距今二十三年前的那个五月，与父母一同生活在东京足立区的本桥优奈下落不明。那一年，她十二岁。事发当天傍晚，优奈说要去附近的公园见个朋友，随后便离开了家。公园就在她家的旁边，而且她每天上学的时候都会路过，所以她的母亲完全没有担心。到了晚饭时分，优奈依然没有回来，母亲便去公园接她，但找不到她的身影。母亲赶去优奈的朋友那里，一问之下才知道优奈早就离开了。
优奈的母亲这才慌了神，急忙叫来了丈夫。夫妻俩找遍了他们能想到的地方后，向警方报了案。
警方认为优奈的失踪极有可能是一起恶性事件。他们展开了大规模的搜查，但还是没找到能表明优奈去向的任何线索。
在那个年代，监控摄像头远不像今天这样普及，有用的目击信息也很不容易获取，警方唯一的线索是一名主妇的目击证词。据说她看到很像优奈的女孩和一个穿着浅蓝色工作服的男子走在一起。由于只看到了背影，男子样貌不详，但据称此人身高适中，不胖不瘦。至于优奈当时的情况，证人表示已经记不清了。
提到浅蓝色工作服，所有人都想到了同一件事——在优奈的父亲本桥诚二经营的配件厂里，员工工作服恰好就是浅蓝色的。目击证人看过之后，表示二者确实极为相似。
这家工厂约有三十名员工，侦查员对他们一一进行了走访，在提出希望能进屋看看时，他们大多都答应了，即便有人谢绝，也都给出了颇具说服力的理由——经过相关侦查员的判断，其中并无可疑之处。
莲沼宽一正是这些员工中的一名。彼时他三十岁，独居。调查记录显示，侦查员在优奈失踪三天之后对他进行了走访，也确认了他房间内的情况，给出的判断是“并无异常”。
然而，优奈终究没有被找到。尽管所谓的“持续调查”仍在继续，结果依然是一无所获。就在优奈失踪一个月后，优奈的母亲从离家不远的高楼上一跃而下，自杀身亡。她的遗书中写满了对丈夫和孩子的愧疚与自责，她悲观地认为女儿已经离开了人世，甚至觉得就是因为她那么晚了还让孩子出门，才导致了悲剧的发生。
事情的转机出现在四年之后。一名在奥多摩徒步登山的男子报警称，他在土里发现了疑似人骨的残骸。当地警方赶赴现场挖掘，发现了已被肢解的骸骨。在经过一番详细的调查之后，警方认定此骸骨确实是人骨，而且从大小和长短来看，属于未成年人。
鉴于颅骨保存完好，科学搜查研究所在此基础上绘制了十种不同的头像复原画像。将这些画像分发给各地警方后不久，他们便收到了疑似本桥优奈的相关反馈。经过DNA鉴定，很快结果出来了，死者正是优奈。
负责此案的搜查本部设在足立分局，而从警视厅赶赴分局进行支援的，正是由多多良率领、间宫任副组长的小组。作为一颗肩负着诸多期待的警界新星，当时的草薙刚调入搜查一科不久。
尽管此案的线索较少，这具骸骨却有一个特别之处——凶手并没有将它简单地肢解掩埋，骸骨有被焚烧过的痕迹。
警方以死者最后被目击到的位置为中心，对能够焚烧尸体的地点展开了排查。由于空地点火烧尸的情况较难发生，警方推测凶手使用焚化炉的可能性较大，于是对周边的焚化炉展开了逐一排查，同时也对配件厂员工身边的焚化炉情况进行了重新摸底。
在调查过程中，莲沼宽一引起了草薙的注意。彼时莲沼已经从本桥的公司离职，但他的简历留了下来。根据上面的记录，莲沼曾在一家承接企业废弃物处理的外包公司工作，那里自然少不了大大小小的焚化炉。
草薙赶到那家公司，见到了莲沼曾经的上司，一问之下，才从他口中得知了一桩令人震惊的往事。原来，大约四年前莲沼联系过他，说有东西想要处理，问能不能在公司不用焚化炉的时候借来用一用。上司问他想要烧什么，莲沼称有朋友交给他几只死掉的宠物，想要火化一下。上司以为他是想做些宠物丧葬的事情赚赚外快——在他们公司，将小猫小狗的尸体与垃圾一起焚烧的事并不少见——便点头同意了，只是告诉他用完之后要好好打扫干净。
在确认了准确的日期之后，草薙发现，莲沼借用焚化炉的时间与优奈失踪的时间一致。至此，莲沼宽一成了该案嫌疑最大的人。
草薙立刻对莲沼的相关情况进行了调查，发现他的身上有很多谜团，只能查到他是静冈县人，接连更换过许多不同的工作。
间宫提出想要见见莲沼，草薙决定与他一同前往。当时莲沼虽然辞去了配件厂的工作，但并没有搬家。于是，二人直接来到他的住处，见到了他。
莲沼眼睛细长，脸上没有什么表情，说话的时候，瘦削的脸颊几乎纹丝不动。
间宫先问了他被火化的宠物的饲主姓名。要是能打听出来，就能立刻判断出莲沼的话是否属实。
然而莲沼却答道：“我不能说。”他还说答应了饲主们要对此保密。
间宫又就宠物的品种、具体数量、火化收取的费用提问，但莲沼一言不发，最后甚至还反问间宫：“不回答也有罪吗？”草薙听到莲沼的声音低沉又冰冷。
拒不合作的态度让莲沼显得更为可疑，而且他身材适中，与目击证词十分吻合。
然而，警方迟迟无法展开下一步的行动。在询问过优奈的父亲本桥诚二和相关人员后，警方发现莲沼与优奈之间似乎就只有工厂员工与厂长女儿这一层关系而已。此外，莲沼与配件厂之间也没有出现过什么矛盾。
就在这时，一张照片引起了草薙的注意。四年前，侦查员在走访莲沼住处时曾拍摄了一张房间内景的照片，正是这张照片让草薙有了新的发现。
之前在与间宫一起来到莲沼住处的时候，草薙一边听着二人的对话，一边不动声色地打量着周围的情况——间宫提前就和他打了招呼，让他留意一下房间里是否有可以藏尸的地方。毕竟在借到焚化炉之前，凶手要将尸体先藏在某处。
莲沼的公寓是简单的两室户型。房间里没有大的衣柜，如果要藏尸，应该只能藏在壁柜或者天花板里。
忽然，一台冰箱引起了草薙的注意，那是酒店房间常用的迷你款冰箱。再小的孩子也不可能藏得进去吧，草薙暗自想道。
然而，四年前的照片上显示的是一台较大的冰箱。虽然尺寸并没有普通家用冰箱那么大，但高度似乎也到了成年人的腰部。如果将尸体肢解，装进一个孩子应该没有什么问题。
莲沼在这四年内更换了一台冰箱，他这样做的理由是什么？草薙开始了自己的推理。
就算最后要在焚化炉里毁尸灭迹，在此之前也只能先将尸体保存在家里。为了防止尸体腐烂，放在冰箱里应该最为稳妥。等进山埋好尸骨之后，再将冰箱处理掉。不管怎么说，那台冰箱都不可能再继续用下去了。
如果推理正确，那台冰箱里很可能还残留有尸体的痕迹。
草薙将照片拿给间宫和多多良，向他们阐述了自己的想法。二人对这名年轻刑警的推理表示了赞同，认为他的判断“很有可能”，不过并没有露出喜悦的表情。毕竟如何找到那台冰箱才是问题所在，更何况那已经是四年前的事了，冰箱可能已经不复存在了。
如果莲沼就是凶手，他会如何处理那台冰箱呢？众人研究后认为，他一定会尽量偷偷行动，以免引起警方的注意。就是说，他不可能通过正规渠道解决此事。
但要把冰箱运到某个地方，凭借一己之力应该很难办到，他只能找人帮忙。
与莲沼关系密切的人并不多。一番调查之后，一个男性麻将牌友的名字很快出现，而且这个人还有一辆小型卡车。
警方找来男子询问，对方痛快地承认了四年前的事。他确实帮莲沼运过冰箱，运送的地址是莲沼的老家。莲沼告诉男子，他的母亲独自生活在静冈，这台旧冰箱就是要送过去给她的。
草薙与间宫即刻动身赶往莲沼的老家。莲沼的母亲名叫芳惠，个头很矮，还有些驼背，看起来要比实际年龄老上许多。得知面前突然到访的陌生男子是刑警时，老人显得极为害怕，嘴里念咒一般不住地絮叨着“我什么坏事都没有做过”。
间宫表示只是想问问冰箱的事，莲沼芳惠愣得张大了嘴巴，似乎并不明白他在说什么。他们解释道，问的是四年前她儿子搬来的那台冰箱，老人这才一副恍然大悟的样子，眉间的皱纹却显得更深了。
“那冰箱我没用过。他把东西随便一放就跑了，简直太碍事了。”
被问起冰箱现在在哪里时，老人说就放在里面的和室，然后带着他们往里走。草薙跟过去一看，不禁愕然。房间里东西胡乱堆了一地，更像是个储藏间。
他们果真在这堆东西中找到了一台冰箱，而且它与照片上的相差无几。
扣押物品的手续立刻办了下来。莲沼芳惠这才回过神来，开始询问到底发生了什么。当然，详细情况是无法告知她的，间宫二人只是表示此事可能与某个案子有关。
冰箱被送往科搜研做了彻底的检查，结果在其中发现了微量的血迹和疑似肉屑的组织。经过DNA鉴定，确认血迹和肉屑都属于本桥优奈。结果公布时，搜查本部响起了一片欢呼声。
所有人都认为案子已经破了。想到自己刚调进搜查一科就立了功，草薙也不由得有些得意。
然而，事情的发展超出了他们的意料——莲沼宽一全盘否认了罪行。
对于为什么会在冰箱里发现本桥优奈的残留组织，莲沼的回答是“我不知道”。而说起换冰箱的理由，他也只是表示“因为冰箱旧了”。
尽管如此，多多良等一众调查负责人还是决定逮捕莲沼宽一。他们认为只要先控制住他，再加以严格审讯，总有一天可以拿到口供。
原本警方打算先以遗弃尸体罪或毁坏尸体罪逮捕莲沼，却未能如愿。这两项罪名都已经超过了三年的追诉时效，如今只能以杀人罪的罪名将其逮捕归案了。
莲沼并不服软，审讯进行到一半，他便铁了心似的彻底沉默了，即使受到警告也毫不动摇。
“无论如何都要给我找齐证据！”侦查会议上，多多良几乎怒吼着下达了命令。部下们也都给出了强有力的回应。
通过草薙等人的不懈努力，警方又找到了几条能够证明莲沼罪行的线索。例如，在借用焚化炉的第二天，莲沼就租了一辆车，该车的行驶距离与从莲沼家到埋尸地点的往返距离几乎相等。此外，侦查员们在搜查莲沼住处时还发现了一把用报纸包着的旧铁锹。经过分析，铁锹上的泥土与埋尸地点的土壤成分十分相近。
警方还有一些新发现，但都只是些间接性的证据，很难将其用作证明莲沼犯罪事实的决定性证据。
有人提出了折中方案，建议不再让这个保持沉默的凶手承认杀人的罪名，而是让他改为承认伤人致死或罪名更轻的过失杀人。由于优奈死因不明，这个方案也说得通。
听了这话，多多良大发雷霆。“和凶手谈条件简直荒唐！他之所以一直不肯张嘴，就是因为心里很清楚自己犯了重罪。无论如何，我们都必须告他杀人！”
最终，警方在没有得到任何杀人物证的情况下，将案子移交到了检察厅。接下来，就要看检察厅的决定了。
检方选择了起诉。按理说搜集了这么多间接证据，上了法庭肯定会让真相大白。
然而，审判并没有按照检方的计划进行。
在首次公审中，莲沼否认了起诉的内容。那是他第一次，也是最后一次有价值的实质性发言。自那之后，莲沼便拒绝做任何回答。无论检方提出什么问题，他都只是重复着同样的答案：“无可奉告。”
随着审判的进行，一些“恐怕形势不妙”“可能无罪释放”的流言传到了草薙等人的耳朵里。
不会吧，草薙暗暗想道，虽说都是间接证据，但那么多材料仍无法用来裁决吗？
审判的焦点有两个：一是本桥优奈是否为人所杀；二是在不能确定杀人动机及杀人手法的情况下，能否借助间接证据来认定杀人罪名的成立。
焚尸之后进行掩埋，怎么想都会觉得人必然是莲沼杀的，然而，司法审判不会这样轻易地得出结论。只要存在一丝没有杀人的可能性，杀人的罪名就不能成立。
一审判决公布的那天，天气一早便很寒冷。从莲沼被捕那天算起，已经过去了将近一千个日日夜夜。草薙当时在另一个搜查本部得知了判决结果——被告无罪。