于是他上马出发。一五○六年四月十七日。教皇接到了信，派了五个骑兵去追他，晚上十一点钟时在波吉邦西地方追上了，交给他一道命令：“接到此令，立刻回转罗马，否则将有严厉处分。”米开朗琪罗回答，他可以回来，如果教皇履行他的诺言：否则，尤利乌斯二世永远不必希望再看到他。这一切叙述都是引上述的一五四二年十月一信原文。
他把一首十四行诗有人把这首十四行诗认为是一五一一年作的，但我仍以为放在这个时期较为适当寄给教皇：“吾主，如果俗谚是对的，那真所谓‘非不能也，是不欲也’。你相信了那些谎话与谗言，对于真理的敌人，你却给他酬报。至于我，我是，我曾是你的忠实的老仆，我的皈依你好比光芒之于太阳；而我所费掉的时间并不使你感动！我愈劳苦，你愈不爱我。我曾希望靠了你的伟大而伟大，曾希望你的公正的度量与威严的宝剑将是我惟一的裁判人，而非听从了谎骗的回声。但上天把德性降到世上之后，老是把它作弄，仿佛德性只在一棵枯索的树"枯索的树”隐喻尤利乌斯二世系族的旗号上的图案上企待果实。”
尤利乌斯二世的侮慢，还不止是促成米开朗琪罗的逃亡的惟一的原因。在一封给朱利阿诺·达·桑迦罗的信中，他露出布拉曼特要暗杀他的消息。“这还不是使我动身的惟一的原因；还有别的事情，为我不愿讲述的。此刻只需说我想如果我留在罗马，这城将成为我的坟墓，而不是教皇的坟墓了。这是我突然离开的主因。”AA朱利阿诺·达·桑迦罗（ＧｉｕｌｉａｎｏｄａＳａｎＧａｌｌｏ，１４４５？—１５１６），意大利文艺复兴时期的建筑师、雕刻家和军事工程师。
米开朗琪罗走了，布拉曼特成为惟一的主宰。他的敌手逃亡的翌日，他举行圣彼得大寺的奠基礼。一五○六年四月十八日。他的深切的仇恨集中于米开朗琪罗的作品上，他要安排得使米氏的事业永远不能恢复。他令群众把圣彼得广场上的工场，堆着建造尤利乌斯二世陵墓的石块的区处，抢劫一空。见一五四二年十月信。
可是，教皇为了他的雕塑家的反抗大为震怒，接连着下敕令到翡冷翠的诸侯那里，因为米开朗琪罗躲避在翡冷翠。诸侯教米开朗琪罗去，和他说：“你和教皇捣蛋，即是法兰西王也不敢那么做。我们不愿为了你而和他轻启争端：因此你当回罗马去；我们将给你必要的信札，说一切对于你的无理将无异是对于我们的无理。”同前。
米开朗琪罗固执着。他提出条件。他要尤利乌斯二世让他建造他的陵寝，并且不在罗马而在翡冷翠工作。当尤利乌斯二世出征佩鲁贾与博洛尼亚的时候，一五○六年八月终。他的敕令愈来愈严厉了，米开朗琪罗想起到土耳其，那边的苏丹曾托方济各派教士转请他去造一座佩拉地方的桥。孔迪维记载——一五○四年，米开朗琪罗已有到土耳其去的念头。一五一九年，他和安德里诺普莱诸侯来往，他要他去替他作画。我们知道莱奥纳多·达·芬奇也曾有过到土耳其去的意念。
终于他不得不让步了。一五○六年十一月杪，他委屈地往博洛尼亚去，那时尤利乌斯二世正攻陷了城，以征服者资格进入博洛尼亚城。
“一个早上，米开朗琪罗到桑佩特罗尼奥寺去参与弥撒礼。教皇的马弁瞥见他，给认识了，把他引到尤利乌斯二世前面，他正在斯埃伊泽宫内用餐。教皇发怒着和他说：‘是你应当到罗马去晋谒我们的；而你竟等我们到博洛尼亚来访问你！’——米开朗琪罗跪下，高声请求宽赦，说他的行动并非由于恶意而是因为被逐之后愤怒之故。教皇坐着，头微俯着，脸上满布着怒气；一个翡冷翠诸侯府派来为米开朗琪罗说情的主教上前说道：‘务望圣下不要把他的蠢事放在心上；他为了愚昧而犯罪。所有的画家除了艺术之外，在一切事情上都是一样的。’教皇暴怒起来，大声呼喝道：‘你竟和他说即是我们也不敢和他说的侮辱的话。你才是愚昧的……滚开，见你的鬼吧！’——他留着不走，教皇的侍役上前一阵拳头把他撵走。于是，教皇的怒气在主教身上发泄完了，令米开朗琪罗近前去，宽赦了他。”孔迪维记载。
不幸，为与尤利乌斯二世言和起见，还得依从他任性的脾气；而这专横的意志已重新转变了方向。此刻他已不复提及陵墓问题，却要在博洛尼亚建立一个自己的铜像了。米开朗琪罗虽然竭力声明“他一些也不懂得铸铜的事”，也是无用。他必得学习起来，又是艰苦的工作。他住在一间很坏的屋子里，他、两个助手拉波与洛多维科和一个铸铜匠贝尔纳尔迪诺，三个人只有一张床。十五个月在种种烦恼中度过了。拉波与洛多维科偷盗他，他和他们闹开了。
“拉波这坏蛋，”他写信给他的父亲说，“告诉大家说是他和洛多维科两人做了全部的作品或至少是他们和我合作的。
在我没有把他们撵出门外之前，他们脑筋中不知道他们并非是主人；直到我把他们逐出时，他们才明白是为我雇用的。如畜生一般，我把他们赶走了。”一五○七年二月八日给他父亲的信。
拉波与洛多维科大为怨望；他们在翡冷翠散布谣言，攻击米开朗琪罗，甚至到他父亲那里强索金钱，说是米开朗琪罗偷他们的。
接着是那铸铜匠显得是一个无用的家伙。
“我本信贝尔纳尔迪诺师父会铸铜的，即不用火也会铸，我真是多么信任他。”
一五○七年六月，铸铜的工作失败了。铜像只铸到腰带部分。一切得重新开始。米开朗琪罗到一五○八年二月为止，一直在干这件作品。他的健康为之损害了。
“我几乎没有用餐的时间，”他写信给他的兄弟说，“……我在极不舒服极痛苦的情景中生活：除了夜以继日地工作之外，我什么也不想；我曾经受过那样的痛苦，现在又受着这样的磨难，竟使我相信如果再要我作一个像，我的生命将不够了：这是巨人的工作。”一五○七年十一月十日给他兄弟的信。