杀尽了江阴军民，李成栋开始了嘉定三屠。
领导嘉定发起抗战的，是前明进士黄淳耀。他和弟弟黄渊耀、前明通政使侯峒曾，组织起一支民间义勇军，出其不意地向李成栋部发起了进攻。当时李成栋正在屋子里睡觉，爬起来跳上马就逃。不想佩刀掉落在了地上，被义勇军捡起这把刀，照马屁股上一通狠砍，砍得马尾巴满天飞，李成栋的亲弟弟被义勇军的粪叉戳死。
李成栋怒不可遏，率五千骑兵回来报复，骑兵突入嘉定城北的数塘桥，死者万人。
几日后，天降大雨，城上无法目视。李成栋命人于城根下挖地道，埋上火药，等到黎明，再用大炮强轰，引燃火药，只听轰的一声，嘉定城墙就此倒塌。但是黄淳耀、侯峒曾宁死不退。这时候李成栋手下一人将一只桌子顶在头顶上，呼啸一声，纵跃到城上。雨大夜黑，视线不清，守城的人们看到如此一个大脑袋的怪物跃到城上，莫不骇得惊恐而走。
于是李成栋杀入城中，百姓呼号连天，夺路欲走，却被李成栋迎头拦住，尽数杀光，死者逾两万人。
侯峒曾举家沉池而死。
进士黄淳耀和弟弟黄渊耀来到一座庙中，正要自尽，这时候寺中的僧人阻止他，说：你不是大明官吏，没有守土之责，不应该死的。
黄淳耀道：城破人亡，我怎么可以不死？
遂留下遗书：
弘光元年七月初四日，进士黄淳耀自裁于城西僧舍。呜呼！进不能宣力王朝，退不能洁身自隐。读书寡益，学道无成，耿耿不寐，此心而已！
黄淳耀的遗书，透露出了一个读书人对王佐之业那恐怖境界的哀叹。
几天之后，两千多名百姓回城收尸，捎带脚处死了洪承畴派来的官员。李成栋咆哮连天地赶到，再次将城中百姓杀光。
又过了二十几天，又有数万百姓聚于嘉定，再次驱杀洪承畴委派的降官，于是李成栋三袭嘉定，屠杀百姓两万余人。