袁祟焕对毛文龙动了杀机，也是由来已久。
因为毛文龙不受他的节制。
不受他的节制，不肯听从他的指挥，这种人留着干什么？
于是祟祯二年，袁祟焕亲自视察皮岛工作，前来阅兵。
毛文龙前来迎接，袁祟焕召呼他喝酒，两人一喝就是大半夜，喝得五迷三瞪，兴高采烈。
袁祟焕说：你看咱们俩，一个在岸上，一个在水里，都是皇太极最忌禅的人，有了咱们在，满清他不能越雷池一步，大明江山稳如磬石啊。
是啊是啊，毛文龙说：喝酒，喝酒。
袁祟焕继续说：可是咱们两个，老是配合得不好，如果能够配合起来的话，那消灭皇太极匪帮，收复失去的国土，不过是举手之劳而已，你说是吧？
是啊是啊，毛文龙说：喝酒，喝酒。
袁祟焕接着说：现在我负责辽东全面的军务，说起来也算是你的领导了，所以呢，我打算把你的军队编制稍微的动一动，就是设置个监司，给你派个监军，派个政委，有什么事，咱们也好相互呼应，你说是不是？
是啊是啊，毛文龙说：喝酒，喝酒。
袁祟焕大喜：那我什么时候可以把政委给你派过来呢？
是啊是啊，毛文龙说：喝酒，喝酒。
袁祟焕：……老毛，你什么意思吗？
是啊是啊，毛文龙说：喝酒，喝酒。
袁祟焕急了：毛文龙，难道你不想回家了吗？
毛文龙终于抬起眼皮，笑道：老袁，你看你这个较真的样子，跟你实说吧，等辽东的事情完了，消灭了皇太极匪帮之后，我老毛啊，就直接去朝鲜，朝鲜人民都等着我呢，去朝鲜做个大救星，弄个主体思想供朝鲜人民世代学习，这也蛮好。
你……袁祟焕哈哈大笑：喝酒，喝酒。
第二天，袁祟焕要走了，毛文龙率部将赶来给领导送行，到了地方，他的部将被挡在门外，单只让他一个人进去。
进来之后，袁祟焕对着毛文龙下拜，说：你是为国家立过功劳的人，应该受我一拜。
拜过之后，袁祟焕直起腰来：来人，与我把毛文龙拿下。
亲兵们一涌而入，剥除了毛文龙的冠带，将他揪起来。毛文龙悲愤的大叫：袁祟焕，我有什么罪，你敢这么对待我。
袁祟焕说：你有十二桩杀头的大罪，自己清楚吗？
毛文龙冷笑：不用凑那么多罪名，你能说出一条让我心服口服的来就行。
袁祟焕道：你头一桩罪，祖宗上传下来的规矩，凡大将在外，一定由文臣监察。你专制一方，军马钱粮不受查核，该不该杀？
毛文龙冷笑：连这都成为了杀头之罪，袁祟焕，我服了你，再让我听听你拼凑出来的其它罪名。
你的奏报，全都是杀良冒功，这是欺君惘上，第二该杀之罪；
你声称牧马登州，攻取南京，这是大逆不道，第三该杀之罪；
你搞那么多军饷，每个士兵每月却只有三斗半米，私吞军粮，第四该杀之罪；
你在皮岛开办集贸市场，建立经济特区，私通外番，第五该杀之罪；
你部将几千人，统统姓毛，你的轿夫穿着华贵的衣服，第六该杀之罪；
劫掠商船，官兵为盗，这是你第七该杀之罪；
强夺百姓子女，枉顾法纪，这是你第八该杀之罪；
逼迫难民去偷人参，不去的就将其活活饿死，第九该杀之罪；
拜魏忠贤为父，替他在皮岛雕塑头戴平天冠的巨大雕像，第十该杀之罪；
明明战败，谎报战胜，第十一该杀之罪；
你镇守皮岛八年，未能收复一寸国土，这是第十二该杀之罪；
宣布完十二大罪，袁祟焕拿出尚方宝剑，问道：毛文龙，你还有何话可说？
毛文龙仰天长叹：袁祟焕，你好象不懂法律耶，你看看你这十二条罪名，除了瞎掰就是胡扯，拜托，咱们以后说话讲点证据，不要这样不负责任好不好？
不好。
毛文龙被推出帐外。斩首。
毛文龙死，部下齐叛。