死的意念包围着他，一天一天地更阴沉起来。他和瓦萨里说：“没有一个思念不在我的心中引起死的感触。”一五五五年六月二十二日书。
死，于他似乎是生命中惟一的幸福：
“当我的过去在我眼前重现的时候——这是我时时刻刻遇到的，——喔，虚伪的世界，我才辨认出人类的谬妄与过错。相信你的谄谀，相信你的虚幻的幸福的人，便是在替他的灵魂准备痛苦与悲哀。经验过的人，很明白你时常许诺你所没有、你永远没有的平和与福利。因此最不幸的人是在尘世羁留最久的人；生命愈短，愈容易回归天国……”诗集卷一百○九第三十二首。
“由长久的岁月才引起我生命的终点，喔，世界，我认识你的欢乐很晚了。你许诺你所没有的平和，你许诺在诞生之前早已死灭的休息……我是由经验知道的，以经验来说话：死紧随着生的人才是惟一为天国所优宠的幸运者。”诗集卷一百○九第三十四首。
他的侄儿利奥那多庆祝他的孩子的诞生，米开朗琪罗严厉地责备他：“这种铺张使我不悦。当全世界在哭泣的时候是不应当嬉笑的。为了一个人的诞生而举行庆祝是缺乏知觉的人的行为。应当保留你的欢乐，在一个充分地生活了的人死去的时候发泄。”一五五四年四月致瓦萨里书，上面写道“一五五四年四月我不知何日”。
翌年，他的侄儿的第二个孩子生下不久便夭殇了，他写信去向他道贺。
大自然，为他的热情与灵智的天才所一向轻忽的，在他晚年成为一个安慰者了。虽然他在乡间度过不少岁月，但他一向忽视自然。风景在他的作品中占有极少的地位；它只有若干简略的指示，如在西斯廷的壁画中。在这方面，米氏和同时代的人——拉斐尔、提香、佩鲁吉诺、弗朗奇亚、达·芬奇——完全异趣。他瞧不起佛兰芒艺人的风景画，那时正是非常时髦的。一五五六年九月，当罗马被西班牙阿尔贝大公的军队威胁时，他逃出京城，道经斯波莱泰，在那里住了五星期。他在橡树与橄榄树林中，沉醉在秋日的高爽清朗的气色中。十日杪他被召回罗马，离开时表示非常抱撼。——他写信给瓦萨里道：“大半的我已留在那里；因为惟有在林中方能觅得真正的平和。”
回到罗马，这八十二岁的老人作了一首歌咏田园，颂赞自然生活的美丽的诗，在其中他并指责城市的谎骗；这是他最后的诗，而它充满了青春的朝气。
但在自然中，如在艺术与爱情中一样，他寻求的是神，他一天一天更迫近他。他永远是有信仰的。虽然他丝毫不受教士、僧侣、男女信徒们的欺骗，且有时还挖苦他们，一五四八年，利奥那多想加入洛雷泰的朝山队伍，米开朗琪罗阻止他，劝他还是把这笔钱做了施舍的好。“因为，把钱送给教士们，上帝知道他们怎么使用！”（一五四八年四月七日）皮翁博在蒙托廖的圣彼得寺中要画一个僧侣，米开朗琪罗认为这个僧侣要把一切都弄坏了：“僧侣已经失掉了那么广大的世界；故他们失掉这么一个小教堂亦不足为奇。”在米开朗琪罗要为他的侄儿完姻时，一个女信徒去见他，对他宣道，劝他为利奥那多娶一个虔敬的女子。米氏在信中写道：“我回答她，说她还是去织布或纺纱的好，不要在人前鼓弄簧舌，把圣洁的事情当作买卖做。”（一五四九年七月十九日）但他似乎在信仰中从未有过怀疑。在他的父亲与兄弟们患病或临终时，他第一件思虑老是要他们受圣餐。一五一六年十一月二十三为了父亲的病致博纳罗托书，与一五四八年正月为了兄弟乔凡·西莫内之死致利奥那多书提及此事。他对于祈祷的信心是无穷的；“他相信祈祷甚于一切药石”；一五四九年四月二十五致利奥那多书。他把他所遭受的一切幸运和他没有临到的一切灾祸尽归之于祈祷的功效。在孤独中，他曾有神秘的崇拜的狂热。“偶然”为我们保留着其中的一件事迹：同时代的记载描写他如西斯廷中的英雄般的热狂的脸相，独个子，深夜，在罗马的他的花园中祈祷，痛苦的眼睛注视着布满星云的天空。弗拉·贝内德托记载此事甚详。
有人说他的信仰对于圣母与使徒的礼拜是淡漠的，这是不确的。他在最后二十年中全心对付着建造使徒圣彼得大寺的事情，而他的最后之作（因为他的死而没有完成的），又是一座圣彼得像，要说他是一个新教徒不啻是开玩笑的说法了。我们也不能忘记他屡次要去朝山进香；一五四五年他想去朝拜科姆波斯泰雷的圣雅克，一五五六年他要朝拜洛雷泰。——但也得说和一切伟大的基督在一样，他的生和死，永远和基督徒一起。一五一二年他在致父亲书中说：“我和基督一同过着清贫的生活”；临终时，他请求人们使他念及基督的苦难。自从他和维多利亚结交之后——尤其当她死后——这信仰愈为坚固强烈。从此，他把艺术几乎完全奉献于颂赞基督的热情与光荣，后期的雕塑，如十字架，如殉难，如受难像等都是。同时，他的诗也沉浸入一种神秘主义的情调中。他否认了艺术，投入十字架上殉道者的臂抱中去：“我的生命，在波涛险恶的海上，由一叶残破的小舟渡到了彼岸，在那里大家都将对于虔敬的与冒渎的作品下一个判断。由是，我把艺术当作偶像，当作君主般的热烈的幻想，今日我承认它含有多少错误，而我显然看到一切的人都在为着他的苦难而欲求。爱情的思想，虚妄的快乐的思想，当我此刻已迫近两者之死的时光，它们究竟是什么呢？爱，我是肯定了，其他只是一种威胁。既非绘画，亦非雕塑能抚慰我的灵魂。它已转向着神明的爱，爱却在十字架上张开着臂抱等待我们！”诗集卷一百四十七。但在这颗老耄的心中，由信仰与痛苦所激发的最精纯的花朵，尤其是神明般的恻隐之心。这个为仇敌称为贪婪的人，这些流言是拉莱廷与班迪内利散布的。这种谎话的来源有时因为米开朗琪罗在金钱的事情上很认真的缘故。其实，他是非常随便的；他并不记账；他不知道他的全部财产究有若干，而他一大把一大把地把钱施舍。他的家族一直用着他的钱。他对于朋友们、仆役们往往赠送惟有帝王所能赐与般的珍贵的礼物。他的作品，大半是赠送的而非卖掉的；他为圣彼得的工作是完全尽义务的。再没有人比他更严厉地指斥爱财的癖好了，他写信给他的兄弟说：“贪财是一件大罪恶。”瓦萨里为米氏辩护，把他一生赠与朋友或信徒的作品一齐背出来，说“我不懂人们如何能把这个每件各值几千金币的作品随意赠送的人当作一人贪婪的人”。一生从没停止过施惠于不幸的穷人，不论是认识的或不认识的。他不独对他的老仆与他父亲的仆人，——对一个名叫莫娜·玛格丽塔的老仆，为他在兄弟死后所收留，而她的死使他非常悲伤，“仿佛死掉了他自己的姊妹那样”；一五三三年致兄弟乔凡·西莫内信；一五四○年十一月到利奥那多信。对一个为西斯廷教堂造台架的木匠，他帮助他的女儿嫁费……瓦萨里记载。——表露他的动人的真挚之情，而且他时时在布施穷人，尤其是怕羞的穷人。他爱令他侄子与侄女参与他的施舍，使他们为之感动，他亦令他们代他去做，但不把他说出来：因为他要他的慈惠保守秘密。一五四七年致利奥那多书：“我觉得你太不注意施舍了。”一五四七年八月：“你写信来说给这个女人四个金币，为了爱上帝的缘故，这使我很快乐。”一五四九年三月二十九日：“注意，你所给的人，应当是真有急需的人，且不要为了友谊而为了爱上帝之故。不要说出钱的来源。”“他爱实地去行善，而非貌为行善。”孔迪维记载。由于一种极细腻的情感，他尤其念及贫苦的女郎：他设法暗中赠与她们少数的奁资，使她们能够结婚或进入修院。他写信给他的侄儿说：“设法去认识一个有何急需的人，有女儿要出嫁或送入修院的。（我说的是那些没有钱而无颜向人启齿的人。）把我寄给你的钱给人，但要秘密地；而且你不要被人欺骗……”一五四七年八月致利奥那多书。
此外，他又写：
“告诉我，你还认识有别的高贵的人而经济拮据的么？尤其是家中有年长的女儿的人家。我很高兴为他们尽力。为着我的灵魂得救。”一五五○年十二月二十日致利奥那多书。