斯山脉。在此之前，拿破仑禁止法国报刊上披露在西班牙所发生的一切，现在形势迫使他打破这种高傲的沉默。他宣布：西班牙的农民对他的王国造反，一个军团由于叛变而被消灭，另一个军团为英军所骗撤出葡萄牙，他必须再征召两批各为８万人的新兵。他想把２０万久经沙场考验的老兵部队从德意志和意大利方面抽调出来增援西班牙，而以新兵补充德意志和意大利的各个军营。
１０月２６日，拿破仑离开巴黎。１１月３日，抵达巴荣纳。８日，到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。
这时，西班牙人的部队状况给拿破仑的反攻提供了良好机会。西班牙各种正规的和非正规的部队已达到１１．５万人，但其装备恶劣，纪律欠佳。他们的兵力分成五、六个独立单位，没有任何集中的指挥或参谋机构。各地方指挥官彼此妒嫉，难以合作。拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的"流氓"部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保普通过维托里亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克托、苏尔特、勒菲弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙人全部赶出去。这三军果然不负拿破仑的重望，一路上如秋风卷残叶般地横扫过去，西班牙军纷纷溃退。１２月４日，法国终于攻下了马德里。
与此同时，约翰·穆尔爵士率领３万英军进入西班牙。１２月１０日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法国交通线。当时苏尔特只有１８０００人，数量上处于劣势。１２月２１日，两国旗兵相遇，法国旗兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。原来，法军重新成为马德里的主人之后，拿破仑决定乘胜进至塔古斯河谷，把英国人赶出葡萄牙。就在这时，英军已进入了西班牙，拿破仑立即改变计划，向西北进军，准备把英国人赶入海中。他留下约瑟夫国王和第一、第四两军驻守塔古斯河谷，自己于１２月２２日，以内伊为前卫，率军４２０００人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。在法军攻击下，英军加快撤退速度。１８０９年１月３日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：奥地利将在春天发动进攻。没有拿破仑的亲自指挥，战果逊色不少。苏尔特在追击英军的过程中，虽使穆尔身负重伤，但未能阻止其主力部队登船撤走。而且，英军不久又重新出现在葡萄牙。
此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。１８０９年１月２７日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了３个星期，法军士兵不分青红皂白屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了２万名守卫部队和３万多名城市居民。拉纳元帅是位骁勇的骑兵，他曾参加过拿破仑指挥的所有激烈的战斗，在他的头脑中几乎没有"恐惧"二字，然而，他却被眼前可怕的情景震动了，无数具男人、女人和儿童的尸体并排躺在血流成河的街道上，整个城市死一般的寂静。拉纳不无感慨地对身边的人说：“这是怎样的一场战争啊！我们被迫要杀死这样勇敢的人们，即使他们是疯狂的人们，这场胜利也只能使人感到忧伤！”
西班牙的战争远未结束，反法烈火在１８０９年春仍在熊熊燃烧。英勇无畏的西班牙人民拖住了拿破仑３０万精锐部队，拿破仑从此不得不承受由于自己的野心所造成的沉重负担。
第四次对奥战争奥地利于１８０５年奥斯特里茨战败后，一心不忘复仇雪耻。维也纳宫廷任命查理大公为陆军部长，全面进行军事改革。经过一段时间，奥地利已编成４万常备军，２４万预备军，后来又编成３４万新军。军事力量已逐渐恢复的奥地利见拿破仑忙于西班牙的战争，便蠢蠢欲动。可懦弱的弗兰西斯皇帝虽受主战派的极力怂恿，还是不敢跨出开战的第一步。最后，在英国的公开要求下和俄国的暗示中，奥皇毅然决然地宣战了。不过，首先不是向法国宣战，而是向其盟国莱茵同盟宣战。１８０９年４月９日，担任奥地利部队总司令的查理大公向巴伐利亚法军总司令致送照会如下：
“我遵照奥地利皇帝陛下向拿破仑皇帝发表的宣言，特此通知法军总司令：我奉命率领部队前进，凡是同我敌对的人都以敌人对待。”
信使将这份照会的抄件飞速送往斯特拉斯堡，再从该地以快讯传往巴黎。４月１１日，拿破仑在圣克鲁接到这个消息。对此消息，拿破仑感到意外，但不惊慌。两个小时之后，他就登程去了德意志。战争的紧迫性再次激发了他的活动能力，１５日，他就率军越过了莱茵河。１７日，他在多瑙沃耳特设立大本营，并向该地士兵发表了一篇简短有力的宣言，他说：
“士兵们！莱茵同盟的领土已遭到侵犯，奥地利将军希望我们看到他们的部队就逃跑，把我们的盟国丢失给他们，可我却像闪电般地到来了。
“士兵们！当奥地利君主上次来到摩拉维亚营地的时候，我就在你们的环绕之下，你们都曾听到这位君主哀求我宽大为怀，并且向我发誓要同我建立永恒的友谊。作为三次战争的胜利者，我们给予奥地利宽大之恩，可它三次违背了誓约！我们过去的成就是我们现在期待的胜利的可靠保证。
“因此，让我们勇敢直前，让敌人一看到我们就承认我们是他们的胜利者！”
拿破仑从未经历过如此危险的军事情况：他的３０万精锐部队被牵制在西班牙战场上，他不得不提前在法国征召新兵，同时又从德意志各国强迫征兵１０万，来补充他的军队，普军队质量因此而下降。而奥地利则集结了自己的全部力量，他们同心同德，立志要把拿破仑打垮。不过，拿破仑仍对胜利充满信心，他在出征前这样说：“两个月以后我要让奥地利放下武器，那时如果需要的话，我将重新完成在西班牙的旅行。”这又是一次拿破仑发挥普军事才能的好机会，他所喜爱的诗人奥西安喜欢向暴风雨的呼啸声拨弄竖琴，拿破仑也同样需要政治风暴和敌对因素来表现他的非凡才能。
法奥的第一次大战是在巴伐利亚的阿本斯贝格进行的，奥军被击退，损失１３０００多人。第二次战斗是４月２２日在艾克缪尔发生的，查理大公损失惨重，被迫北退累根斯堡。
法军因受大拉比尔河的限制，未能及时追击。次日，拉纳元帅在完成迂回之后，开始强攻累根斯堡，拿破仑亲临现场指挥。这场战斗进行得异常激烈，拿破仑的脚部被敌军炮弹打伤，他脱下靴子，命人将伤口迅速包扎好，然后又端坐在马上，若无其事地指挥战斗。身边的将领劝他下阵休息，他回答说：“朋友们，难道我不该战斗到底吗？"他严禁任何人谈论他受伤的事情，以免扰乱军心。累根斯堡终于被攻下了，奥军主力撤至多瑙河左岸。拿破仑进入累根斯堡时，忍着剧烈的疼痛，微笑着向那些对他欢呼的士兵还礼。与此同时，法军在泰根、兰次胡特也取得了胜利。五天当中，拿破仑赢得五次血战的胜利。
夺占了累根斯堡之后，法军主力经多瑙河右岸直趋维也纳，只留下达武军监视奥军主力退却。５月８日，拉纳军团首先抵达维也纳近郊，城郊守军不战自降，可城内马克西米利安大公率领的奥军还在负隅顽抗，他们紧闭城门，从城楼上猛烈地向下扫射，法军伤亡惨重。
为了减少伤亡，拿破仑委派拉格拉热上校前去敦促大公投降，不想遭到城中军民的一顿痛打，马克西米利安大公回复说：他誓死保卫维也纳，直到最后一口气。拿破仑忍无可忍，立即下令构筑两组炮台。一小时后，炮弹像雨点似地向维也纳城倾泻而去，维也纳顿时淹没在火海之中。５月１３日，维也纳的大门终于向拿破仑敞开了，市长将维也纳的钥匙恭恭敬敬地呈献给法国皇帝。
奥军虽在几次血战中连连败北，却未受到致命的打击。他们在查理大公的指挥下，有秩序地撤到多瑙河左岸，炸掉了河上所有桥梁，准备与拿破仑作旷日持久的周旋。而拿破仑则想再打一次奥斯特里茨战役，所以，他决心渡过河去，寻求与奥军决战的机会。
拿破仑将渡河地点选在维也纳东南的凯撒埃比尔多夫。此处河床较宽，河中央还有个较大的罗堡岛，岛上树木丛生，可掩护部队渡河。法军用６８条大船和９个大木筏在多瑙河右岸与罗堡岛之间架起一座坚固的浮桥，在罗堡岛至多瑙河左岸的阿斯佩恩和埃斯林之间，则架设了一座比较轻便的舟桥。为了迷惑奥军，拿破仑命达武军团进至维也纳北面的诺斯多夫，佯装架桥渡河。
５月２０日１６时，浮桥架设完毕，法军立即开始渡河。拉纳和马塞纳两军团最先渡过河，并占领了附近的两个村庄阿斯佩恩和埃斯林。夜间，
河水渐涨，再加上浮桥其材不善，法军渡河出现了困难。２１日拂晓，拿破仑与贝尔蒂埃、马塞纳、拉纳等军官一同去阿斯佩恩察看地形，全力组织渡河。但多瑙河仍在涨水，渡河行动只得中止。这时渡过河的部队仅３万人。
此时的奥军正好驻扎在阿斯佩恩和埃斯林两村庄后面的高地上，法军渡河行动简直就是在奥军眼皮底下进行的。查理大公见法军在罗堡岛与左岸之间只架设了一座轻便的舟桥，心中暗自高兴，他认为拿破仑已给自己布下了死亡陷阱。在他看来，庞大的军队从唯一的一座舟桥上越过湍急的大河，各部队只能缓缓地依次行进，一旦军队被迫退却，此桥必不能应急。若是此桥被毁，则法军的退路完全被切断。另外，轻便的舟桥一点也不牢固，步兵过桥尚且小心翼翼，骑兵和炮兵渡河就更加困难。鉴于这种分析，查理大公决定：先不忙于发动攻击，待一半法军渡河以后，再迅速毁掉舟桥，歼灭已经渡河的法军。他下令上游部队准备好装有载重物和引火物的船只，以便在适当的时候破坏桥梁。同时，命令主力注意隐蔽，避免暴露，只以部分骑兵佯作抵抗，并逐渐后退以引诱法军。
２１日中午１２时，查理大公觉得进攻的时机已到，他亲自率领９万余人，分五路向阿斯佩恩和埃斯林进发，企图围歼已渡河的３万法军。一场激战开始了。此时法军正是背水而战，退却已不可能，拿破仑断然下令以寡敌众。经过几番较量，法军旗兵受挫，奥军进一步向河边压来。与此同时，查理大公按其预定计划，利用不断上涨的河水，从上游放下装有重物和纵火物的船只，毁掉了法军与罗堡岛之间的唯一的舟桥，法军退路被完全切断。身处险境的法军毫不畏惧，依然顽强地战斗着。激战持续了一个下午，阿斯佩恩先后易手达七次之多。直到夜幕降临，双方仍未分胜负。
这天夜晚，法军利用夜色的掩护，迅速地修复了舟桥。滞留在罗堡岛上的法军很快地过了河。到天亮时，北岸的法军已增至７万人。拿破仑重新部署军队，准备对奥军发起猛攻。
可部署未完，激战又起，奥军再次猛攻阿斯佩恩和埃斯林。双方短兵相接，用刺刀冲杀，两地处于反复争夺之中。
２２日７时，拿破仑亲临战场观察，发现中央的奥军并未发动攻击，这时又听说达武军已开始渡河，于是，他决定依靠强大的援军摆脱守势，实行中央攻击方案，对敌中央进行歼灭性的打击。他命令拉纳军团向布莱屯里方向进攻。拉纳率步兵２万人、大炮２００门及庞大的骑兵纵队，直扑奥军中央。拉纳军攻势凶猛，步兵随炮火速进，奥军第二、四军团的接合部被突破，形成了一个很大的缺口。法骑兵迅速突入，直驱奥军预备队的阵地。这时，查理大公沉着冷静，挺身危地，稳定士气，他调来预备队的掷弹兵急驱突破口。掷弹兵排成许多方队，以密集炮火射击，压住和杀伤了中央法军。奥军的骑兵也及时赶来，稳定了阵势。
拉纳部队被阻，双方互射。在奥军的炮击下，法军只得仓皇后退。奥军乘胜追击，并集中炮火猛击通往罗堡岛的桥头，成批成批的法军倒毙于桥头。
当奥军步步进逼、法军逐渐后撤时，一名副官心急火燎地前来报告：多瑙河洪水咆哮，奥军放下的树木和装有重物的船只冲毁了罗堡岛与多瑙河右岸的浮桥，后备军的车辆、一部分重骑兵和达武军被阻隔在河对岸无法投入战斗。元帅们听到这一消息后，大惊失色，唯有拿破仑一人不以为然，他毫不起馁，沉着镇定，用自己钢铁般的意志稳定了部队，继续指挥战斗。奥军攻势越来越猛。由于浮桥被毁，法军失去后援，拿破仑不得不下令全军退往罗堡岛。
奥军乘势而进，夺占了阿斯佩恩和埃斯林。奥炮兵利用已占的两个村庄，对罗堡岛与左岸的舟桥交叉射击，法军且战且退，伤亡惨重。拉纳元帅也在退却中受了伤，他的双腿被炮弹打飞，被人用担架抬出战场。担任后卫的马塞纳顽强地阻击着奥军的追击。这位英勇的元帅看见士兵和军官成批地倒在自己的身旁，毫不畏惧，一直率领部队战斗到夜慕四垂，他不时地大声喊道：“只要有一点亮光，我就不愿撤走。否则，这些奥地利无赖傲气大盛。"马塞纳经过坚韧抗击，终于成功地掩护了最后一批法军撤上罗堡岛。
法军被困在罗堡岛，十分危险。如果查理大公乘胜猛攻，定能将法军全部赶下河。但是，查理大公虽是奥地利最杰出的军事指挥官，可他擅长的不是进攻而是防御，他过分拘泥于传统战略，他的目标不是歼灭敌人，而是要攻城略地。更为严重的是他为人优柔寡断，缺乏指挥官所具有的那种钢铁般的意志。虽然他才３８岁，但健康状况不好，而且缺乏热情和主动精神。查理大公这一性格上的弱点，使他在具有火焰般性格的拿破仑面前相形见绌。在战争一开始时，他在巴伐利亚打了几次败仗就惊慌失措，赶紧给拿破仑写求和书。如今取得了第一次胜利之后，又表现出犹豫不决。他没有乘势扩大战果，他对法军仍心存畏惧，企图等待更为有利的时机再战。因此，他没有继续攻击困在岛上的法军，而是按兵不动，与法军隔河对峙。他甚至想象着拿破仑在此败局之下会与奥国谈判，他期待着谈判桌上取得更大胜利。可他万万没想到这正好给具有钢铁般意志的拿破仑以时间，拿破仑乘机整军再战，改变败局。