那伙人在漆黑的海面上四处搜索，终究是徒劳无果。几十分钟后，他们疲惫地返回大船。藏在船上的明智小五郎待他们回来后，悄悄驾着小艇逃离了大船。
事后发现，恶贼的大船——高速汽船——停泊在距岸边五里之处，约莫是东京湾中心一带，而明智委身于一艘小艇，在远方忽明忽灭灯塔光线的指引下，使尽浑身力气，拼命地划着桨。
一波未平，一波又起。原本平静得近乎不寻常的天候，原来是暴风雨的前兆。即使经过相当长一段时日，住在海边的渔民仍会谈起十一月十八日夜里骤然变化的天气，当天夜里失踪的渔船多达三艘。连恶贼的大船都好不容易才躲过这场暴风雨，受尽了颠簸才抵达附近的港口避难。
逃难之际，其中一个恶贼发现系在船尾的小艇不翼而飞，便不住地大声嚷嚷起来。所幸没有人对此存疑，因为暴风吹断缆绳并不是什么罕见的情形。
明智咬紧牙关，在小山般的波峰和波谷的黑水间不停地划着桨。怒号的海风裹挟着狂暴的波涛震得他几乎要聋了，水花如小石块般狠狠击打他的眼眶，咸涩的海浪模糊了他的视线，疼得他睁不开双眼。刺骨的寒冷几乎夺去他所有的知觉，他只能像个机器人，疯狂地、机械地划动船桨。
当然，他已辨不清方向。即使想返回，也离恶贼的大船太远了。
明智恐怕一直都在同一个地点打转吧。小艇停滞不前时，小山高的波峰一浪接一浪，连喘息的机会都没有，排山倒海而来。小艇刚被抛上浪尖，紧接着倒栽葱似的被甩进黑暗的地狱深渊，还没站稳脚跟又冲上浪腰，周围尽是暗流涌动的激流。在这一气呵成的上下左右突进过程中，明智几乎被甩下小艇，他嘴里禁不住发出动物般的号叫。
啊，在深不可测的大自然面前，人类的智力和体能显得那么不堪一击。就连赫赫有名的名侦探明智小五郎，在这惊涛骇浪面前也不过是芸芸众生中微不足道的一员罢了。不，他和在自己脚下呻吟、挣扎在旋涡中的木板一样，被剥夺了选择的权利。
那么，在这番惨烈的殊死搏斗中，明智渡过了仅五里之遥的海域、成功到达彼岸了吗？或者幸运之神再次降临，他侥幸被在东京湾内航行的汽船所救？抑或不幸地……
果不其然，十九日早晨，东京市民接收到一则悲痛万分的讣闻。这一天，各大早报不约而同地刊登了哀悼名侦探的报道。A报刊载如下：
民间侦探第一人
明智小五郎溺水身亡
死于残杀福田氏罪犯的毒手？
尸体漂流到月岛海岸
福田得二郎氏惨死案件发生的第二天，白髯桥下漂来的人头揭开了狱门舟事件的序幕，凶手前所未闻的残虐手段让世人胆寒，紧接着凶手似乎又把毒手伸向大名鼎鼎的民间侦探明智小五郎，用不为人知的残酷手段杀了他。人们议论纷纷，明智侦探自福田氏被残杀的那一天以来行踪就成了谜，警视厅倾尽全力搜索他的下落，没想到昨天的十九日午后四点左右，一具溺水而亡的尸体漂流到月岛海岸，验尸后意外发现死者竟是明智小五郎。明智先前曾受已故福田氏的委托，从休假的S湖畔仓促返回东京，却于途中失踪，有关部门推测明智恐怕已经遭到杀害福田氏凶犯的毒手。现在发现了遗体，因此更加证实了他们的猜测。无论狱门舟还是明智的溺水案件都与水有关，凶贼很有可能以船为根据地，巧妙躲过有关当局的搜查，警方已朝这个方向展开了严密的调查。
（上面的报道之后，也记载了明智小五郎的生平、侦探成绩、好友波越警部的访谈等，此处一概省略。）
读者读完上述的报道，肯定会为这急转直下的剧情大感震惊吧。故事才刚开始，本应是主角的明智小五郎就这么死于非命。这究竟是怎么一回事？各位势必深感纳闷，今后要由谁来与凶贼对抗？不不不，怎么会有这么荒唐的事，明智小五郎不可能这么就丧命了，这名人气正旺的大侦探还不能撒手归西，报纸一定出错了——难免有读者如此怀疑。不必太过焦虑，随着故事的发展读者自然会明白，作者只是按照正在发生的事实陈述而已。
然而，这并非报纸出错。证据就是，后来报纸上不仅没刊载任何更正启事，明智小五郎的遗体甚至被运回老友波越警部的家里，并举办了一场盛大的丧礼。故无人起疑，众人都为名侦探之死大感惋惜。